二、独当一面

咸丰十年（1860）是咸丰皇帝三十整寿，这年三月特开所谓“万寿恩科”，增加一次会试。左宗棠一直以未中进士，不能从“正途”入仕为憾事，因此离开湘抚幕府后，即想赴京应试。

十年正月，左宗棠从长沙启程北上，渡过洞庭湖后，风雪很大，他踏雪而行，于二月二十六日（3月18日）抵湖北荆州。三月初三日抵襄阳，雪仍未止，泥深没踝，行程艰难。在襄阳，安襄郧荆道毛鸿宾（字翊云，亦号寄云，山东历城人）面交他一封胡林翼的密札，止其北行。信中说官文“方思构陷之策，蜚语满都中”。左宗棠闻讯，感到进退维谷，他写信给好友郭崑焘说：“（胡林翼）密信言‘含沙者意犹未慊，网罗四布’，足为寒心，盖二百年来所仅见。杞人之忧，曷其有极。侧身天地，四顾苍茫”，“帝乡即不可到，而悠悠我里，仍畏寻踪”（《全集》“书信”一，第383页）。既然去京师有危险，回家乡又怕“寻踪”，栖身军旅也许可以避祸。左宗棠在写给朋友、时任荆宜施道的李续宜（字希庵，湖南湘乡人）的信中表示：“将就涤老（指曾国藩）及麾下作一小营官，学战自效。”（《全集》“书信”一，第385页）这时，胡林翼已由湖北黄州（今黄冈）驻军安徽英山，并与曾国藩合力攻占太湖、潜山。左宗棠遂由襄阳坐船顺汉水东下，准备投奔胡林翼。三月十八日，离开汉口，翌日晚抵兰溪。兰溪位于浠水入长江处，英山即在浠水上游，胡林翼大营距兰溪不过一百八十里路程。见到胡林翼后，左宗棠又于闰三月二十七日（5月17日）由英山至宿松，会晤曾国藩，并留其幕中。此时，曾国藩已收到咸丰帝有意起用左宗棠的“寄谕”，遂于四月十三日奏请简用。适在此时，左宗棠却收到了一封告知儿子病重的家信，只得于当月十八日启程回湘。

五月初五日，左宗棠抵长沙。初八日即接到清廷给予四品卿衔，襄办曾国藩军务的谕旨。皇帝的破格起用，出乎他的意料，他在写给朋友的信中表示皇上的知遇之恩，大大超出他的期望值。原本，曾国藩是想让左宗棠别建一军，支援安徽，但左宗棠却另有他图，提出了“保越图吴”之计，认为应“取远势而不能图速效”。关于建军规模，按左氏的意图，开始应在二千五六百人左右，但曾国藩却嘱其募勇五千。这让左宗棠既兴奋，又担心，此时的心情正如他自己所描绘的：“今选募五千，自为统带，譬如乡居富人弃农学贾，起手即开大店，生意虽是好做，恐不免折阅之虞。”（《全集》“书信”一，第399页）为避免偾事，他决定先网罗一批人才，以资倚靠。除礼聘王錱的弟弟道员王开化（字梅村，时在湖南养病）外，又延揽了湘楚旧将弁崔大光、李世颜、罗近秋、黄有功、戴国泰、黄少春、张志超、朱明亮、张声恒等九人，然后四出招募。应募之兵有所谓湘勇、郴勇、桂勇，共建四营（每营五百人）、四总哨（每总哨三百二十人），又以精壮二百人为亲兵，分为八队。还收集王錱“老湘营”旧部一千四百人，加上火勇（炊事兵）、长夫（运输兵）总计十一营五千四百人，号称“楚军”。左宗棠以王开化总理全军营务，刘典（字克庵，湖南宁乡人）、杨昌濬（字石泉，湖南湘乡人，曾随罗泽南办团练）副之。老湘营一部由王錱的另一个弟弟王开琳（字毅卿）统领。按楚军营制规定：每五百人设一营官，“坐粮”（驻扎时粮饷）每月二千五百余两，“行粮”（行军时的粮饷）每月二千八百两，“散勇”每名每月四两二钱，火勇一钱，长夫一钱。招募成军后，每日“口食钱”（伙食费）每名一百文。招募经费、军装费以及一个月坐粮、一个月行粮总计约需银六七万两，均由湖南巡抚骆秉章饬局给领。

楚军指挥系统及编制表

六月初二日，新建的楚军已经集中了二千三百余人，左宗棠即亲自在长沙城外校场每日训练，“昼夜少暇”，二十四日，所募兵员陆续到齐，全军遂由校场移驻城南金盆岭，晨夕训练。

咸丰十年（1860）春，石达开部太平军进入广西，达开驻节庆远（今宜山县）。五月，连克永宁州、广顺州、归化厅。消息传到北京，清廷认为石达开可能假道进军四川，拟派左宗棠率部入川阻击。但左宗棠却有自己的打算，他认为四川烽烟四起，形势严峻，刚刚开始独领一军的左宗棠决不愿把这点“血本”白白送掉，他对胡林翼明确表示：“我志在平吴，不在入蜀矣！”（《全集》“书信”一，第402页）当时，曾国藩已实授两江总督，并任钦差大臣、督办江南军务，也急需宗棠相助，自然不同意派左军入川；胡林翼认为他们的“事业”在下游，所以也来信相劝：“公入蜀则恐气类孤而功不成。”（胡林翼：《胡文忠公遗集》卷七六）并给在北京的郭嵩焘写信说：“季公（指左宗棠）得林翼与涤丈左右辅翼，必成大功，独入蜀中非所宜也。”（胡林翼：《胡文忠公遗集》卷七六）在这些地方实力派的反对下，清廷才改变主意，另派湖南巡抚骆秉章督办四川军务。

咸丰十年八月初八日（1860年9月22日），在英法联军于京郊八里桥大败清军后，咸丰帝携后妃、皇子仓皇北逃。也正是在这一天，左宗棠从长沙率楚军东向，由醴陵取道江西，出祁门。对于这次出征，左宗棠极为重视，把它看成是独自创业的开端，两个多月后，他在家书中说：“我此去要尽平生之心，轰烈做一场。”（《全集》“诗文·家书”，第14页）

这时的太平军，已经渡过了因“杨韦事变”和石达开出走造成的危机，洪秀全重建了领导核心。咸丰八年（1858）八月，陈玉成、李秀成率军于浦口击破清军江北大营，歼敌一万余人；十月，又在三河镇大破李续宾部湘军，歼其精锐六千多人，李续宾以下骨干四百余人毙命，战场形势有了转机。咸丰十年（1860）闰三月，各路太平军在天京（南京）城外第二次击破清军江南大营，歼敌数万，清军主帅和春自缢。咸丰帝不得不把消灭太平军的整个希望寄托在曾国藩率领的湘军身上，这也就是曾国藩能获两江军政大权的原因。

咸丰十年（1860）八月，太平军各路将领齐集天京，决定南北配合进行第二次西征，以解安庆之围，并预定于咸丰十一年（1861）三月会师武昌。英王陈玉成统率的北路军于八月十六日从天京渡江北上，二十五日，占领安徽定远炉桥；南路军侍王李世贤部于二十五日攻克徽州，旋取休宁。十月十九日，太平军从石埭破羊栈岭、桐林岭，李秀成的大军进至离曾国藩祁门大营只有六十里，“朝发夕至，毫无遮阻”（曾国藩：《曾文正公家书》卷七），吓得曾国藩连遗嘱都准备好了。只是李秀成在与敌援军交战失利后，未能坚持进攻，竟改道浙江入赣，使曾国藩绝处逢生。

九月初五日，曾国藩檄调左宗棠一军由江西南昌东进驰援。九月二十日，左军进抵赣东北的景德镇。二十七日，左宗棠亲至祁门会见曾国藩，面商军事，然后回景德镇驻守。十月，左宗棠派部将王开琳率老湘营四旗共一千四百人在周坊（广信西北）击败来自广东的农民军。十一月初一日，左军攻占德兴，初三日又克婺源（属安徽）。这时，西征太平军中路杨辅清、黄文金、刘官方等部正分别自宁国、芜湖西进，十一月初九日，黄文金、李远继一军进克彭泽，十一日又占景德镇东北的浮梁，切断了曾国藩祁门大营的粮道。与此同时，太平军侍王李世贤于十一月十七日自休宁由东面逼近祁门；右军主将刘官方及古隆贤、赖文鸿等于十五日自黟县从东北方向向前挺进；南面的李秀成大军则于二十一日进抵婺源。湘军祁门大营处在三面包围之中，只有西南方向还保存了一条运输补给线。景德、浮梁被称为“江西前门，祁门后户”，所以驻扎景德镇的左部楚军就成了屏障祁门西南门户的一支举足轻重的军事力量。

十一月十二日，杨载福率湘军水师复夺彭泽。十四日，太平军黄文金部攻湖口不克，南下都昌。李远继部在左军压迫下从浮梁西行，攻克饶州府城（今鄱阳）。二十五日，黄文金、李远继从饶州分兵五路直捣景德镇，并分兵攻浮梁，左宗棠悉调各营回防。二十七日，太平军猛攻浮梁，被左军击退。二十八日，鲍超的“霆军”自皖南增援景德镇。咸丰十一年正月初十日（1861年2月19日），太平军由浮梁退回彭泽及皖南的建德，清军乘势追击，攻占建德县城，太平军此次在赣东北终未能站稳脚跟。

其时，杨辅清部已往宁国，黄文金部退驻芜湖一线，刘官方部则扎池州府，至咸丰十一年（1861）正月，活动于江西的太平军只剩下李秀成和李世贤两支。李秀成率部从广丰、广信直下吉安，攻入江西腹地；李世贤则于正月二十七日从安徽休宁前进，占领婺源，准备进入江西，截断湘军粮道，与左宗棠形成对峙局面。二月，左军与李世贤多次交战，互有胜负。二月三十日，李世贤攻占景德镇，左宗棠从金鱼桥退守乐平，湘军赣北粮道终被切断，曾国藩所部三万人候粮三十日不至，军心动摇。太平军在达到截断湘军粮道的目的后，李世贤即回师皖南，再攻祁门大营。左宗棠一军虽被击退，但元气未伤，在乐平略作整顿，几天后即卷土重来。三月初六日，与太平军李尚扬部战于乐平之桃岭、塔前。李世贤闻讯，遂统军南下，号称十余万，于十三、十四日围攻乐平。左宗棠命军士在城外挖筑掩壕，凭借工事抵抗，并引水塞堰，使其溢漫，大大限制了太平军骑兵的作用。然后他督王开化、刘典、王开琳、丁长胜等分三路越壕出击。当时风狂雨骤，两军奋力厮杀，结果太平军败走，阵亡四千余人（据《李秀成自述》，此役李世贤损失万余人）。经此大败，李世贤被迫东撤，由赣东北折入浙西。左军这一胜利，巩固了祁门后路，曾国藩大喜过望，他在家信中说：“凡祁门之后路一律肃清，余方欣欣有喜色，以为可安枕而卧。”（《曾文正公家书》卷七）左宗棠乘胜向东追击，由德兴南下，进至广信（今上饶）。

四月，太平军将领李远继、胡鼎文（均黄文金部）由池州进占皖南的建德，并进入江西饶州府境。五月初七日，左宗棠率部从广信北返，回到景德镇，败李、胡部太平军于饶州松树岭。二十二日，左军王开化、黄少春部占领建德。未几，左宗棠因功晋升为太常寺卿（正三品），帮办军务。

六月初二日，左宗棠留军守景德镇，自率四千人东进，移驻皖南婺源。此时，左宗棠全军已增至七千余人，但面临两大困难：一是军饷严重不足；二是部队因作战、患病，减员很多。对此，左宗棠甚感苦恼。

咸丰十一年（1861）下半年，中国国内局势发生了很大变化。七月十五日，在第二次鸦片战争中逃往热河的咸丰帝，病死于承德行宫，年仅六岁的儿子载淳继位。载淳的生母叶赫那拉氏（1835—1908）被尊为“圣母皇太后”，加徽号称慈禧太后。慈禧拉拢咸丰帝的皇后钮祜禄氏（尊为“母后皇太后”，加徽号称慈安太后），依靠咸丰帝的六弟、恭亲王奕于九月三十日发动政变，解除了八个“赞襄政务王大臣”的职务，协办大学士肃顺被处死，怡亲王载垣、郑亲王端华被逼令自尽，其他辅政大臣也受到相应处分。奕则被任为议政王，兼管军机处。原拟定的年号“祺祥”被改为“同治”。此时名为慈安、慈禧两宫皇太后“垂帘听政”，实则是一种太后垂帘与亲王辅政体制，慈禧由于统治经验不足，对奕还处于一个依赖阶段，正如一位曾长期服务于中国海关的美国人所说，这两个人“在谨慎地互相监视着”（马士：《中华帝国对外关系史》第二卷，第67页）。从太平天国的事业来看，咸丰十一年（1861）下半年也是个转折关头。八月初一日，湘军攻占了被称为“扼江淮之吭，当吴楚之冲”的军事重镇安庆。曾国藩对争夺这个天京西面门户一向非常重视，他曾说：“吾但求力破安庆一关，此外皆不遽与之争得失。”（《曾文正公全集》，“家训”卷上）安庆失守，使整个军事形势急转直下，从此，太平天国的事业转入低潮。

慈禧太后与恭亲王掌权后，更加重用曾国藩集团。十月十八日，曾国藩受命统辖苏、皖、赣、浙四省军务（两江总督原不辖浙江），提、镇以下悉归节制。曾国藩在准备调遣湘军顺流东下之时，太平军却在东线发动凌厉攻势，连克浙江大部分地区，直捣杭州，威逼上海。上海官绅惶惶不可终日。基于政治、军事、经济多方面的考虑，曾国藩决定分兵救沪，以形成从东西两面夹击天京之势。于是李鸿章受命招募淮勇，组建援沪之师。同时，左宗棠又多次与曾国藩函商，以援浙为己任。全军援浙的建议得到了曾国藩的肯定，认为“不援浙江，不能并力，一向终无了日，亦至当之论”。（曾国藩：《曾文正公全集》“书札”，卷一六）十月十六日，曾国藩奏请以左部援浙，十一月二十六日，左宗棠接到“督办浙江军务”的诏命。二十八日，太平军攻占杭州，席卷浙江全境，清浙江巡抚王有龄自缢而死。三十日又攻克杭州内城。十二月二十四日，清廷根据曾国藩的保荐，任命左宗棠为浙江巡抚。同治元年正月初四（1862年2月2日），又任湘军将领蒋益澧（字芗泉，湖南湘乡人，先投王錱、罗泽南，后由骆秉章派援广西）为浙江布政使，带所部八千人赴浙。

当太平军围攻杭州时，忠王李秀成曾派辅王杨辅清西进皖南，围徽州府治，以牵制左宗棠的援浙之军，掩护主力行动。迫使左宗棠不得不派刘典率马步三千余人于咸丰十一年（1861）十二月初三日从广信回防婺源（婺源原防军仅一千六百人），“拟固婺以援徽，事竣后即由此入浙”。十九日，宗棠自己亦移驻婺源，另派王开来率老湘七营共二千五百人赴德兴、婺源交界的白沙关。同月，太平军逼近皖、浙交界的大镛岭、济岭。二十六日，杨辅清在徽州战败，左军刘典部又于浙西开化县张村击败杨辅清部将钟明佳一军。二十九日，杨辅清撤徽州之围，向浙江遂安、淳安一带退却。这样，就解除了左宗棠的后顾之忧。

左宗棠的作战原则是“宁肯缓进，断不轻退”。同治元年（1862）正月十五日，在后路稳固后，左宗棠率全军从皖南翻山越岭进入浙江开化县境，十八日在篁岸击败太平军钟明佳、蓝以道部。两天后，左军又分道出击，占领开化及高坪、高环、马金街等处，太平军向东北遂安方向败退。宗棠除留王开来一军守开化外，全军扎于马金街。

太平军攻占杭州后，清廷十分震惊。曾国藩在奏疏中分析浙江局势时说：“全浙惟衢州一府可以图存。”（曾国藩：《曾文正公奏稿》卷一七）清廷据奏严令左宗棠速入衢州，以图金华、严州两府。左即派部将王开来、刘典、刘璈、李耀南、杨鼎勋等由马金街进援衢州。二月初五日，太平军侍王李世贤派卢有成、黄文政、谭世德、陈老北等部会合遂安守将赖连绣（杨辅清部）进攻开化，骚扰左军后路。于是，左宗棠飞檄调援衢各军分三路回攻遂安，“以为攻严州，保衢州之计”（曾国藩：《曾文正公家训》卷上）。初八日，太平军弃遂安县城，退至杨村。初九日，左军赶至交战，太平军失利，赖连绣、卢有成阵亡，黄文政等率余部南撤，左军占领遂安县城。

二月十三日，左宗棠留王开来、王文瑞率老湘营二千五百人守遂安，自己则率大军援衢州。十八日，抵常山。二十三日、二十八日，淳安太平军两次反攻遂安，均被王文瑞击退，分走严州、徽州府境。二十九日，侍王李世贤亲率大队从金华、龙游至大洲、金旺，南趋江山。时清军由总兵李定太、崇志守衢州；新任浙江按察使李元度守江山，各拥众八千余人（三月，曾国藩劾李元度援浙不力将其革职）。三月十五日，左军进入江山，在江山以南之清湖镇击败李世贤部。李部东走龙游、寿昌、兰溪。此时，太平军杨辅清部从安徽宁国南下，由浙江昌化直取遂安。左宗棠坚持“慎于前敌，亦当慎于后顾”的方针，从常山北上，返回开化。三月二十二日，刘典部抵马金街，太平军退走。五月初四日，左宗棠从江山进衢州，以衢州为夺取全浙的基地。十二日，左督新任按察使刘典、道员屈蟠、王德榜及处州镇总兵刘培元、总兵李定太等分九路并进，在龙游附近击败李世贤部。十五日，太平军再战又失利，遂从龙游退守金华府，二十四日，天王洪秀全命李世贤率军回救天京，太平军在浙江逐渐处于被动地位。

同治元年（1862）五月初三日，湘军水陆并进，逼近天京，曾国荃率陆师驻雨花台，彭玉麟率水师泊护城河口。此时，忠王李秀成正率大军第二次进攻上海（太平军第一次攻上海在咸丰十年六七月间），尽管上海正式成立了“中外会防局”，英、法军队直接参与对太平军作战，但太平军仍取得了一系列胜利。但天京被围，使李秀成不得不于五月二十三日自松江撤军，并于八月下旬回援天京。

六月初七日，左宗棠分南北两路继续东进，一路由刘典、杨昌濬率领进攻衢州北部地区，连破太平军营垒三十余座；另一路由刘培元、屈蟠、王德榜等指挥进攻衢州东、南两面太平军营垒，迫使太平军退守龙游、兰溪。李世贤因急于摆脱左军纠缠，回援天京，遂于六月中旬以攻为守，调大军分两路直取遂安，奔袭左军后路。于是，左宗棠调刘典等九营四千人回援。六月二十日，刘典部与太平军战于遂安东南，二十二日，李世贤退回金华，集中兵力于金华、兰溪、龙游、武义一线，作坚守打算。

在浙东方面，英、法军队于四月十二日协助清军悍然占领宁波，迫太平军撤走。当时英军出动有军舰四艘、水兵三百三十人；法军有军舰两艘，水兵七十余人。经过激战，太平军戴王黄呈忠、首王范汝增受重伤撤退，法军统领“伊台”号舰长耿尼（Lieut Kenney）亦被击毙，由“孔夫子”号舰长勒伯勒东（A.F.Lebreihon de Caligny）继任统领。此外，英国驻宁波海军军官刁乐克在当地招募一千人，由英国人训练，组成所谓“常安军”和“定胜军”（即中英混合军，又称“绿头勇”）；六月，法国人、宁波海关税务司日意格（Giquel Prosper）也招募四百人组成中法混合军——“常捷军”（亦称“花头勇”）。他们伙同清朝已革道台张景渠攻占慈溪。七月初八日，又占余姚，闰八月二十五日，夺得奉化。清廷还应法国公使之请，任命勒伯勒东为署浙江总兵，率“常捷军”一千五百人防守宁波。宁波是对外贸易的一个重要商港，通过宁波既可输入军火、粮食等重要补给品，又可以取得海关税这笔重要收入。所以它在军事上、经济上均居重要地位。左宗棠对这个重要港口是很重视的，在宁绍台道梁恭辰滞留福建原籍七八个月之久后，他奏请将其革职，另推荐正在上海劝办捐输的前江西南昌知府史致谔任宁绍台道，并对其寄予厚望：“宁、绍两郡在浙中失事各郡中受祸稍轻，宜慎以图之。”“浙之肥壤在嘉湖与宁绍，吾军积欠实已九个月有奇，今方有事于浙西、皖南，非巨款不济”，“请阁下急为我谋之，不但沪上所得不宜分取，即甬上所得亦未可私之，自惭德薄能浅，于浙事少所裨益，不能不过望于公也！”（以上《全集》“书信”一，第479页、第540页）

左宗棠统军入浙后，进展相当缓慢。由于兵力单薄，不足一万人，入浙八个月始终未能越过衢州一线。直至同治元年七月，新任浙江布政使蒋益澧率广西左江镇总兵高连陞、副将熊建益部湘军八千人从广西经湖南开抵衢州，战局才发生变化。其时，福建总兵秦如虎由浙南温州攻占处州府（府治在今丽水县）。闰八月十三日，蒋部高连升一军攻占严州府寿昌。李世贤见一时无法击溃左军，只得一面派李尚扬、刘政宏等分领十余万人扼守金华、汤溪、龙游一带，阻截其东进，一面自率一军北上救援天京。作为浙江太平军主帅的侍王李世贤至此一去不复返，浙西太平军陷于群龙无首的境地，使左军得以乘机东进。

九月初五日，左宗棠进驻衢州府龙游县的新凉亭，其对龙游的几次进攻均未获胜。此后数月内，双方在金华府西的兰溪、汤溪一带展开激战，互有胜负。十一月，太平军戴王黄呈忠、首王范汝增、梯王练业坤率十余万人增援金华。同治二年正月十一日（1863年2月28日），蒋益澧会同粵军康国器部攻占汤溪。汤溪失守使龙游太平军腹背受敌，次日，太平军即弃龙游东走。同一天，太平军兰溪守将谭星弃城撤至浦城，兰溪被刘典攻占。十三日，黄、范、练等太平军主力又在汤溪东面的白龙桥被击败，向义乌、诸暨方向撤退。清军占领汤溪、龙游、兰溪后，高连升部再克金华府城，同时，金华府属之武义、永康、东阳诸县亦为福建清军林文察部及团练所占。二十五日，蒋益澧又夺义乌。十八日，刘典等攻下义乌西北的浦江，并继续东进，占领诸暨（属绍兴府）。二十九日，刘培元等水陆并进（左宗棠在衢州设船厂制造战船，建立内河水师），攻克桐庐（属严州府）。桐庐位于浙江中游，自桐庐七里泷往下地势渐平，江面渐阔，往下即富春江、钱塘江。由于桐庐失守，太平军在杭州上游的关键驻点只有富阳（属杭州府）一城了。为便于指挥各军沿江直取杭州，左宗棠将大本营从金华北移至建德（严州府治）。在东线，清军于正月二十六日占领绍兴，而“常捷军”头目勒伯勒东在绍兴之役被击毙。二月初，已革道台张景渠部又占萧山，逼近杭州。

太平军方面，自绍兴失守后，陆续从金华、龙游、严州、温州、台州等处撤退，兵屯富阳。听王陈炳文、归王邓光明（均李秀成部将）亦赶来增援，力保杭州。二月，左军水师由副将杨政谟率领在富阳击毁太平军船只数百艘。三月，左宗棠升任闽浙总督，兼署浙江巡抚（新任巡抚曾国荃不到任），负责浙江、福建军务，节制两省军队。

为牵制左军东进，皖南太平军分两路入赣，以扰左军后方：一路由歙县、休宁准备越婺源直取江西德兴、乐平；一路由黟县拟越祁门取江西浮梁、景德镇。为巩固后方，左宗棠不得不将刘典一军八千余人调回建德，转向皖南。这时由左宗棠直接指挥的兵力虽已达三万余人，但相当分散，除刘典、王开琳两军一万余人（王开琳部三千余人）部署在皖南外，还有一万人左右分守下游的新城、桐庐和上游的淳安、遂安以及衢州、金华、严州等地，进攻富阳的部队只有蒋益澧一军万余人，加以军饷缺乏、瘟疫流行（左军前后病死四千多人），所以在富阳与太平军相持五个多月，毫无进展。左宗棠自己也得了疟疾，陷于一筹莫展的境地。于是他决计求助于法国人组织的洋枪队。同治二年（1863）七月二十六日，左宗棠将浙东德克碑的“常捷军”一千五百人调来配合蒋益澧进攻富阳。八月初七日，清军与“常捷军”联合攻破富阳城外卡垒，翌日，即占领富阳城。高连陞部亦破新桥，并进迫杭州。九月初六日，太平军听王陈炳文、归王邓光明集中一万余人分四路反攻，被击败。十月十八日，太平军再次从杭州反击，又被高连陞及“常捷军”击退。十一月初十日，左宗棠由富阳赶到余杭督师，双方在杭州、余杭两地展开了激烈的争夺战。

当杭州太平军正进行顽强抵抗时，其周围地区的防线却已逐步瓦解，局势急转直下：首先，太平军在长江下游的重镇苏州被李鸿章的淮军夺取。十月二十四日，苏州守将郜永宽等八人刺杀慕王谭绍光，向淮军投降。接着，在浙江也出现了一连串叛降事件，从十一月初七日到同治三年（1864）正月初八日，平湖、乍浦、海盐、澉浦、嘉善、海宁、桐乡（均属靠近江苏的嘉兴府）等地的太平军守将纷纷投敌，杭州成了一座孤城。

此时，皖南太平军由绩溪进入昌化（属杭州府），并南下淳安、遂安（属严州府），威胁左军后路。同治三年（1864）正月初九日，左宗棠将提督黄少春一军从余杭调至严州，以阻扼从皖南援浙的太平军。同时，又命魏喻义自新城南屯严州，俞得成屯金华，戴奉聘屯衢州，并调援皖的王开琳部“老湘营”由屯溪下趋淳安，加强了后路防务。正月十五日，王开琳会合黄少春部击败太平军于遂安之昏口，太平军分走婺源（皖南）、玉山（赣东）。

二月十八日，进入浙江北部的淮军攻占嘉兴。其实，早在四个月前，淮军即兵分三路，北围无锡，中取苏州，南入浙江。同治二年（1863）十一月，淮军刘秉璋、潘鼎新部攻占了浙江嘉善、乍浦、海盐、澉浦等县。淮军进入自己辖区，这是左宗棠不愿看到的，但他鞭长莫及，无力北顾，只好听之。嘉兴失守后，杭州太平军更失犄角之势，城内个别将领图谋通敌。二十一日，蒋益澧、高连陞等用大炮轰塌城垛三丈，二十三日后半夜，听王陈炳文弃城北走。二十五日清晨，左军攻占杭州。蒋益澧、高连陞等部及德克碑的“常捷军”入城后即大肆抢掠。同一天，太平军康王汪海洋也弃余杭，北走武康（属浙江湖州府），清军康国器等占领余杭城。三月初二日，左宗棠进驻杭州城，始“申虏获之禁，妇女、财物各从其主，有敢取自‘贼’中者，罪之。禁军士无入民居，招商开市”（《湘军志·浙江篇》）。由于夺得杭州，清廷特加左宗棠以太子少保衔，并赏穿黄马褂。

三月初四日，左宗棠又遣杨昌濬督亲军攻占武康。初五日，太平军石门（属嘉兴府）守将邓光明投降。同日，李世贤、杨辅清、陈炳文、汪海洋等从德清汇合西走。初八日，退至昌化。以后，李世贤由皖南进入江西，汪海洋、陈炳文等转战浙、皖。黄文金、杨辅清则留守湖州，与清军在湖州一带激战两个多月。

六月十六日，湘军占领天京。时天王洪秀全已于一个多月前病死，忠王李秀成护送幼天王洪天贵福突围被俘。幼天王溃围后由洪仁玕、吉庆元等保护到达安徽广德。二十六日，黄文金迎幼天王入湖州，因湖州城小兵单，难以立足，拟经江西入湖北，据荆、襄，以图西安。七月初三日，复回广德。其时，湘军、淮军已向湖州合击，二十五日，湖州南门守将陈学明向蒋益澧投降。翌日，洪仁玕、黄文金弃湖州，走江西。二十七日，左军将领蒋益澧、高连陞以及洋将德克碑会同淮军将领郭松林、潘鼎新、张树声、刘秉璋等占领湖州府城。二十八日，左军又在梅溪击败由湖州西走的太平军。同日，杨昌濬经过月余围攻，占领湖州府西境的安吉县城，并追击至孝丰。

七月底、八月初，黄文金与洪仁玕、黄文英、李继佑等在皖南作战失利，东走浙江昌化。八月初五日，黄文金病死，其弟黄文英接统其军。初七日，左军总兵罗大春、刘荣合，副将崔大成等在昌化白蛇岭击败黄文英等，迫其西走。初八日，左军提督黄少春、道员李耀南、总兵刘明灯、杨芳桂，副将周绍濂、张福齐等在淳安之蜀口（浙、皖交界处）再败太平军。初十日，黄文英、李继佑折回淳安，又失利于建口。十八日，黄少春在遂安十六都迫使太平军两万余人投降。八月下旬，左军刘明珍、王德榜、萧得龙、戴奉聘等部分别在常山、江山（属衢州府）一带击败太平军，太平军由浙江转入江西广丰，浙江境内战事基本结束。

九月初九日，太平天国干王洪文玕、昭王黄文英在江西广昌、石城交界处被清军席宝田部俘获，二十五日，幼天王亦在石城县荒谷被俘。清廷论功行赏，江西巡抚沈葆桢被封一等轻车都尉，左宗棠则于十月十一日被封为一等伯爵，并赐爵名“恪靖”。