恶性滋养细胞肿瘤包括绒癌、侵蚀性葡萄胎、胎盘部位滋养细胞肿瘤和上皮样滋养细胞肿瘤。对滋养细胞肿瘤的遗传学研究不如葡萄胎多，因为有敏感的血清学肿瘤标记物——HCG可以监测病情变化，而且对化疗敏感，因此接受手术者较少，难以获得组织学标本进行相关研究。在已有的研究中，对绒癌的细胞遗传学研究相对较多。

绒毛膜癌按照其是否继发于妊娠可以分为妊娠性绒毛膜癌和非妊娠性绒毛膜癌，妊娠性绒毛膜癌多见于育龄妇女，可以发生于前次妊娠后数月至数年，最长的可达22年。非妊娠性绒癌又称为原发性绒癌，是绒毛膜癌中较为少见的类型，与妊娠无关，因此可以发生于任何年龄，包括未婚育的女性，甚至男性均可以发病。通常，临床上较为常见的绒毛膜癌多为妊娠性绒癌，它可以继发于各种类型的妊娠，包括：葡萄胎、足月分娩、早产或流产，甚至宫外孕，并且继发于葡萄胎、非葡萄胎流产和正常足月产后的比例大致为2：1：1。

妊娠性绒癌的肿瘤组织中由于含有父源性遗传物质，因此通常被看做起源于同种异体移植物，具有较强的免疫原性，对细胞毒性药物敏感，预后较好。而不像非妊娠性绒癌起源于患者自身组织，免疫原性弱，对化疗不敏感，预后较差。由于该两种绒癌在遗传学起源、免疫原性上有很大的差异，更为重要的是，两者对临床化疗的敏感性和预后均有不同，因此，鉴别绒癌的来源对指导治疗和判断预后都非常有指导意义。妊娠性绒癌和非妊娠性绒癌从病理形态学和生化检查上很难加以鉴别，通常临床上按照疾病的首发部位进行区分：将发生于葡萄胎、足月产或流产后，并且原发部位为子宫的绒毛膜癌诊断为妊娠性绒毛膜癌；而将发生于卵巢，并且子宫无明确病灶的绒毛膜癌诊断为非妊娠性绒毛膜癌。通过短串联重复序列（short tandem repeat，STR）多态性检测，可以区分绒癌有无患者以外的遗传物质，从而区分妊娠性或非妊娠性绒癌。妊娠性绒癌会反映出它所继发的那次妊娠的基因组情况，因此，如果它继发于正常妊娠或非葡萄胎流产，则绒癌中既有父源性DNA，又有母源性DNA；如果继发于孤雄完全性葡萄胎，则绒癌中仅有父源性DNA。无论如何，只要绒癌组织中含有父源性DNA，就可以排除非妊娠性绒癌，因为非妊娠性绒癌的基因组应该与患者自身的基因组完全相同。分子遗传学研究已经证实身体不同部位的绒癌（包括：脑、鼻、肝脏、肺、卵巢、输卵管、外阴、睾丸、松果体、膀胱、纵隔、胃肠道）都可以是非妊娠性的，相反，有些卵巢绒癌的临床表现看似原发性绒癌，但经分子遗传学技术鉴定证实其为妊娠性绒癌。

赵峻等对北京协和医院12例绒癌进行了遗传学起源研究，仅2例患者无性生活史，从临床上就可以确定为非妊娠性绒毛膜癌，根据分子遗传学分析的结果也得到了证实；而其他10名患者均为已婚育龄女性，均有一次及以上妊娠史，通过临床表现、病理学特征，以及生化检测等方法均无法鉴别其为妊娠性或非妊娠性绒毛膜癌。这10名患者中，5名患者的发病部位为子宫，均为妊娠性绒癌；另5名患者发病部位为卵巢，但其中仅2例患者为非妊娠性绒癌，3例为妊娠性绒癌。可见，发病部位为子宫的绒癌以妊娠性绒癌常见，但是仅仅根据绒癌的发病部位为卵巢就判定其为非妊娠性绒癌的做法可能存在一些偏差，对于育龄妇女的绒癌应当进行遗传学分析以确定其为妊娠性或非妊娠性。同时，虽然可以利用DNA分析技术检测是否有父源性基因的存在将两者区分，但是，对于有多次妊娠史的患者，具体起源于哪次妊娠尚难以判定。

妊娠性绒毛膜癌的遗传学起源取决于它所继发的妊娠的性质，大多数妊娠性绒癌是孤雄/纯合XX的，且常与既往或同期的CHM相关；胎盘内绒癌常是双亲来源的，其遗传学起源与胎盘相似。理论上讲，对于来源于CHM的CC，其肿瘤组织应该是完全父源性的纯合子，但是在绒癌细胞中发现有杂合现象存在，提示和前次CHM妊娠无明显相关；而患者在非CHM妊娠后发生的绒癌也可以是孤雄来源的，或绒癌标本中的性染色体与前次分娩的婴儿性别不同。提示对于一个有多次妊娠史的患者而言，其末次妊娠并不一定就是本次所患绒癌的“成因性妊娠”（causative pregnancy），这个概念是指导致绒毛膜癌发生的那一次妊娠，以与通常所说的“前次妊娠”或“末次妊娠”相区别。

通过病理形态学和临床表现等常规方法均无法鉴定绒毛膜癌的成因性妊娠，因此，在临床上通常把末次妊娠当做成因性妊娠看待。然而，成因性妊娠的性质对于临床上判断绒毛膜癌患者的预后是非常重要的，继发于葡萄胎的绒毛膜癌患者预后明显较继发于足月产后或非葡萄胎流产后的患者好，成因性妊娠距离绒毛膜癌发病的时间也是临床上用来选择合适化疗方案、并判断患者预后的决定因素之一。从2000年FIGO制定的滋养细胞肿瘤预后评分标准不难看出，鉴别成因性妊娠对于确定末次妊娠的性质以及妊娠终止至化疗开始的间隔均起着决定性的作用，这两项占了该评分系统8个项目中的2项，可见，确定成因性妊娠对于进行正确的预后评分、更好地评估患者的预后、并为患者提供更好的治疗方案具有重要意义。

利用单核苷酸多态性检测代替末次妊娠病史作为绒癌成因性妊娠的判断是更为准确的方法。但由于绒癌本身的临床特点使其难以获得病灶组织以及该方法需要分子遗传学基础和显微切割等技术支持，故尚不能推广使用。

对绒癌细胞系的细胞遗传学分析发现绒癌的核型变异比侵蚀性葡萄胎明显增多，染色体杂乱，核型复杂，有大量的染色体重排。最常见的是1号染色体获得和8号染色体缺失，此外还包括12号染色体异常。但是流式细胞学研究显示仍以二倍体为主，也有非整倍体，如：亚四倍体等。用Q和C带对染色体多态性进行分析提示，绒癌细胞中有来源于母系和父系的两套遗传物质。说明来源于正常妊娠或双精子受精。该结论并不意味着二倍体绒癌一定起源于二倍体妊娠，也有继发于四倍体CHM和三倍体PHM的报道。

此外还有推论指出，绒癌可能来源于胚胎滋养细胞而非葡萄胎。尤其是那些没有葡萄胎病史的绒癌患者，但是有葡萄胎史的患者绒癌发生率要较无葡萄胎史者明显增高以及绒癌和葡萄胎发生的地域分布区域有明显的一致性不能用该推论解释。

此外，在绒癌患者中还发现有多个基因表达异常，如 c- fms、 c- myc过表达， p53、 TSG突变等提示与发病相关。研究显示，绒癌患者的线粒体基因突变明显增加，提示线粒体基因组异常可能参与绒癌的发病。同时，在葡萄胎的线粒体基因组上的微卫星不稳定提示恶变可能。

侵蚀性葡萄胎细胞的核型多为二倍体，并有相当比例的四倍体存在。此外，也有研究报道，不同细胞遗传学起源的葡萄胎，其恶变率也明显不同，双精子受精的杂合子（XY）葡萄胎的恶变几率大。在1989年对亚洲妇女的一项调查研究显示，恶变的葡萄胎患者与其配偶常共享HLA抗原，在其病理组织中多能分离出与母源性HLA抗原相同的父源性单倍体。Lawker的研究显示，配偶之间HLA-B位点相容性高是GTN发病的高危因素。

PSTT是指在胎盘附着部位中间型滋养细胞异常增生的肿瘤。PSTT可继发于各种类型的妊娠，最常见于正常妊娠之后。PSTT起源于胎盘部位中间型滋养细胞，肿瘤多呈圆形和大多角型单核细胞，胞质透亮，弥散于子宫平滑肌细胞之间，多无绒毛结构。仅有的细胞学研究的个案报道显示其染色体核型以二倍体为主，亦可见少数多倍体和非整倍体。Fisher利用限制性片段长度多态性技术检测显示，继发于正常妊娠的PSTT，其基因型为双亲来源；如果继发于CHM，则仅有父源性DNA。

2001年，Hui综合文献报道和实验研究指出，在PSTT中有母源性X染色体优先失活趋势，表现为大多数PSTT均来源于前次女胎妊娠时的胚外组织，并获得一个有功能的父源性X染色体（Xp）。甲基化结果显示母系来源的X失活也进一步证实了该推论。推测其作用机制是：Xp上有个原癌基因，由于X印记的存在，只有Xp来源的X染色体激活才能发挥作用。