第3章 朱家骅：学界泰斗挥泪递辞呈
作为教育界、学术界泰斗，外交界耆宿，朱家骅以学者身份从政，由省政到部院历任要职，其组成的“新CC系”可与二陈“CC系”互为抗衡。迁台后呕心沥血，重振“中央研究院”，却因意外之故不得不黯然退位。
小档案
姓名字号：朱家骅，字骝先
籍贯：浙江吴兴（今湖州）
生卒年月：1893年5月30日—1963年1月3日，卒年70岁
毕业院校：德国柏林大学
最高职务：国民政府行政院副院长
家世：
始祖——朱琳，游学之士，始迁至湖州
高祖——朱仰高
曾祖——朱上清
祖父——朱竹轩
父亲——朱云舫，朱家骅11岁时病逝
母亲——姚氏，朱家骅12岁时病逝
长兄——朱祥生，父母双亡后担负起抚养照顾朱家骅的责任
嫂嫂——陈氏，视朱家骅如己出
妻子儿女：
原配夫人——程亦容，无子女
第二任夫人——王文渊，无子女
简历
1893年——5月30日出生于浙江吴兴（今湖州）小港里鹤和镇的一个商人兼地主家庭。
1899年——入私塾学习。
1905年——入南浔正蒙学堂读书。
1908年——转入南浔公学。同年，考入上海同济德文医学堂（同济大学前身）。
1912年——加入国民党。
1914年——入德国柏林矿科大学学习。
1917年——回国，被聘为北京大学教授。
1918年——再度留洋。
1919年——入瑞士伯均大学。
1922年——获德国柏林大学地质学博士学位。
1924年——任北京大学地质系教授兼德文系主任。
1926年——任广东省政府民政厅厅长、国民政府两广地质调查所所长。
1927年——任国民政府国立中山大学副校长。
1928年——任国民政府建设委员会委员。
1929年——当选国民党中央执行委员、中央政治会议委员。此后当选第四至六届中央执行委员。
1930年——专任中山大学校长，同年改任中央大学校长。
1931年——兼任中英庚款董事会董事长。同年，任国民政府教育部部长。
1933年——任国民政府交通部部长。
1934年——任整理内外债委员会委员。
1935年——任国立中央研究院评议员。
1936年——任中央研究院总干事。同年，任国民政府浙江省政府主席兼民政厅厅长及浙江省保安司令。
1938年——调任中央军事委员会参事室主任，后任国民党中央执行委员会秘书长、中央党务委员会主任委员、三民主义青年团中央临时干事会常务干事等。
1939年——任国民党组织部部长。
1940年——任国立中央研究院代理院长。
1941年——任考试院副院长。
1943年——任国民政府委员。
1944年——任中央银行理事。
1946年——当选“制宪国民大会”代表。
1947年——任全国经济委员会委员、行政院政务委员。
1948年——任中央研究院院长、中央研究院院士、行政院政务委员。
1949年——任行政院副院长。同年，任“总统府”资政。
1963年——1月3日病逝，享年70岁。
一、两度赴德，终获博士学位
1.剪辫的小革命党
浙江省吴兴县地处太湖流域，经济富庶，人才辈出，近代名人便有蔡元培、陈其美、张静江、陈果夫、陈立夫等。朱家骅这个民国史上颇为重要的人物，便出生在吴兴县小港里鹤和镇的一个商人兼地主家庭。
朱家骅自幼聪明好学，6岁入邻居家的私塾。11岁时，又跟随父亲朱云舫进城，进入马军巷沈家的私塾。
不想，朱家骅刚入新私塾不久，父亲朱云舫便因病离世，享年49岁。
半年后，朱云舫的二姐早亡。
第二年，也就是朱家骅12岁时，他的母亲姚氏去世，享年也是49岁。
两年间，朱家骅父母双亡，接连失去三位亲人，自然痛苦万分。但由于他年纪尚幼，还不懂失去双亲意味着什么，因而心中虽然痛苦，仍我行我素，不仅贪玩，还时常逃学，令其长兄朱祥生颇为焦虑。
朱祥生此时在张静江的两浙盐务公司当账房，张静江乃吴兴南浔镇四大豪门之一，对老乡朱祥生非常照顾，凭借这层关系，朱家骅在12岁这年进入张静江兄长创办的新式学校——南浔正蒙学堂读书。
在正蒙学堂，朱家骅遇到了他实际意义上的启蒙老师——校长曹元晋。
曹元晋慧眼识金，发现朱家骅虽然贪玩，却极具天赋，是个可造就之材，因而对他倍加青睐，循循善诱，竟使得调皮贪玩的朱家骅，能够坐下来认真学习，成绩突飞猛进。
这年秋天，一直为朱家骅不肯读书头疼不已的朱祥生来到正蒙学堂，路过学校张贴的会考成绩榜，不经意地扫了一眼，竟发现朱家骅的名字赫然写在第一位！
朱祥生简直不敢相信自己的眼睛，他喜出望外，三步并两步来到弟弟所在的宿舍，一把抱住弟弟，口中不停地夸赞。朱家骅第一次得到兄长表扬，心中也兴奋不已，此后更加发奋读书，决心保住第一名的桂冠。
在曹元晋的启蒙后，朱家骅又遇到了梁仲炘和沈士远两位具有先进思想的老师，在潜移默化中，朦朦胧胧地懂得了一些现代政治理念，萌发出强烈的国家民族意识。
同时，朱家骅逐渐感到自己脑袋后面的辫子，是“满人之奴”的象征，竟在一天晚上，果断地将辫子剪下！
第二天，同学们见朱家骅身后的辫子消失了，都惊讶得张大了嘴巴。梁仲炘和沈士远老师，则大笑着称他是“小革命党”！
于是，13岁的朱家骅以剪辫行动向“革命党”“注册”，这似乎成为他将毕生奉献于现代化民主运动的先兆。
1907年夏天，正蒙学堂停办，朱家骅转入南浔公学读书，年底毕业后，朱家骅于次年担任三贤祠小学的代课老师，也曾做过监督学生做功课的导师。
也就在这一年，朱家骅的二哥、年仅21岁的朱家骐病逝，朱家骅从此又失去一位亲人。
1908年秋，朱家骅考入上海同济德文医学堂（同济大学前身），属于自费生。适逢张静江在上海经营通运公司，通过兄长朱祥生，朱家骅终于与张静江见面。此后两个人经常往来，张静江对朱家骅这个小同乡给予了多方面的照顾。
在同济德文医学堂，德籍纳少华博士采取直接法教授德语，朱家骅学习的其他课程如史地、动物、植物、理化等，也都是由德国人直接用德语讲授，并且督导严格，因而朱家骅德语水平提高神速。
尤其是学校的德国辅导老师安勒斯博士，工作态度严谨，对学生管教极为严格，从学生的饮食起居到坐姿仪态到为人处事，无所不管。若学生犯错，则罚其抄书十遍。在如此教育环境中，朱家骅的综合素质得到全面提高。
2.发起中国敢死团
在同济德文医学堂学习期间，朱家骅的革命意识也得到进一步提升，1911年初，朱家骅听了同盟会领袖宋教仁、于右任等人的讲演，深受鼓舞，和同学发起组织了“中国敢死团”，并于2月初，在于右任创办的《民立报》以广告形式刊登“中国敢死团”启示。
广告刊出数日后，前来报馆洽谈和报名者众多。不仅青年学生，甚至上海道道署卫队、吴淞炮台警卫营、南区警察署、北区警察署、上海巡防营等也都派代表前来报名。
后来成为敢死团重要干部的戴述铭，本是上海闸北骑巡队教练，也来到报馆报名，当时《民立报》主笔陈其美、广告部主任徐棠和朱家骅均在场。
徐棠首先问：
“你愿意助钱还是助人？”
“要人有人，要钱没有。”戴述铭回答。
朱家骅立刻表示欢迎，请戴述铭缮造入团人名册。很快，戴述铭的同僚们前往办理入团登记，不到一个月，上海市军警界秘密加入敢死团的成员就多达500余人。
不久，在朱祥生所办的日华照相馆，“中国敢死团”召开成立大会，18岁的朱家骅被公推为团长，徐棠任总务兼通讯，陈天民等四人为军事设计。
该团公开宗旨是：
“联络敢死同志为国家后盾，战事起后，立即召集训练行军法则，备赴战地。”
实则为抵御外侮、共抗强权，是反清的革命组织。
数月后，中国敢死团完成了军事编组，下分四个大队，每个大队设四个分队，每个分队设四个排。敢死团总部设于爱文义路，每周召开一次会议；还在南京、北京、天津、汉口、广州、昆明等地设分团。临近起义时，又于十六铺南康旅馆设立机关部。
随着敢死团势力的发展、影响的扩大，清外交部致两江总督张人骏电称：民间组织敢死团，“此举深恐摇惑人心，牵动大局”；政务处致江苏巡抚程德全电称：敢死团“皆是摇动人民”，应“切实查禁”。张、程接到来电，立即令上海道道台刘燕“认真查禁”敢死团。
但实际上，“查禁”并未“认真”进行，朱家骅只是换了个地址，依旧高调行事。
10月10日，武昌起义爆发。在上海，作为辛亥革命宣传基地的《民立报》报馆立刻人满为患，人们纷纷前往观看报馆门口每日张贴的革命新闻告示。各种机关也怀着各种目的，派人来报馆疏通，希冀与革命党取得联系。
一日，于右任正与英文翻译在报馆二楼编报，一伙人跑来寻找革命党，对于右任纠缠不休。就在此时，一名青年上楼，于右任指着这名青年说：
“来了个革命党。”
众人以为于右任故意推脱，表示不信。而实际上，此人正是革命党人——中国公学学生张承。在武昌起义后七天，张承在上海迅速组织起另一支敢死队，此时人数已扩增至3000多。
当时，革命党最顽固的敌人为江南制造局卫队营。而朱家骅的“敢死团”，正是与张承的这支“敢死队”，会师于同盟会攻打江南制造局的战场上。
然而，在上海起义的战场上，却没有见到朱家骅的身影。
原来，“中国敢死团”决定在上海举行起义后，推举朱家骅为敢死团驻武汉代表团团长，率另外四名代表同赴武汉，参加革命起义。
由于敢死团经费不足，朱家骅经长兄朱祥生允许后，将其交托他收取的交通银行股息及红利360多两白银，作为代表团的旅费。代表团一行五人在虹口秘密登船。
事有凑巧，与朱家骅等人同船的还有其他几位驰援武汉的革命志士，朱家骅等人便与之同行，众人于10月25日清早抵达武汉。
然而，众人刚刚在武昌登岸，便遭遇一阵弹雨，其中两人被流弹击中而毙命，朱家骅一行五人所幸都没有受伤。
找到革命军总部，众人先面见了革命军政府的司法总长张知本，受到热烈欢迎，之后朱家骅等人单独拜见了军政府参谋长吴兆麟。见面后，朱家骅说明来意：
“我们是代表上海‘中国敢死团’前来参加革命起义的。”
然而，朱家骅一行五人皆为文人，都不曾受过军事训练，更没有作战经验，结果被吴兆麟婉言拒绝。
吴兆麟见朱家骅等人都熟悉德语，便邀请他们到德国人开办的伤兵医院担任翻译工作，朱家骅等人在此处服务了三个月，直到南北议和成功后才返回上海，也算是象征性参加了革命。
对于朱家骅这段革命经历，张知本在朱家骅逝世后写下的一首七言律诗中有所涉及：
犹记当年鼎革时，曾从武汉识英姿；
不辞远道参新命，尽抱雄心佐义师；
培植人才历辛苦，艰难国步仗扶持；
神州待复默相助，自有功名竹帛垂。
3.赴德国留学不成
民国元年，朱家骅回学校继续读书，热火朝天的革命生活暂告结束，重新开始了宁静的校园生活。
这一年，同济德文医学堂增设工科，改名为同济医工学校，由德国人贝伦子博士负责。朱家骅转入工科，不久加入由同盟会改组而成的国民党。
1913年，朱家骅工科毕业，成为同济医工学校第一届毕业生。1914年初，在张静江的推荐与资助下，朱家骅办妥自费留学德国的手续。适逢张静江赴法国游历，两人决定结伴西行。
3月，朱家骅和张静江同船前往大连。船靠岸后，两人尚未下船，便有一位穿日本和服的青年上前迎接张静江，又和朱家骅握手。朱家骅一时没认出对方是谁，张静江在一旁笑着说：
“这是戴先生啊！”
朱家骅仔细一看，恍然大悟，戴先生即戴季陶。因参加革命，戴季陶被北洋政府通缉，因而化妆成日本人，和陈其美等人逃到大连避难。
早在辛亥革命时，朱家骅与戴季陶便有过接触。当时，张静江、戴季陶、陈其美等人均在上海奔走革命，朱家骅颇得几人赏识，尤得戴季陶重视，戴称其：
“素有大志，少年可为。”
此后戴季陶和朱家骅关系日渐密切，戴季陶后来还公开说：
“中国只有一个半人才。”
半个指易培基，一个即朱家骅。可见他对朱家骅的赏识。
几人下船后，由戴季陶带路，前往陈其美的住所。在此，几人密谈革命整整三日。之后，朱家骅和张静江才启程赴欧，他们准备乘坐西伯利亚铁路车——“万国卧车”，经莫斯科，前往柏林。戴季陶、陈其美等人前往送行。
临别时，戴季陶拿出一顶帽子和一条围巾递给朱家骅说：
“路上冷，特地给你买的。”
朱家骅受宠若惊，感激且感动地接过，立即佩戴好，向戴季陶等人鞠了个躬，转身登上火车。
抵达柏林后，朱家骅和张静江分手，张静江西去巴黎，经营张家在巴黎的商业事务。朱家骅则先去看望以前的德籍老师，然后来到盖尔森教堂城的鲁尔矿区，向总经理报到，准备在这里实习。当时总经理不在，由另一个经理接待朱家骅。
这位经理将朱家骅视同工人，也不多说，直接把他带到总监面前，对朱家骅说：
“这位就是你的上司，你以后做工，一切要听他的话，好好接受他的指导。”
从此，朱家骅成为地地道道的矿工，他被轮流调到每一个部门，打过矿石、开过巷子，每到一处都要干上一个月。每天的工资，只有三马克。
不久，矿区总经理归来，见朱家骅满手都是茧子，满意地说：
“恩，这样很好，年轻人要能吃苦，才有前途！”
或许被朱家骅满手的茧子所打动，总经理决定给他一个奖励，对朱家骅大方地说：
“我有辆自用的马车，你拿去用，假日去游览一番，好好认识认识德国。”
朱家骅在鲁尔矿区实习期间，正好赶上第一次世界大战爆发。1914年8月1日，德国对俄国、法国宣战，一周后，便有大批俄俘、法俘被送到鲁尔矿区做工。30日，日本对德宣战，日本的目的是趁火打劫，夺取德国在中国山东抢占的各种权益，9月2日，日军在山东龙口登陆。
对于日本人这种行径，德国人自然恨得咬牙切齿，见了朱家骅，一看就知道是东方人，虽然分不清是哪国人，索性将他当作日本人痛骂。这期间，朱家骅成了过街老鼠，人人喊打。
好在朱家骅的实习期在10月宣告结束，朱家骅拿着矿区总经理写的一纸实习半年证明书，逃也似的离开了鲁尔矿区，正式进入柏林矿科大学学习。
1916年，朱家骅再一次到矿区实习。半年多后，柏林矿业大学并入柏林工科大学，成为第七院，朱家骅经考试，升至三年级，同时他参加并通过了德国政府特办的工程师预试。
然而由于第一次世界大战，德国学生多已从军，朱家骅所在班级只剩下三个中国学生。德国有规定：凡是一班不满三个德国学生的，就不开班。在此情况下，朱家骅已无法继续求学。
12月15日，朱家骅离开柏林，取道丹麦、瑞典、芬兰、俄国，回到上海。
4.阿尔卑斯山遇险
回国后，朱家骅通过北大文科教授沈尹默的介绍，到北京大学任教，是北大最早的第二外国语德语教授，也是中国第一代德语教授。当时北大总共有28位教授，朱家骅年仅24岁，被称为北大最年轻的教授。
1918年，在北大校长蔡元培的推荐下，朱家骅获得北洋政府教育部公费，再度赴欧洲留学深造。这年7月，朱家骅乘坐美国华侨开办的中国邮船公司“南京号”，先来到美国，利用办理签证的时间，进入贝利茨方言学校，学习英语和法语。年底，朱家骅来到瑞士，于次年年初进入伯尔尼大学地质系三年级就读。
朱家骅十分珍惜这次留学机会，刻苦学习，同时他的业余活动也非常丰富。朱家骅向往美丽的阿尔卑斯山，于5月底加入了阿尔卑斯山爬山俱乐部，希望和俱乐部成员一起领略阿尔卑斯山的迷人风光。
在一个晴朗的星期天，朱家骅与俱乐部一百多名成员一起参加了红尖角爬山运动。
他和伯尔尼大学化学系毕业的一个德国人以及同校医学院的一名瑞士学生一组，三人共同拉着一条缆索，向上攀登。
这个地方高峻陡峭，攀登十分不易，随时都有可能发生危险。年轻的朱家骅凭着一股冒险精神，兴奋地向上攀登，完全没有预料到危险正向他们袭来。
当他们爬到一个特别陡峭的崖壁时，朱家骅后面的瑞士学生脚下一滑，身体离开崖壁，悬挂空中，拉着一条缆索的三人便同时向下跌落，跌落到150公尺的深涧边沿时，被石头挡住。
结果，德国人当场死亡，瑞士人身受重伤，朱家骅亦昏迷不醒。
朱家骅与瑞士人被送入医院急救。朱家骅苏醒后，在医院住了近两个月方才痊愈。
在朱家骅等三人遇险的次日，瑞士与法国报纸，都报道了三人同时死亡的消息。尽管有人知道朱家骅与瑞士人被送进了医院，但人们都没料到这两人会有生还的希望。最后，瑞士学生落下终生残疾，只有朱家骅痊愈后毫发无损，实在是个奇迹。
10月份，朱家骅转学到沮利克大学，1920年3月，又转回德国柏林大学，仍专攻地质学。5月，朱家骅随系主任到赫兹山做地质旅行，在奥格河谷捡到一块石头，带回研究室分析，作为博士论文题材。
1921年5月，仍在准备论文的朱家骅，听闻德国正准备派船到海参崴，接运西伯利亚的俘虏，经打听，得知船务由德国外交部专员范而德负责。朱家骅立刻跑到德国外交部拜见范而德，请求道：
“我收集了一批图书仪器，一直放在大使馆，等待机会运送到中国，供北大使用，希望能搭您个便船。”
范而德一听来了火气，拍着桌子怒斥道：
“你们中国忘恩负义，对德宣战，还想要我们替你们把物美价廉等于捡来的图书仪器，偷运出去！”
此时德国因战败，物价飞涨，马克大幅贬值，德国人民生活陷入穷困之中。而中国留学生以强势的外币换取弱势的马克，占了很大便宜，朱家骅更是得到长兄朱祥生的资助，生活富裕，不久前刚到维也纳、匈牙利、捷克等国畅游。
听了范而德的话，朱家骅十分气愤，待范而德说完，朱家骅开口说：
“范而德先生，现在轮到我说话了吧？”
范而德一愣，朱家骅即模仿范而德狠狠一拍桌子道：
“山东半岛和青岛等地，从来就是我们中国的国土，你们德国人强占了几十年，那就是说你们德国帝国主义者侵略了中国几十年，中国可没还手。这一次，我们中国虽然对你们德国宣战了，目的也只是想收回国土或者保住国土，并没有出一兵一卒打你们，事实上中德两国，并没有直接冲突。况且，中国人还是宽宏大量不念旧恶的，对德国始终寄以很大的同情，对于现在中国的德侨，依然十分优待，毫无侵侮，难道中国错了吗，对不起你们吗？”
一番话，说得范而德哑口无言，无以驳斥，只好缓和了口气说：
“好，好，我替你运，而且免费。”
于是，80箱图书仪器，被顺利运往中国北京。
事后，范而德曾对同僚说：
“一个国家不能打败仗，打了败仗，连一个外国学生，也可以跑到我外交部来拍桌子教训人！”
朱家骅也对本国同学说：
“得理不让人，是没错的，对外国人尤其如此。你不开导他，他永远不知道自己理亏。个人可以谦让，国家可不能谦让！”
1922年10月，29岁的朱家骅获德国柏林大学博士学位，留德国进行研究工作。此间，朱家骅结识了一批旅欧华人，如顾维钩、徐志摩、梁启超、张君励、徐悲鸿、李四光等，对他以后的政治生涯颇有影响。
二、贵人相助，以学者从政
1.领导“首都革命”
1924年，朱家骅回到北京，在北京大学任地质系教授兼德文系主任。
此时正值国民党一大在广州召开之后，国共开始第一次合作，而北洋军阀仍在混战之中，朱家骅随即参加了北大图书馆主任、国民党北京执行部组织部长李大钊领导的学生运动。
1925年五卅运动爆发后，朱家骅指挥北京学生全体罢课，示威游行，声援上海学生的爱国运动。10月26日，朱家骅领导北京学生数千人在天安门举行关税自主大会，要求取消不平等条约。11月28日，朱家骅和顾孟余等指挥学生、工人举行反对段祺瑞政府的国民革命大示威运动，即被称为“首都革命”的著名事件。
对于这次示威活动，上海《民国日报》以《北京之国民大会》为题进行了详细报道：
“其主要领导人是北京大学教授朱家骅。参加者除了学生之外，还有‘工人车夫苦力’等。下午1时北京学生、工人、市民约5万人在神武门举行国民大会，大会主席朱家骅报告大会宗旨，即‘推翻军阀卵翼下之卖国政府’。会后群众即整队出发赴执政府，迫段祺瑞下野。”
游行队伍以上书‘首都革命’的大红旗为前导，工人、学生多手持木棒、长板等武器，沿途高呼‘收回关税自主权’、‘建设民众政府’、‘驱逐段祺瑞’等口号。游行队伍到达吉兆胡同段祺瑞住宅时，因有国民军守卫，未能进入段宅。群众当即开大会议决：‘对外极力谋国际平等地位；对内保证人民生命财产之安全及言论集会之自由；召集国民会议产生正式政府。’
“游行群众随后分赴教育总长章士钊、财政总长李思浩、交通总长叶恭绰以及执政府秘书长梁鸿志、曾毓隽等人住宅，将杂物捣毁，同时纵火烧了京警总监朱深的住宅……”
1926年2月，冯（冯玉祥）奉（奉系张作霖）战争拉开序幕，3月12日，日本军舰驶入大沽口，炮击冯玉祥的国民军；16日，日本以国民军破坏《辛丑条约》为由，与签订《辛丑条约》的八国公使，向段祺瑞执政府发出最后通牒，要求拆除大沽口国防设施，并集各国军舰于大沽口，以武力威胁北洋政府。
八国的最后通牒激怒了中国人民，在朱家骅、顾梦余、王世杰等人的发动组织下，3月13日起，北京开始爆发大规模学潮，反对日本要求国民军撤出大沽口。
3月18日，众多学生聚集在执政府门前广场，列队请愿，广大市民也纷纷加入其中。在这次请愿中，执政府卫队开枪射杀请愿群众，造成46人死亡，近150余人受伤，酿成历史上著名的“三·一八惨案”。
当时段祺瑞在家中养病，没有去执政府，究竟是谁下令开枪，不得而知。段祺瑞得知惨案发生后，异常震惊，立刻下令严惩凶手，接着赶到事故现场，面对死者，长跪不起。他哽咽着宣布自己将终身食素，以示忏悔。
但无论如何，“三·一八”惨案发生后，执政府已丧尽民心。1926年4月20日，段祺瑞通电下野。
段祺瑞政府垮台前，《临时执政令》发布对徐谦、李大钊、李石曾、易培基、顾孟余等人的通缉令，朱家骅也在黑名单之列。段祺瑞政府垮台后，奉系张作霖进京，在北大展开搜捕，26日凌晨4时北大教授邵飘萍被押往天桥处决。
朱家骅以及北大代校长蒋梦麟等人则躲入东交民巷，在六国饭店密商离京事宜，随后很快潜出北京，朱家骅回到浙江原籍躲避风头。
此时张静江、戴季陶均在广东参与北伐工作，戴季陶因身体虚弱，正好回老家浙江吴兴休养。作为老乡，戴季陶原本对朱家骅十分赏识，此时更是有意提携，因而介绍朱家骅南下广东，在石井兵工厂当秘书，不久又助钮永建、叶楚伧创办全国最高学术研究机关“中央学术院”。
“中央学术院”是孙中山提出设立的，乃中研院的前身。也就是从这时起，朱家骅与中研院结下了不解之缘。
2.整顿中山大学
1926年7月，广东国民政府发布《北伐宣言》，国民革命军誓师北伐。
当时，国民党有两所学校为革命培养人才：武有黄埔军校，文有广东大学。
广东大学同黄浦军校一样，亦为孙中山所创立。为纪念孙中山，广东国民政府于10月将广东大学改名为中山大学，并任命戴季陶为中山大学校长。
广东大学实际上是由省立高等师范等几个专科以上学校拼凑而成，其中还包括私立医学校。这些学校分散在全省各地，各自为政，犹如一盘散沙。
“中山大学法科不守法，医科不学医。”
这是出任校长之前戴季陶对中山大学的评。正因为此，患有神经衰弱的戴季陶，最初拒绝出任中山大学校长，不想收拾这个烂摊子。后在国民政府、中山大学师生的一再请求下，戴季陶提出了三个要求：
一、以顾孟余为副手，并要朱家骅同去；
二、解散学校，从新改组，也就是从四年级到一年级全体学生重新甄试，依成绩编班；
三、中山大学暂停校长制，成立整理委员会，戴季陶为委员长，顾孟余为副委员长，朱家骅为委员。
以上三个条件被全部接受后，戴季陶才来到中山大学，与顾梦余、朱家骅等人开始了整顿工作。整理委员会委员还有徐谦、丁惟汾等人。
四个半月后的1927年3月1日，中山大学复学。在复学典礼上，朱家骅发表讲话：
“委员会成立之初，就想到几点，就是要使大学办得好，成革命化的、科学化的，并且使革命早日成功，基础牢固，不致被反革命派抢去。几个月来，我们时时刻刻都设想种种法子，总要使这个革命的中山大学，成为与革命的社会结合的大学。”
可是，我们遇到的困难也不少：
“第一，中国人才根本缺乏，现在比辛亥革命以后，虽则人才多了些，但细细考察，仍然是十分缺乏的。”
“第二，委员会成立以后，中央党部和政府便北迁武汉，许多已聘定了的人才，都给他们带去了。”
“第三，有许多已聘定的在其他地方的人才，也因中央北迁，给中央吸了去，不能南下。”
“第四，因为革命势力发展到了长江流域，武昌也设中山大学，南昌也设中山大学，这么一来，将来虽可多些合作的团体，而目前却使这个聘人的困难，加深了一层。”
“第五，革命的大学，并不是可以随随便便的，不能拿那些只知道科学而在学术上有贡献的人物，随便可以聘请的。我们对他们的思想，也要特别注意，切不可以使革命的大学，被反革命分子占了去。因此，有些学者，学术虽好，因不合思想条件，也只好舍去了。”
诚如朱家骅所说，整理委员会成立不久，顾孟余、徐谦、丁惟汾便随北伐军北上，戴季陶也离开，先去庐山后去日本，整顿工作全部落到朱家骅一个人身上，在中山大学负实际责任的，也只剩了朱家骅一人。
四个半月来，朱家骅独自挑起大梁，大刀阔斧地整顿校务。他将全体学生重新考试分级，淘汰了200多人，将教职员400余人全体解聘，重聘70多人，其余聘请名教授，其中包括鲁迅、傅斯年、何思源、顾颉刚、杨振声、许德珩等人，使中山大学面貌焕然一新，秩序井然。
朱家骅牛刀小试，便表现出不凡的魄力与才华，令戴季陶十分高兴，知道自己没有看错人，对朱家骅更加倚重。这为朱家骅日后跻身政坛、飞黄腾达奠定了基础。
戴季陶与蒋介石是结拜兄弟，关系密切。对朱家骅来说，得到戴季陶的赏识，便等于拿到了仕途通达的通行证。
时值大革命运动迅猛发展，但国共合作已现裂痕，思想斗争、政治分歧日趋激烈。1927年4月，蒋介石在上海发动“四·一二”反革命政变，李济深、钱大钧、朱家骅等人遥相呼应，在广东也组织“清党”，制造了广东地区“四·一五”反革命事件，捣毁并关闭工会、学校等机关200多个，逮捕和杀害共产党员和工人积极分子2000余人。
“清党”后，广东省政府改组，在戴季陶的举荐下，朱家骅升任省党部常务主席、省府委员、广东政治分会委员、民政厅长、教育厅长兼中山大学副校长。
由此，朱家骅以学者身份登上了政治舞台。
3.在粤“好管闲事”
朱家骅以一介书生执掌广东民政后，工作上兢兢业业，勤勤恳恳，在不到半年的时间里，制定并执行了几项人们意料之外的政策。
朱家骅首先制定实行地质调查及土地测量，并设立了两广地质调研所，自任所长，又与中山大学地质系研究所合作，共同进行两广地质调查工作。尤其难得的是，该所派遣调查团调查西沙群岛时，带回了珍贵资料，使国人开始了解西沙群岛。
其次，朱家骅实施户口普查，这是庶政之本。
第三，朱家骅提倡妇女放足运动，倡导妇女放弃束胸缠足的行为，此项政策引起哗然一片。
在时人观念中，妇女束胸缠足乃天经地义之事，没有任何不妥。但朱家骅却说：
“这是残害妇女同胞、妨碍国民健康的陋习，也是国民党应革命的对象！”
朱家骅的同僚、陈绍贤曾在《传记文学》杂志所主编《专题人物——朱家骅》的座谈会上，讲到朱家骅的此项政策，他说：
“骝公任广东省民政厅长时所实施的民政改革事项，诸多顺利。只有一项曾受部分言论界的非议与反对，那就是通令各县市长推行‘劝导妇女解放束胸’运动。这一通令发布后，引起社会上的哗然。反对的呼声大都是：‘干涉妇女个人的生活习惯’、‘洋派作风’、‘好管闲事’等等。因之，各县市长初多观望。”
“民政厅经一再解释此种劝导运动，旨在维护妇女们的健康，也有利于对婴孩之哺乳。且从长着想，事关民族健康，并非美观与否的问题。骝公并派员分赴各县市协助推行此种运动。后来各地有识妇女，首先响应，也蔚成了风气，民间因感受其益，曾有以民政厅解放束胸解放缠足是另一项辛亥革命的歌谣，风行一时。”
朱家骅任内做的第四项工作，便是一口气更换了广东半数县市长，这个过程仅用了不到两个月，令人瞠目结舌。
但即便朱家骅展开了一系列工作，取得了一定成绩，但他仍感到力不从心。广东政局十分复杂，政治措施掣肘颇多，朱家骅作为一介书生，在广东政界没有根基，因此深感势单力薄。
就在此时，广州发生了“张黄事变”，朱家骅更加无法立足广东。经张静江相助，他于1927年11月调浙江省任民政厅长。但广东各职仍兼任长达三年之久。
其实，早在这年夏天，浙江省政治分会主席何应钦便发表朱家骅为浙江省政治分会委员、浙江省政府委员兼农工厅长。当时，朱家骅没有同意，选择留在广东。与此同时，大学院院长蔡元培聘请朱家骅为中央研究院筹备委员，他则一口答应。可见朱家骅对学术工作的热衷。
朱家骅离开广东后，于11月22日在上海晋谒了蒋介石，蒋介石知道他不太情愿到浙江上任，便力劝他“到浙江接事”，并和他谈起对家乡的建设。
也就是从这时起，朱家骅开始了与蒋介石的直接往来。
12月10日，朱家骅在杭州接任浙江省民政厅长。当时，浙江省政府主席是张静江，张静江鼓励朱家骅在政治上大刀阔斧，将从民初至军阀混争时期留下的政治人物全部清除，自县长以迄县政干部尤其是作为政治工具的警察官员，全部启用新人，以便全盘掌控。同时张静江承诺给予朱家骅全力支持，这就为朱家骅“推行新政”带来诸多便利。
从广东的“势单力薄”，到浙江的“贵人相助”，虽同是执掌一省民政，但朱家骅的处境和心境大为不同，此次朱家骅感到胜券在握，誓要在浙江搞出点名堂来。
4.执掌浙江民政
朱家骅是受过系统教育的留洋博士，平日里虽有些自命不凡，但对于有声望的社会名流，仍能够虚怀相处，因此人缘甚好，对他在浙江“推行新政”整顿吏治产生了颇为有利的影响。
朱家骅一方面在同学和朋友中物色政治助手，因人授事，量才适用，为此特地组织“北大同学会”，以联络北大校友，扩充实力。另一方面推举省里有社会影响的头面人物，或有学术地位的权威人士充任民政厅高级名誉顾问，以树立自己尊贤敬老的形象。
将旧官场上官员全部从民政厅撤换之后，朱家骅开始了第二步的行动：进行县长考试。他在1928至1930的任期内，先后三次举办县长考试，选拔人才。
县长考试标准相当苛刻，除“才学”外，还重视“仪表”和“辩鉴”。“仪表”和“辩鉴”只有通过面试和口试才能考核，而最后录取与否，起决定作用的也在于面试与口试。考生笔试及格后方可参加面试和口试，面试和口试同时进行，朱家骅亲自上阵，甄选人才。
与考试标准苛刻相对的，却是报考者条件的放宽，只需有一定的学历和行政经验，不论年轻老少，均可报考。朱家骅此举用意在于多中取才，沙里淘金。
三次县长考试，总共录取近百人。每届报考者有千余人，录取者仅二三十，以30岁左右青年居多。以大量青年出任县长之职，在当时可谓绝无仅有，一时轰动全国。
朱家骅在任期间，浙江70余县大多换上了这批新县长，使得县政权力全部集中于民政厅，成为朱家骅执掌浙江民政的政绩之一。
第三步，就是朱家骅一生中最擅长的——办校。
朱家骅在任内办了两所学校：浙江省地方自治专修学校和浙江省警官学校，由朱家骅本人兼任两校校长。
两校均办了三期，自治学校共培养学生五六百人，其中一大部分学生毕业后出任区长或自治指导员；警官学校为整顿和掌握全省警察实力而设，其毕业生均以县警察局长、分局长和警佐任用。办校两年后，朱家骅通过这两所学校培养的人才，纷纷投入革命之中，势力遍布全省。
朱家骅还组织新政考察团去河南、山西考察，回来后仿效山西做法实行“村里制”，并写成《御村制》加以说明。
此外，朱家骅实行清查人口、划编街村组织；改组县政府组织体系，以大小等级限定固定员额，以革除浙江省以往冗官冗员的积弊；整顿警政、办理土地陈报、清查全省土地、确定产权、编制地籍账册，以为地方财政基础。
由于浙江地少人多，朱家骅还组织浙江人民往东北移民。但由于大多数被移民者难以适应东北气候，不久便纷纷逃了回来，移民之事最后不了了之。而朱家骅通令各县实行的积谷备荒、兴办团练、普及卫生、禁止溺婴、整饬吏治等一系列“新政”，在短期内很难见到效果。
但朱家骅在张静江的支持下，在浙江创立了这些新政，成为中国现代化民政的楷模。
对于朱家骅的政绩，十年后出任浙江省民政厅长的阮毅成表示了肯定和钦佩，他说：
“……十年后，我奉命担任浙江省委员兼民政厅长，乃知浙江地方自治与警政地政之基础，盖无一不由骝先生于其任内所奠定。每检阅旧卷，见其手批案牍，其规模之宏达，思虑之周密，立法之至公至正，用人唯贤唯才，均跃然纸上。”
“十年之间，虽民政厅已数易其长，而我却深得萧规曹随之便……”
三、仕途通达，出任封疆大吏
1.中央大学校长
1929年3月，朱家骅出席了国民党“三大”，当选为中央执行委员和中央政治会议委员，一跃而成为国民党中央大员，从此开始参与国民党统治的中枢活动。
然而，就在朱家骅春风得意踌躇满志的时候，不意中遭致重创。
1930年浙江省全国代表大会选举时，朱家骅凭借在浙江经营多年，党羽众多，声望日隆，幕后操纵使其亲信占据党部候选人名额的三分之二，引起CC系的强烈不满，结果在权力争斗中被CC系击败，致使选举失败。
这还不算什么，对朱家骅来说，更为失败的是，他与老靠山张静江发生了冲突。此次选举浙江省党部委员时，张静江向朱家骅推荐了几名候选人，朱家骅却予以回绝。张静江大发雷霆，当面指责朱家骅说：
“没想到你如此忘恩负义，劝你不要太得意忘形！”
两人随后分别向戴季陶诉苦，戴季陶赶紧从中调解，无奈冲突已经形成，两人关系终至破裂。如此一来，朱家骅在浙江已无法立足，只好忍痛离开苦心经营数年的浙江，于1930年9月辞去在浙江的全部职务，前往广东接任戴季陶转让给他的中山大学校长一职。
朱家骅遭此重挫，心中无比沮丧。然而在中山大学任职刚刚两个月，突然间峰回路转：中央大学校长张乃燕去职，中央改派朱家骅出任中央大学校长之职。
对于中央在如此短的时间内，先让朱家骅出任广东大学校长，旋又任命中央大学校长，戴季陶高兴之余，颇为疑惑，曾亲问蒋介石原因。
蒋介石的回答很简单：
“我就是要朱家骅到南京来。”
戴季陶点点头，心中明了，他由此话推测蒋介石要朱家骅来南京的原因有二：
第一是朱家骅整顿中山大学有成绩有经验，要他来办好中央大学；
第二是党政中央，亟需人才，尤其是朱家骅这类有现代学养有政治才华的年轻领导人才，所以急调他来中央。
12月中旬，朱家骅来到南京，就任中央大学校长。他重振精神，决心在政治上东山再起。主持校政后，他首先提出在学校进行政治训练的方案，提议实施军训，设训育员以限制和监视进步师生的言行。此举很快传到蒋介石耳中，蒋介石十分满意。
朱家骅又在题为“中国大学教育的现状及应行注意各点”的报告中，指责现行大学之缺点，阐明了对大学教育改革的观点，颇得各方赞誉。同时利用留学德、奥、瑞三国同学会的组织，拉拢各界学者名流为自己捧场，并在南京《新中华日报》上制造舆论，树立声望。
朱家骅调任中央大学校长后，和戴季陶的关系更加密切。戴季陶经常在蒋介石身边，为其出谋划策，顺便多次向蒋介石介绍吹捧朱家骅，使得蒋介石对朱家骅越来越重视，此后一直对朱家骅委以重任。这也为日后戴、朱一派势力能够与“CC系”并驾齐驱，成为蒋介石得力助手奠定了基础。
蒋介石为了军事需要，长期从国外聘请军事顾问。朱家骅通过他在德国的关系，为蒋介石聘请了多位德国军事顾问。
早在1927年，张静江拟请德国专家设计一个大兵工厂，朱家骅便从德国请来鲍桦尔上校。鲍桦尔带着《中国陆军计划书》来到上海后，朱家骅陪同他去拜见蒋介石，并担任翻译工作。随后，鲍桦尔被蒋介石聘请为军事顾问。
1929年鲍桦尔逝世后，朱家骅又从德国请来西战场作战局长佛采尔将军，并陪他赶赴江西内战前线拜见蒋介石，蒋介石立即聘其为军事顾问，协助“剿共”。
后来德国前国防部长塞克特将军退休，朱家骅奉蒋介石之命，聘请他来中国担任德国军事顾问团总顾问。
德国军事顾问团在中国存在了长达十年之久，对蒋介石的“军事建设”起到了重要作用，而朱家骅在其中参与谋划，进一步赢得蒋介石的信任。
2.首任教育部长
1931年9月18日晚，日本关东军突袭了东北军驻地北大营，同时包围了沈阳城。东北军参谋长荣臻，在蒋介石不抵抗政策主导下，命令北大营官兵不得抵抗，刀枪入库，杀身成仁，为国捐躯。于是，8000名东北军将士，面对冲进北大营的500多名日军，除了少数官兵违背命令，夺取了一些枪支进行抵抗外，大队士兵撤退，其他原地待命的士兵，均惨遭日军杀害……仅仅几个小时后，沈阳沦陷。
“九·一八”事变的爆发，激起全国人民抗日反蒋怒潮，学生运动随之再起，全国各地学生纷纷赴宁请愿。10月底，南京请愿学生拥入中央大学，进行抗日宣传。
对于学生的爱国热忱，朱家骅不忍苛责，毕竟他曾是学生游行示威的组织领导者，但他心中仍颇为不安。
有一次中央大学学生代表去中央党部请愿，要求见蒋介石，正好天下大雨，蒋介石不在，由秘书长丁惟汾代表接见。丁惟汾见学生们淋着雨，自己虽然已50多岁，也拒绝打伞，冒着雨，挺立着身躯，向学生们讲话，结果在学生前列发现了朱家骅的身影。
原来，朱家骅担心学生们请愿闹出事端，因此悄悄跟随，也在雨中听丁惟汾讲话。关于这件小事，很少有人知道。
同年年底，朱家骅被提升为教育部长，于1932年2月20日正式到职。
作为拥有多年办学经验和成果的留学博士，朱家骅完全能够胜任教育部长一职。但就朱家骅个人来说，掌管全国文教是一个新的起点，新的挑战，他因而跃跃欲试。他的一个信条就是：
“我们教书的今天参加中枢政治，至少要为文教方面做点事。”
出任教育部长后，朱家骅着手实施的大项目有十几项，简单概括为：
一、推行义务教育；
二、整理中学教育；
三、注重师范教育；
四、注重职业教育；
五、注重专科教育；
六、整理大学教育；
七、推行蒙回藏教育和华侨教育；
八、推行青年及成年补习教育；
九、厉行国民体育；
十、推行电影和播音教育；
十一、增设并充实各地图书馆；
十二、筹设中央教育馆；
十三、改良课程；
十四、充实教学设备；
十五、注重训育；
十六、厉行考试，实行中小毕业会试，大学毕业也严加考试，使与国家及企业用人相连结，国外大学毕业回国者，也应由国家举行甄试，及格者，授予国家学位。
朱家骅一贯倡导西学，注重教育改革，目的为促进中国教育制度现代化。他认为，高等教育“应求充实，勿事铺张，必须提高研究学术之程度，并注意于实用人才之培植”，中等教育“应切合社会需要，救济国民生计”。
朱家骅为倡导学术自由，提携年轻后进，颁布了一系列教育法规和章程，制订了《小学法》、《中学法》、《职业教育法》、《专科教育法》、《师范教育法》等，均为国家教育基本大法，并于1932年12月26日通令实行。
为扫除文盲，朱家骅发起识字运动，推行四年制义务教育，称为“短期小学”，以10岁到16岁的失学儿童为对象，限定认字一千五百字，每天授课两个小时，学制一年。
朱家骅还积极派遣留学生，于1933年夏天举办第一届留英学生考试，往后每年一次，共举办了九届，选拔了不少人才出国深造。
教育部的这些活动，需要庞大经费支持，而这笔经费，却由铁道部支应，不能不说是一件怪事。
朱家骅早在1931年，曾在国民党中央全会提议设立国立编译馆，虽获得通过，但一直没有实行。出任教育部长后，朱家骅重新拿出这个提案，打算将其付诸实践，却苦于经费无着。这时，朱家骅想到编审处。
编审处从北洋时代便已存在，专审教科书，常遭人非议。朱家骅决定将其并入编译馆，原编审处的预算便成为编译馆的预算，但也只有一千五百元。
在行政院院会席上，院长汪精卫就提道：
“一千五百元，怎么办事？”
朱家骅则表示：
“没办法，只好先成立了再说。”
会议席上，铁道部是比较富裕的部门，部长顾孟余没到，由次长曾仲鸣代表，汪精卫就问他：
“铁道部能够多少帮助点吗？”
曾仲鸣想了想答道：
“勉强可以帮助五千元。”
曾仲鸣回答后，案子立即获得通过。
曾仲鸣当时的意思是一次性的帮助五千元，但并未说明是一次性的。散会后，朱家骅便亲自跑到铁道部，找到顾孟余说：
“我们教书匠今天参加中枢政治，至少要为文教方面做点事。这不是我今天主持教育才说这种话，希望铁道部把这五千元改为按月的补助。”
顾孟余和朱家骅曾同在北大教书，后来又在中山大学重逢，两人在教育学术方面颇有渊源。顾孟余被朱家骅一番话打动，经与铁道部同僚商议后，很快便给朱家骅去信表示同意。
就这样，国立编译馆成立后，每月能够获得六千五百元经费。
此外，朱家骅还曾在行政院会议上提议设立国立中央图书馆，决定首先选印《四库全书》中的无刊本等部分，交商务印书馆办理；不久又提议设立国立中央博物院。
3.危难中主政浙江
朱家骅在教育部长位置上只坐了一年，1933年4月，中央发表王世杰接替朱家骅出任教育部长，朱家骅则出任交通部长，直到1935年12月卸任。
1936年夏天，蒋介石有意任命朱家骅为湖南省政府主席，却被朱家骅拒绝。朱家骅在交通部长任上时已对政治产生厌倦心理，希望从事学术工作。而早在这年春天，中央研究院院长蔡元培聘请朱家骅兼任总干事，正合朱家骅心意，朱家骅因而欣然接受。
10月，蒋介石又任命朱家骅为浙江省主席，朱家骅因志不在此，于28日飞往洛阳，当面向蒋介石报告说：
“委员长，我已接了中研院的事，希望您能准许我去中研院工作。”
但蒋介石坚持要朱家骅出任浙江省政府主席。浙江是蒋介石的老家，蒋介石一向十分重视对这块地盘的建设与经营，能够任命朱家骅主政浙江，足见他对朱家骅的信任。
12月初，蒋介石再度电劝朱家骅主政浙江，并称已将此项任命送交国民政府发表，朱家骅无奈，只好同意。
不想，朱家骅还没有来得及去上任，便发生了西安事变！
12月12日，时任西北“剿匪”副总司令、东北军领袖张学良和时任国民革命军第十七路军总指挥、西北军领袖杨虎城，为达“停止剿共，改组政府，出兵抗日”的目的，在西安扣留了蒋介石。
朱家骅闻讯后，赶忙前往杭州上任，正式出任浙江省政府主席兼民政厅长，以免蒋介石被扣期间，浙江发生什么乱子。不久，“西安事变”和平解决，蒋介石平安归来。朱家骅心中总算一块石头落地，开始专注于政事。
六年前，朱家骅从浙江民政厅长的位子上出走广东，正在踌躇满志之时，心中自是耿耿于怀。如今不但“卷土重来”，而且一跃而为省政府主席，但朱家骅却再也找不回当年的心境，加上此时浙江现状不容乐观，不仅财政困难，而且债台高筑，积债达九千多万元。
在此情况下，朱家骅没有立即召回当年原班人马扩充实力，而是事必躬亲，聘请专家成立债务整理委员会，对财政进行彻底整顿。
按照中央命令，朱家骅首先建立了会计制度，开源节流，同时撤销不合理的苛捐杂税400多种。还建立了蚕桑研究所、昆虫局、音乐馆，加强图书馆，修建国防公路，代付医院伤兵用费270多万元。
在极短的时间内，浙江省面貌骤变，各处展现出一派生机勃勃的景象。到1937年年底，省政府进行年终决算，各县均有剩余，省政府的结余也有一千多万元。
在整顿财政的过程中，朱家骅秉承蒋介石的旨意，注重对民众的组训工作，为团结抗日做准备。
待一切步入正轨，朱家骅也开始将从前在浙江的老班底召回，搭好衙门架子，准备大显身手。
然而就在这时，“七·七事变”爆发了。蒋介石虽调兵遣将，奋力抵抗，但面对武器装备先进的日军，终无法逃过连连战败的命运。7月末，平津相继陷落。8月13日，日军对上海发动大规模进攻。
“八·一三”淞沪会战爆发后，朱家骅积极为上海前线补充兵源，支援物资，并拨款成立了24个伤兵医院。他日日夜夜坚守岗位，随时接受请示，立即决定相应措施，大大提高了行政效率。
10月中旬，上海战场已苦撑两个月，形势危机，杭州上空也经常出现日机，盘旋不去。朱家骅有一次在西湖孤云草舍召开军政会议，日机飞至草舍上方，迟迟不肯离去。与会人员请朱家骅变更开会地点，朱家骅却笑着摇摇头，毫无惧色。一介文人，竟有如此胆识，与会人员皆敬佩不已。
晚饭后，朱家骅对左右说：
“文人胆识，有时候并不亚于军人。如此非常时期，不镇定何以应付变局！”
4.抵制焦土抗战
随着战火蔓延至浙江，11月5日，日军在钱公亭登陆。杭州守军第十集团军第六十三师，为阻止日军前进，打算掘毁钱塘江堤，以江水拦截日军。然而一旦决堤，浙江的杭州、嘉兴、湖州，江苏的苏州、常州、镇江、松江、太仓一带，都将立刻被江水淹没，势必给国家和人民造成巨大损失。
朱家骅得知此事后万分惊异，立刻下令停止决堤，同时致电蒋介石，恳请严令制止决堤。蒋介石经过一番权衡之后，批准了朱家骅的请求，这才保住了两省七八县人民生命财产的安全。
11月14日，国民党军队撤出了嘉兴，杭州一片混乱，中央、中国、交通、农民四银行职员置三四百万银元不管，全部逃命而去。
朱家骅闻讯大怒，严令四银行负责人返回杭州料理撤退，随即为四银行撤退准备了交通工具，并派警察护送，使四银行储备完整无缺地撤出杭州。
11月20日，军政部派员运来两吨炸药，限令炸毁钱塘江大桥。钱塘江大桥是疏散人员及物资的主要通道，一旦炸毁，将使尚未撤出的物资和人民的生命财产遭受巨大损失，朱家骅对来人说：
“这桥建造的时候，早已准备了安置炸药的地方，随时可以炸毁。不过现在正是疏散物资与人员的时候，大桥是主要动脉，无论如何不能马上破坏，一切责任由我主席负担。”
朱家骅同时电告上级部门，要求延缓炸桥。
在朱家骅的努力争取下，炸桥计划推延至11月23日方实行，而此时，军民已经撤退完毕，朱家骅又为浙江人民立下一功。
朱家骅虽然竭力保护了浙江人民生命财产的安全，但面对杭州此时的混乱，作为文人主政的朱家骅，却显得有些束手无策。
例如，此前一些国民党军政人员，为保全身家，与上海汉奸联络，进行投敌活动，搅得浙江省政局更加混乱不堪，朱家骅无力阻止；日军尚未攻占杭州，省市所属各机关要员便纷纷放弃职守，以保全身家为计，省会警察局长甚至主张全市所有机关撤岗，朱家骅亦无以为对。
蒋介石将一切看在眼里，认为此时应该启用军人主政，于是改组了浙江省政府，派桂系首领黄绍竑前往浙江接替朱家骅的省主席职务。
蒋介石的任命下达后，浙江省政府进行最后一次会议，各厅长、处长按照惯例做出决议：送朱家骅五万元政费。朱家骅却恼怒道：
“如今国难当头，要我公开收取五万元‘卸任费’，岂不贻笑天下！”
厅长们赶紧解释说：
“历届主席离任都是如此，请主席不要推辞。”
朱家骅态度不变，严词拒绝道：
“我作为一介文人，对战乱无能为力，保全自己的名声还是可以做到的。如此惯例，实在是陋规，必须革除！”
拒绝了卸任费，朱家骅便在杭州等待黄绍竑，准备办理交接。
12月初，黄绍竑抵达金华，随行的是他在沿途中收容的广西军队三千多人。当时，浙江省政府已迁至金华，黄绍竑以为朱家骅会在金华办理移交。因而一到金华，便问前来迎接的当地行政督察专员阮毅成：
“朱主席是否已来金华，准备何时办理移交？”
阮毅成回答说：
“朱主席还在杭州，恐怕要在杭州办理移交了。”
黄绍竑听后有些诧异，流露出不太相信的表情。如此战乱之中，省政府都搬到了金华，朱家骅一介文人怎可能留在杭州？阮毅成只好重复一遍，黄绍竑这才说：
“他能在杭州等，我当然也可以去杭州接。”
12月6日，黄绍竑乘坐专车抵达杭州，对胆识过人的朱家骅已是另眼相看。
朱家骅办好交接后，决定9日离开杭州，因为此时他心里还有一件大事放不下，他要把这件大事安排妥当才能离开。
原来，早在11月24、25日间，朱家骅便听说政府准备焚毁杭州城，实行“焦土抗战”政策。对此，朱家骅表示强烈反对，他不止一次地对部下说：
“外面焦土抗战的风气很盛，一旦杭州撤退时，你们一定要防止！”
11月底，杭州绅士金润泉等人向朱家骅报告，说已有人在杭州街上划下区域记号，贴上标签，准备了火油、木材等纵火材料，准备火烧杭州。朱家骅听后心急如焚。
离开杭州前，朱家骅特地再一次召集杭州市长周象贤、省会警察厅长赵龙文、省府委员罗霞天、保安处长宣铁吾等四人，对他们说：
“我已经去市区了解过，确实有上海派来的别动队准备火烧杭州，‘焦土抗战’恐怕势在必行。因此杭州撤退的时候，你们一定要尽全力阻止放火，杭州就靠你们了！”
朱家骅叹了口气，又缓缓说道：
“一个地方不得已失守，这个地方上的人民财产还是我们中国的，我们总有一天会回来，我们如果将城市一把火烧掉，受损失的还是我们中国人。”
不久，杭州撤退时，黄绍竑果然下令火烧杭州。受朱家骅嘱托的这些人，立即表示强烈反对和抗议，并说服众人联合阻止“焦土抗战”。别动队最终没有动手放火，杭州城终于得以完整保留下来。
四、主持党务，不忘经营文教
1.以学者身份办党
朱家骅卸任浙江省主席后，先赴武汉，后去重庆，在戴季陶的帮助下，很快在国民党中枢占据一席之地。他先被任命为国民政府军事委员会参事室主任，其间，蒋介石曾嘱托他组织一个智囊团，被朱家骅婉拒。
随后，1938年3月，朱家骅改任国民党中央执行委员会秘书长，兼党务委员会主任委员，并按中常委决定，再兼中央调查统计局局长。7月成立三青团，朱家骅又被任命为干事会常务干事，不久兼代中央团部书记长并主持中央训练团党政训练班三期。
1939年12月，朱家骅转任国民党中央组织部长，主管国民党党务。
朱家骅以学者身份办党，给国民党注入了新鲜血液，形成了一些新风气。对于朱家骅办党这段经历，他的老部下甘家馨后来曾评价称：
“我们这个党，从民国二十五年开始变了质，变成了些派系，乃至变成一种官僚气习，所以到抗战开始以后，党的风气更是不振作。朱先生到了党以后，就带来一些新观念和新作风。”
“第一，他认为党不是一个孤立的集团，而是一个社会团体，所以对外对内都不可以狭隘，应该采取开明的作风。”
“其次，他认为党不断要有新血输，才能造成党的新生命。”
“第三，他认为党要社会化，最要紧的是要能和教育界文化界沟通，因为中国的社会结构，仍然是士人社会，而不是资本主义社会工业社会，党若与教育文化界脱节的话，党将完全没有群众基础。所以，他极力地设法要使党开门，让教育界的人进来，使大学开门，让我们的党进去。”
事实正是如此，朱家骅出任组织部长后，认为国民党在知识分子方面基础不够雄厚，决心把党务打进学校等知识分子集中的地方，于是在各大学设立国民党党部，先后发展了一批大学教授和学术界人士入党。
蔡元培逝世后，朱家骅接任中央研究院院长，把整个北大系势力全部包揽过来，所以国民党认为，朱家骅任组织部长时期是“学人报国的最盛时代”。
另一方面，朱家骅以举办训练班的办法，网罗人才，仅1942年朱家骅就举办了三期党务讲习班，八期战地党务干部训练班，还选调各大学高年级女生举办“女子夏令讲习所”，从中发现人才，培养骨干。
朱家骅还将从战区逃出来的青年，按文化程度分配到中学、大学。原来的大学生不仅可以继续入大学读书，朱家骅还为他们在机关里留有名额，可以领着薪水去读书，如此便吸引了众多人才。
当有同僚向朱家骅举荐人才时，朱家骅总是秉公办事，派人对被举荐人进行调查了解，如确实为可用之才，必定派用。他还指示部下道：
“党的工作人员，除了要重视他的历史以外，更要提高他们的学术水准。”
朱家骅通过各种途径，为国民党输送新鲜血液，尤其是知识分子，使其对国民党信心倍增，同时朱家骅个人势力也得到扩展。
2.与CC系相抗衡
朱家骅办党期间，在工作中遇到的最困难的问题，当属拓展沦陷区党务。沦陷区的党组织在撤退时遭到破坏，人员伤亡惨重，即便平安无事的也失去了联络，因此需要慎重甄选有才能的人，派去沦陷区布建基层组织。
朱家骅大胆而细心地选拔人才，不断派人去沦陷区，取得了较为可观的成果。例如1938年5、6月间，朱家骅派人秘密前往河北、山东重建基层组织，同时令察哈尔省党部委员派张季春策动伪蒙军和伪蒙政府的人反正。8月派吴绍澍负责上海团务，派蒋伯诚、吴开先重组上海党务。10月派林尹主持汉口市党部。
其中，林尹曾在1941年4月25日在汉口被日军劫持，并押解南京，敌人对其威逼利诱，想迫其加入伪组织，但林尹软硬不吃，伪组织三次要杀他，他眼睛都不眨一下，连伪组织的人都颇为感动，便将他长期监禁起来。
朱家骅得知此事，给林尹拍了一封电报，几经辗转，终于送达林尹手中，电报称：
“景尹兄鉴：得各方报告，吾兄坚决之志，忠烈之忱，令人震撼。生才不易，幸把握时机，以求大用，非万不得已，勿作无谓之牺牲。”
这封电报，让遭监禁的林尹十分感动。随后，朱家骅对林尹展开营救活动，10月终将林尹救出。12月5日，林尹前往重庆拜见朱家骅，朱家骅喜极而泣，紧握林尹的双手道：
“先听说你出事了，我曾经通夜失眠。后来又听说你决心一死，更是几夜彷徨，无法安枕。你父亲你叔叔，都是我的好友。假如你成仁了，我对不起我的好友，假如你苟且偷生了，我又对不起党国。现在，你既不辱使命，又得生还，我最感到安慰，我现在真是欣喜欲狂了。”
此外，朱家骅还派罗大愚到东北布置地下工作，取得了可喜的成绩。朱家骅本人曾评价道：
“从二十七年（即1938年）起，派去陷区工作的人员中，以东北的地下工作最好，华北次之，华中又次之，到了华南就没有了。”
朱家骅出任组织部长后，还有一项艰巨任务，就是与CC系相抗衡。
组织部是国民党的要害部门之一，国民党各省市党部负责人都是由中央组织部提名，经蒋介石批准，再由中央常委会通过后任命的。本来党务工作一直有陈果夫、陈立夫兄弟把持，二陈凭借CC系势力，协助蒋介石指挥党务、特务系统，控制宣传、文教、经济等部门，深得蒋介石信任。
但戴季陶、于右任等国民党元老对二陈长期把持中组部早有不满，朱家骅就任中央秘书长、中央组织部长后，得到戴、于大力支持，在选用学术性人才的同时，还大力争取国民党内各派系力量，把丁惟汾的人，改组派的人都拉拢到自己一边，甚至不得志的CC老将吴开先也进了朱家骅的圈子。
朱家骅通过培植个人势力，建立起自己的独立体系，排挤和打击CC系。
陈果夫曾满腹牢骚地说：
“朱骝先太不像话，怎么单对我们的人开刀。而我们的人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变。”
到1944年，以朱家骅、戴季陶为首的派系力量，已足以与二陈的CC系相抗衡，因而被称作“新CC系”。此时，蒋介石对CC系独揽党务大权、导致党的腐败现象发生心怀不满，于是对朱家骅颇为器重，希望“新CC系”与CC系能够互相牵制。于是两派之间勾心斗角，矛盾日益加深。
1944年5月，国民党在重庆召开第五届中央执行委员会第十二次全体会议，而此前几个月，朱家骅要把下级党部的选举制度恢复起来，引起党内部分人士不满。CC系趁机挑拨是非，排挤朱家骅。
在此次会议上，朱家骅被迫将组织部长一职还给陈立夫，陈立夫则把教育部长一职让给了朱家骅。11月，朱家骅再任行政院教育部长。
3.困境中拯救教育
朱家骅以学者从政，且位居中央部长，表面看来风光无限，其中苦楚，恐怕只有朱家骅自己知道。他性格耿直，容易树敌，并不适合在尔虞我诈的官场行走。他曾私下对好友沈刚伯说：
“唉，还是你们做学问的好。我很后悔。现在，丢开学术太久，再回头也难了。”
朱家骅虽未直接参与学术研究工作，但始终热衷文教事业，无论在浙江省主席位上，还是主持党务期间，都不忘“为文教方面做点事”。
抗战爆发后，北方的大学和研究机构有的停办、有的紧缩，在这些机构任职的学者专家只好南下谋生，生活陷入窘困之中。
时任浙江省政府主席的朱家骅发现这个问题后，为了保护国家人才，立刻安排人在云南大学、重庆大学、广西大学、四川大学、湖南大学等处分设讲座，为教授们安排教席；同时另设科学研究补助金，使青年科研人员能够继续从事研究工作。
战乱中，朱家骅不仅对学术研究人员加强保护，对国家文物同样珍爱有加。
1937年11月，杭州沦陷前，在一片混乱中，朱家骅得知存放在南京朝天宫的一万多箱故宫文物因经费不足而无法迁移，立刻向蒋介石报告此事，并致电南京卫戍司令唐生智，请求他设法安排交通工具和相关人员，火速抢运西撤，无论如何要保住这批国宝珍品；再电中英庚款董事会总干事杭立武，要求拨垫运输费用。
蒋介石对此事也尤为重视，立即令侍从室调集卡车，帮助搬运，同时令交通部次长于飞鹏准备轮船，发动文教人员，将一万多箱文物以水陆两路分别抢运到后方，寄存在贵州安顺、四川乐山及峨嵋三处，使一大批珍贵文物免于落入敌手，为国家保存了一批稀世珍宝。
后了国民党溃败逃往台湾，在朱家骅的指挥下，这批文物又被运往台湾，现珍存于台湾雾峰。
朱家骅任中央组织部长期间，还发生过一位画家在敦煌千佛洞临摹壁画的事件。由于这些壁画是一层一层画上去的，而这位画家为了自己画画，竟画一层后剥去一层，若任其如此临摹下去，千佛洞里的北魏、唐、宋、元、明、清历代壁画将全部毁于一旦。
有人将此事报告给朱家骅，朱家骅立刻写信给河西走廊的党务专员陈克中，令其设法会同当地专员公署，火速制止此事，最终使国家重宝得以保全。
朱家骅二任教育部长时，正是中国抗日即将胜利的时期，日军在做垂死挣扎，进行“最后一掷”，其规模之大，在侵华战争期间空前绝后。
蒋介石、战区指挥官以及美国驻重庆武官，皆对此始料未及，在国军准备不足中，日军向中原和西南相继展开猛烈进攻。
首先是中原大战，经过仅仅近40天，日军便以五六万之兵力，在有三四十万守军的河南境内攻城略地，连占包括郑州、洛阳、许昌等中原重镇在内的城市38座，不仅打通平汉线，而且控制了河南境内陇汉线大部。
与此同时，日军向长沙、衡阳发起猛攻，长沙、衡阳亦相继陷落。
不久，日军又发动了广西战役，先后占领桂林、柳州，于1944年11月24日进入南宁，并派二三千人追赶国军至贵州，一度令贵阳、重庆哗然。
如此局势中，广大战区学校和教育机构受到严重破坏，教职员和学生遭遇家破人亡、转徙沟壑者众多，怎样救助这些学校和教育机构，如何安置这些教职员和学生，成为朱家骅二任教育部长后面临的第一项任务。
对于朱家骅完成这项任务的经过和结果，他本人曾在1945年7月9日的第四届国民参政会第一次大会中做了报告：
“本人到部第一天，正是贵阳吃紧的时候，于是‘应变’就是本人到部的第一件工作……在这些地区中，学校的迁移、员工的安顿，工作都非常繁剧。”
“自本年一月至五月底止，教育部招致的战区学生，已有三万七千多人。六月份统计未齐，估计最少也有五千人。这些学生都要为他们分发学校，或设进修班，或收容于训练所……”
在交通运输极为艰难的情况下，随着战区不断扩大，教育部帮助学校和教育机构不断迁徙，有的学校迁徙次数多达七次；同时教育部发动无数教育工作者共同努力，最终将十万以上教职员和学生以及若干万吨图书仪器成功转移，使得中国宝贵的教育资产没有在战乱中毁坏，教育事业亦没有因战乱而停止发展。
4.组织文物大迁移
抗日战争胜利后，国民政府还都南京，朱家骅在重庆中央图书馆主持召开“全国教育善后复员会议”，根据朱家骅的意见，国民政府对教育问题颁布了一些宣言和法令。
但随着全面内战爆发，教育经费面临奇缺，致使中国教育事业支离破碎。全国各地学生“反内战、反饥饿、反迫害”的运动兴起后，朱家骅忙于在全国各地间奔波，予以压制。
北大、清华闹学潮时，朱家骅不顾两校校长劝阻，带秘书前往北平。在北大参加欢迎茶会后，朱家骅遇到北平师大闻讯赶来的300多名学生代表，在对他们言辞恳切的讲话后，胡适又以北大校长身份责备他们说：
“朱部长今天是我们北京大学的客人，你们师大的学生到我们北大来亏待我们的客人，我们是不应许的。”
而南京各大学的学潮，由于总是联合举行，规模更加浩大。有一次，众大学联合起来，针对教育部而来，要求增加伙食费。
当时是早上九点多，以中央大学和金陵大学学生为首的多达几千名学生加入的队伍，持“朱门酒肉臭”的白布大旗，浩浩荡荡向教育部行进。
此时，教育部前后虽布满军警，但成贤街教育部大门敞开，学生们便涌进大门，挤满庭院，要求朱家骅亲自出来答话。
朱家骅正在中央研究院处理公事，接到部下电话报告，并要他千万不要回教育部，暂时躲避起来。朱家骅放下电话后，却立即返回教育部。
不到20分钟，朱家骅便从后门进入教育部，并立即出现在学生们面前，以坚定而又恳切的语气，向学生们说明政府的困难和对学生们的爱护，并告诉学生们，政府绝不会增加伙食费，劝他们回学校好好读书。
学生们被朱家骅的言语所打动，同时被他的气势镇住，原本打算挟持朱家骅游行的念头被打消。朱家骅离开后不久，学生们也相继散去，到中午下班时，教育部已恢复平静。
1948年冬，平津解放在即，国民党军队节节败退，国民党统治已呈崩溃之势。
朱家骅在请示蒋介石后，组织指挥将故宫、中央博物院、中央研究院、北京图书馆的文物、书籍运往台湾，计有文物4000余箱，中央图书馆的重要善本书籍600多箱，历史语言研究所的书籍400余箱。
同时朱家骅收容、争取国内各地的重要教授，将他们送往台湾。他还与傅斯年接洽，请傅斯年担任台湾大学校长，为中央研究院迁台做准备。
朱家骅与中央研究院，有着非同一般的感情与历史渊源。
早在1928年，他便协同蔡元培参与筹备创办中央研究院，并受蔡元培委托，于当年4月协助傅斯年在中山大学内建立了中央研究院历史语文研究所。该院在南京成立后，还得到朱家骅拨来的一些庚子赔款的资助。
1936年，朱家骅兼任中央研究院总干事后，实际上负起领导责任。1940年蔡元培病逝后，朱家骅便接任院长，从此主持中央研究院长达18年之久。
其间，他组织了中央研究院的数次迁移，从抗战爆发迁到后方，到抗战胜利后迁回南京、上海、北平，历尽波折。由于朱家骅组织有序，指挥得力，中央研究院所用人员尽职尽责，各所的仪器、图表、设备、资料等在战乱中没有受到太大损失，科学家们在艰苦环境中仍做出了出色的贡献。
中央研究院作为全国最高科研机构，在朱家骅的保护和主持下，到1948年已拥有14个研究所，并已经开始了原子能研究。
朱家骅在1948年3月主持了院士选举，共推选数理、生物和人文三组院土81人，再由院士推选院士评议员32人，报请蒋介石批准聘任。这批院士集华罗庚、李四光、竺可桢、茅以升、郭沫若、吴大猷等全国第一流学者。
至此，中央研究院功能齐备，机构健全，并拥有一批全国一流学者，实乃中国科学界一大盛事，朱家骅对中国科学发展做出的卓越贡献，可谓他一生最大的闪光点。
1949年4月，南京解放，国民政府迁往广州，朱家骅在广州出任了阎锡山内阁的行政院副院长。
4月25日，朱家骅携家人乘坐建国号飞机逃往台北，从此再没有踏上这片国土。
五、一生清廉，晚年生活贫困
1.重建“中研院”
到台湾后，朱家骅终于“如愿”地退出国民党权力中心，1950年3月6日，国民党中常会临时会议通过阎“内阁”总体辞职。3月15日，随着阎锡山的卸任，朱家骅也结束了为期9个月行政院副院长职务。
随后，朱家骅被聘为“总统府资政”，以后长期担任这一荣誉虚职。
国民党改造运动结束后，朱家骅又和大多数大陆时期国民党高官一样，被蒋介石任命为“国民党中央评议委员”。
从此，朱家骅终于可以一心一意从事学术工作了，虽然这是他此前一直希望的，但真的实现时，却感到莫名的失落。朱家骅在台湾还担任“中央银行”董事、“中德文化协会”会长、留德奥瑞同学会会长、“中韩文化协会”理事、“中央研究院”院长等职。其中，“中研院”仍是他最重视的机构，以致他倾尽全力去恢复“中研院”。
在国民党撤离大陆前，朱家骅虽计划将“中研院”全部迁往台湾，并四处奔走游说，历尽辛苦，但终因时局动荡，人心浮动，交通困难，经费短缺而没有实现，大多数研究院院士选择留在大陆或旅居海外，迁台人员甚少，只有历史语言和数学所两所人员，这让朱家骅大为失望，一筹莫展。
迁台之初，台湾政局混乱，国民党政权不稳，军民100多万人亟待安置，而当时台湾的经济处于战后待兴之际，“中央”财政状况之恶劣可想而知。在这种情况下，朱家骅想要争取经费重建“中研院”这样一个学术机构，是根本不可能的。
在为此得罪前后两任“行政院长”后，“中研院”不得不裁员，最后名额只有58人，每月经费2.8万元，折合美金不过2000元。院中除历史语言所、数学所少数高级研究员因在台大教书可以住进较大的宿舍外，其他大部分人员住在杨梅火车站的民宅，设施简陋，生活艰苦。
这种状况，一直持续到1953年，国民党在台湾的统治逐渐稳固，台湾经济也逐步复苏，各项改革新政开始着手进行。朱家骅看准时机，又开始四处筹措经费、找寻院址、购地建屋、规划学科、创办刊物等，为“中研院”的“起死回生”四处奔波。
能否解决经费问题是复活“中研院”的关键。朱家骅先从“政府”争取到拨款，胡适也在美国申请到中华教育基金5000美元，美国洛克菲勒基金会1万美元的资助。
但即便如此，恢复“中研院”各个研究所时，朱家骅仍感到捉襟见肘，这时他再一次想到中英庚款。
中英庚款来源于《辛丑条约》，八国联军侵华后，在强迫清政府签订的《辛丑条约》中规定赔偿美、英、俄、德、日、奥、法、意、西、荷、比等十一国白银4亿5仟万两，年息4厘，分39年付清。1918年第一次世界大战结束后，同盟国战败，协约国胜利，中国因参加了协约国，成为战胜国。
1924年5月，苏联宣布放弃庚子赔款的帝俄部分。而此前，英国也在1922年12月宣言将中国已付的庚款悉数退回，但又附加条件规定要“作为两国互有利益之用”。经过多年交涉，直到1930年才由中英两国政府正式换文成立。
换文规定，庚款只能用于建筑铁路及经营其他生产事业，所得利息用于兴办教育文化事业。同时按照换文规定成立了中英庚款董事会，成员由中英两国人员混合组成。而朱家骅则有幸被行政院派任该董事会董事长，管理董事，也正因如此，每当中国文教事业遇到困难，朱家骅便会想中英庚款。
此时，中英庚款大部分已在大陆期间被用掉，只剩下董事会曾购买的美国救国公债20万美元，由董事会委托华美协进社代存，预备用来做留英公费生转学美国的费用。
有些机构团体想变更这笔款项的用途，从这笔款项里得到补助，都被朱家骅予以拒绝。在“中研院”请款困难，几个计划的经费没有着落的处境下，朱家骅决定利用中英庚款的最后尾数来实现“中研院”的复兴。
到1954年，“中研院”终于在台北南港有了新的根据地，住在杨梅附近的“中研院”人员也正式迁入了南港的新宿舍。工作、生活步入正轨后，“中研院”人员在朱家骅的带领下，同心协力，陆续重建动物研究所、植物研究所、化学研究所三所研究所，还于1955年2月增设近代史研究所、民族学研究所。“中研院”的各项研究工作也在朝气蓬勃地进行着。
2.挥泪递辞呈
1957年4月2日，中断多年的“中央研究院”院士会议和院士评议员会议，在朱家骅的主持下召开。
然而，就在不久后的8月20日，朱家骅突然因“病”递交辞呈，10月辞去了“中研院”院长一职。对于朱家骅的辞职，台北官方发布消息称：
“朱家骅因近来体弱多病，向总统恳辞中央研究院院长之职……”
而蒋介石“慰留不得”，只好“准予辞职”。为了“体念”朱家骅为“中研院”服务30年的功劳和苦劳，特地给予朱家骅“明令褒奖”。
对于朱家骅的因“病”辞职，人们疑窦重重，朱家骅呕心沥血、殚精竭虑为之奋斗多年的“中央研究院”刚刚恢复，他本人便因病辞职，总觉得事情不是这么简单。
而事实上，朱家骅辞职的确另有原因。
就在1957年8月4日周日那天，蒋介石夫妇闲暇之余到郊外散心，经过南港“中央研究院”时，便想进去巡视一下。朱家骅事先不知，因此没有准备。
蒋介石看到从南港到研究院的柏油马路尚未铺好时，就已面露愠色，因为此事是他指示要省政府办的，却拖延至今未办。
当蒋介石走进“中研院”里一看，“中研院”里仅有一名衣衫不整的工友，而屋里杂乱无章，摆设凌乱不堪。蒋介石立刻责问这名看管人员，得知朱家骅经常几天不露一次面，不由得心生怒气，拂袖而去。
回到“总统府”，蒋介石立刻找来朱家骅来询问“中研院”情况，恰巧有关机关前来报告“中英庚款教育基金会擅自挪用美金20万元一案”，蒋介石顿时脸色铁青。
朱家骅心知这两案并发，他“中研院”院长一职恐怕是保不住了，只好以“体弱多病”为由请辞。
11月，“中央研究院”举行第三届评议会第二次会议，投票推举胡适等人为院长候选人，后经“总统府”批准，由胡适继任“中研院”院长。
1958年1月11日，“中研院”举行了院长交接典礼，从此，朱家骅离开了他坐了13年的“中研院”院长之位。
1962年，胡适去世后，“中央研究院”院长一职一直悬缺。后来“中央研究院”评议员票选吴大猷、王世杰、朱家骅三人为院长候选人，承报蒋介石请其裁定。三人中，朱家骅票数最多，吴大猷无意返台，但蒋介石却圈定了票数最少的王世杰。
1962年2月24日下午，朱家骅最后一次参加了“中研院”院士会议，选举新院士，是年70寿辰时设立了“朱家骅先生奖学金”，之后便凄凉告退，再不过问“中研院”的事情，彻底离开了他倾尽一生心血扶持和管理、最引以为傲的“中研院”，赋闲在家，颐养天年。
此外，朱家骅还有一个重要民间团体的职务——“联合国同志会中华民国总会”会长，该组织的前身是国际联盟同志会中国总会。朱家骅于1936年被选为会长，二战后，国际联盟解散，联合国成立，原有的国联中国总会改为联合国中国同志会，朱家骅仍被选作会长，同时当选联合国同志会世界协会名誉会长。
国民党败逃台湾后，朱家骅主持该会出版了多种刊物。其中《大陆杂志》社是朱家骅于1950年7月创办的。该会每月都会举行两次学术研究座谈会和国际政治时事座谈会，每次都要聘请中外著名学者、政治家做演讲。从1950年到1962年12年间此类座谈会共举行了383次，其精彩内容都刊登在了《大陆杂志》上。
直到朱家骅去世十几年后，该杂志仍是中国出版的学术水准较高的刊物，并在国际上产生了一定影响。
3.晚年贫寒落寞
朱家骅自幼生活不幸，除父母早逝外，兄弟姊妹八人中，也只有四人活了下来。他本人由长兄嫂抚养成人后，殊不料长嫂陈氏1928年猝然离世，一年后长兄朱祥生追随而去，之后，朱家骅肩负起抚养和教育侄儿侄女的责任，将对兄嫂的情谊，转移到兄嫂这对儿女身上。
1948年4月15日，朱家骅特地选在自己生日这天，为侄儿朱国勋主持了婚事。这一天，朱家骅欣喜异常，因为他感到自己总算完成了兄嫂的一桩心愿。
朱家骅本人的婚姻亦不美满，他先后结过两次婚。原配夫人程亦容是吴兴人，系朱家骅长兄朱祥生同事周党的外甥女，比朱家骅小6岁。两人经周党牵线，于1913年相识，次年1月订婚，两个月后朱家骅赴欧洲留学，直到1917年初回国后，方于当年8月与程亦容在北京结婚。婚后第二年朱家骅再度出国留学，携程亦容同往。
旅欧期间，程亦容因子宫外孕开刀，失去生育能力。程亦容精通法语，擅长钢琴，性格活跃，但与朱家骅性格颇多不合。从欧洲回国后，两人渐生龃龉，以致屡有摩擦。
抗战期间，朱家骅迁至汉口、重庆，程亦容拒绝随往，而是独自一人前往香港居住。其间朱家骅多次赴港，要将程亦容接回，都未成功，还在香港闹得满城风雨。在这种情况下，两人正式离婚。
赴台后，朱家骅在台北与王文渊结婚。王文渊未曾生育，以致朱家骅一生膝下无子。朱家骅去世时，王文渊按照朱家骅的遗命宣布以其侄儿朱国勋为继嗣。
朱家骅为官清廉，一生没有什么积蓄，以致赴台远离政坛后，生活陷入窘迫之中，甚至无钱治病。1953年，朱家骅染病住院，须开刀手术，却拿不出足够的钱支付医疗费，只好向亲友寻求帮助。1958年朱家骅再次吐血病倒时，也是在旧属的资助下才得以渡过难关。
朱家骅的一个旧属见朱家骅身体不好，又得知朱家骅没有车，恐其出行不便，便送给他一辆旧车。朱家骅十分感动，对旁人说：
“老了，废了，无力买车，只好坐朋友赠车，而这位朋友过去从来没有直接接受过我的好处，现在还以车相赠，真令人感念。”
其实，朱家骅的体质原本很好，他的病是因为工作太忙，应酬太多，生活无规律而导致。正如朱家骅的秘书高廷樟所说：
“朱先生任交通部长同时也兼任教育部长半年之久，才由王雪艇部长继任。交通部单位很多，事情很繁，朱先生每天早上到党部或行政院参加会议，开完了会，到部里头处理公事，时间总不够。部属中午下班休息了，他还是不能离开而仍要在部里办公，下午也往往有些会议需要参加。回到部里的时候，总是在四点钟以后。”
朱家骅本人也说过：
“我从政以来，以公务羁身，责任心重，疏忽了家庭温暖，只怪自己。”
朱家骅酒量很大，也是造成他健康问题的罪魁祸首之一。他曾说：
“我年轻时一餐一瓶白兰地不成问题。”
正因如此，朱家骅在1937年浙江省主席任上，曾患胃溃疡和胃出血。1953年2月，朱家骅又患十二指肠出血。1955年朱家骅应邀赴韩国访问，回程经过日本，在东京时忽感嘴巴不灵活，说话不利索，诊断结果为轻微脑出血。自此以后，朱家骅成了医院的常客，经常在台中谷关一带休养。
朱家骅不能工作，心中十分落寞，他曾在1962年对秘书说：
“不意我的体力一衰至此，要想恢复健康，恐怕很难了。但愿再有十年，一能亲见反攻复国，二能看见人类登上月球，三能看见教育学术界有更大的成就，我就满意了。”
而这些，竟成为朱家骅的临终三愿。
就在这一年，朱家骅又出现心脏扩大和血管硬化等症状，行动变得迟钝起来。
1963年元旦上午，朱家骅参加国民党中央委员会和“总统府”两次新年团拜，下午及1月2日出门拜会好友，3日上午到“联合国同志会”办公，总干事方志懋见他气色不好，曾劝他回家休息，朱家骅笑着摇摇头，并没有当回事。
下午，朱家骅做例行按摩，按摩半小时后感觉身体有些不适，便停止按摩上床休息。不想一小时后突然感到胸闷气短，下床走了一小段路就喘息不止，家人忙扶他坐下，并端来一杯水。朱家骅虚弱地喝下一口水，却再也说不出话了，随即，头也垂了下去……
1月3日下午4时50分，朱家骅与世长辞，终年70岁。
朱家骅去世后，蒋介石亲临吊唁，特赠“怆怀勋硕”挽额。5月15日，朱家骅遗体安葬于阳明山公墓。
按照朱家骅生前嘱托，其家人将朱家骅个人档案捐献给“中央研究院”成立的《朱家骅先生档案》，为中国近代史研究提供了宝贵资料。
为纪念朱家骅，台湾当局出版了《朱家骅先生逝世纪念册》，设立朱家骅先生寿辰奖学金。“中央研究院”则从1972年开始，每临近朱家骅诞辰，便举办“朱家骅院长讲座”，以纪念朱家骅对“中研院”创立、发展、保存、复兴所做出的杰出贡献。
历史评说
朱家骅作为中国教育界、学术界泰斗，外交界耆宿，中国近代地质学奠基人，中国现代化先驱，以其渊博的知识、过人的智慧、严谨的工作作风，在政府、政党、教育、学术等方面多种重要任职中，多有建树与成就。
朱家骅以学者身份从政，早在整顿中山大学时，便表现出不凡的魄力与才华，并因此受到戴季陶的赏识。戴季陶曾公开说：“中国只有一个半人才。”半个指的是易培基，一个便是朱家骅。朱家骅还创办了国立编译馆，设立国立中央图书馆、博物院，改革教育制度，为中国文化事业和人才培养做出了卓越贡献。
此外，朱家骅特别注重保护学术研究人员和国家文物。抗战中，在其努力下，使得一大批珍贵文物免于落入敌手，为国家保存了一批稀世珍宝。在派系斗争中朱家骅也不甘示弱，他组成的“新CC系”，与陈氏“CC系”不分伯仲。
朱家骅为中央研究院服务30年，任中央研究院院长达18年，一生与中央研究院结下不解之缘。抗战期间，他组织了中央研究院的数次迁移，由于组织有序，指挥得力，所用人员尽职尽责，各所的仪器、图表、设备、资料等均未受多大损失，也使得科学家在艰苦环境中仍取得了出色的成果。抗战胜利后，在朱家骅的主持下，中央研究院迅速发展为功能齐备，机构健全，拥有一批全国一流学者的科研机构，可以说朱家骅为中国科学发展立下了汗马功劳，这成为他一生中最大的闪光点。
到台湾后，朱家骅为重振“中央研究院”呕心沥血。尽管经过多年努力在“中央研究院”刚刚恢复之际，他本人便因故辞职，但他对“中研院”的创立、发展、保存与复兴、振兴，所做出的杰出贡献，将永入史册。他一生清正廉洁，亦为后人楷模。