龚师认为慢性肾炎本虚虽有肺、脾、肾三脏气、阴、阳虚之异，然以脾肾气虚最多见，也是发展至其他虚证之基础；而标实之邪则以水湿为基础，或因体质，或因气候及生活环境，或因使用药物，或因病程迁延而演变成其他标邪，这其中湿热之邪最常见。故认为肾虚湿热是慢性肾炎的基本病机，在临证施治时常以益肾清利为基本治法。龚师认为慢性肾炎脏腑之虚以肾虚为核心，然脾与肾为先后天，肾所藏之精充足与否，与脾的后天滋养息息相关，且两者有相资之功能，故补肾必兼健脾。龚师指出脏腑之虚，以平补为宜，补益脾肾之气多选用生黄芪、太子参（潞党参）、白术、茯苓、怀山药、生薏苡仁，随证加减。肾虚腰痛加杜仲、续断、桑寄生补肾壮腰。肺虚加百合、麦冬。脾虚失健，大便不实，加白扁豆健脾祛湿助运。伴见阴虚，改潞党参为太子参益气养阴，并分脏加味，肺阴虚加南沙参、北沙参、麦冬、玄参、百合；肾阴虚，加生地黄、熟地黄、山茱萸，甚者用小量龟甲、鳖甲；肝阴虚，加制首乌、墨旱莲、女贞子等。伴阳虚者加温而不燥之品如仙灵脾、巴戟天、菟丝子。尿频量多色清，肾气不固者，加用益智仁、金樱子、台乌药、芡实。龚师还非常强调药物的配伍，对确有阴虚明显者，在使用滋腻药物时常常加用芳香化湿，健脾助运之品以防碍胃，如苍术、白术、藿香、佩兰等；阳虚明显者，常用温而不燥之品，而非大热大燥，并擅于阴中求阳，缓缓图之，运用温热药时注意要量小、时短，见效即减。

龚师认为慢性肾炎缠绵难愈，关键在于湿邪留滞。湿又易化热，每每湿热兼夹为患，所以标实之邪以湿热最常见。故龚师强调清热利湿治法应贯穿疾病之始终。湿热蕴结中焦，常用辛开苦降之法，药用黄连、淡干姜、制半夏、陈皮，取半夏泻心汤及黄连温胆汤之义，并加入化湿行气之藿香、佩兰、砂仁、白蔻仁、佛手等。湿热下注，蕴结下焦，常用清热利湿之法，药用知母、黄柏、肉桂，取滋肾通关丸之义，或苍术、黄柏、生薏苡仁，取四妙丸之义。龚师还特别强调脾虚生湿，常用健脾助运之法以绝生湿之源，药用香砂六君、参苓白术之类。

上呼吸道炎症、皮肤感染是诱发肾炎的主要因素，因此龚师非常重视这类疾病的防治。风邪善行而数变，其性轻扬，风邪袭表，自皮毛、咽喉而入，肺卫不固，则由表入里，风邪内侵，日久入络，潜伏于肾，痹阻肾络。龚师认为治宜补肺固表，拒邪于外，以防邪害空窍，填空窍以堵截外风。《内经》明言所谓空窍者乃指毛窍及腠理而言，常选用防风、荆芥，与补虚之生黄芪、炒白术相配，取玉屏风散之义以未病先防。若平素易汗出、腠理不固者，选用白芍、生牡蛎、桂枝以调和营卫、敛阴固表。若风邪已侵袭肺卫，则据风热或风寒之异选用金银花、连翘、白茅根、芦根或川桂枝、紫苏叶、羌活以疏散风邪。若风邪入里，伏于肾络，可选用虫类药如白僵蚕、蝉蜕、全蝎以搜风通络，或以藤类药青风藤、鸡血藤祛风活络。若肝风内动，内外风邪相引，则病情复杂，症状多变，选用天麻、钩藤、女贞子、墨旱莲以养肝息风，使在内之肝风不动，先去其内应而勾结之患除，虽有邪风，孤立无援，亦将自退矣。龚师从风论治慢性肾炎体现了上工治未病的思想，强调防优于治，常于处方中见玉屏风散之义。

龚师认为气机之升降出入乃人体生理功能的体现，人体的一切生命活动均离不开气的运行，水液的运化同样离不开气的运行，水不自行，赖气以动。水谷入胃，脾气散精，脾虚不能散精，水液不归正化，浸渍于脉外肌肤腠理之间发为水肿。肺为华盖之脏，水之上源，通调水道，下输膀胱，肺气虚则水道不利，壅滞不畅亦发为水肿。肾气不足，关门不利，膀胱气化不足，小便不利则发为水肿。此三者皆为气虚气化不利所致，此外尚有肝郁气滞，气机不畅，推动乏力，发为水肿。故龚师针对于此，多采用从气论治。对于临床上一些患者，反复水肿伴情志不舒，胸闷气短，郁郁寡欢，寐差，舌质淡或偏红，苔薄白，脉弦。龚师指出气机郁滞，气行不畅，疏泄不及而致水液不利，此时当以疏导情志为先，配合药物行气解郁，利水消肿，所谓气行则水行，气行水自利，多采用醋柴胡、青陈皮、绿梅花、佛手片、大腹皮、茯苓皮、路路通、合欢花皮等。

慢性肾炎病久多瘀，《诸病源候论·虚劳积聚候》曰：“虚劳之久，血气凝滞，不能宣通经络，故积聚于内也。”龚师认为慢性肾炎病人的临床表现没有单独的血瘀证，瘀总是与湿、热、浊毒等邪兼夹为患的。因此常在辨证基础上加入活血药以行而消散之。常用桃仁、红花、赤芍、当归，取桃红四物及血府逐瘀之义。效果不显著或干血瘀积者，加入破血药，如三棱、莪术、制大黄，甚至虫类药如全蝎、蜈蚣、水蛭、地鳖虫等以破除瘀血，祛瘀生新。同时强调血与水的关系，重视水分与血分的转化，常用泽兰、益母草、虎杖等以活血与利水兼顾。

龚师治疗慢性肾炎以中医汤药为主，但同时能充分发挥中医药特色，并不拘泥于单纯中药汤剂，往往汤、散、丸剂配合，以及中药外敷、熏蒸、泡脚等内服外治多种途径综合治疗，同时配合饮食调摄及情志疏导。如对水肿明显者，常配用乌鱼、蒜头煨汤作为扶正利水的食疗，用六月雪、玉米须煮水代茶以降蛋白尿。对慢性肾炎病情相对稳定的患者，常常使用中药膏方或丸药替代中药煎剂培本调治，以巩固治疗效果。同时坚持中西医相参，十分重视实验室检查的结果。对镜下血尿或尿红细胞计数增高者，常选用大蓟、小蓟、白茅根、茜草炭、地榆炭等，并重用景天三七解郁止血，乌梅炭酸敛止血，参三七化瘀止血。管型尿常选用猫爪草、仙鹤草。高脂血症选用泽泻、生山楂、荷叶、玉米须、决明子等。高尿酸血症选用丝瓜络、玉米须煎汤代茶饮。低蛋白血症重用生炙黄芪、全当归以补气养血。对于使用激素后出现药物性库欣综合征的处理，龚师认为激素的应用可造成体内阴阳乖戾，多表现为阴虚火旺证候。随着病机的转变，在治疗上应配用滋阴降火法，常用知柏地黄汤加沙参、元参、麦冬之类，以调整其阴阳。当激素用到足量时，阳亢火盛的表现就比较显著，可加黑山栀、黄芩、龙胆草清肝泻火；当激素递减至维持量时，阴虚火旺证候亦渐缓解，此时可逐渐加入仙灵脾、巴戟肉等温肾补阳药，有助于激素的撤离。