光镜下HE染色的皮肤切片上，黑素细胞位于表皮基底层下方或基底层细胞之间，因组织固定时胞质收缩，胞浆透明，故又称为透明细胞（clear cells）。在透射电镜下，黑素细胞位于基底细胞之间，胞质电子密度低而易于发现。黑素细胞的胞核常不规则，可见发达的粗面内质网、线粒体和高尔基复合体，黑素小体（melano some）主要位于细胞上部的周边。黑素细胞与角质细胞之间无桥粒结构，基底面可见完整的基底膜，与相邻的角质细胞基底膜相延续。

在光镜下，HE染色的朗格汉斯细胞呈圆形，核深染，胞质清亮。组织化学染色细胞呈树突状，多位于棘层中、上部的棘细胞之间。在透射电镜下，细胞核呈分叶状或弯曲；胞质中有较多的线粒体、发达的高尔基复合体、内质网，并有溶酶体。朗格汉斯细胞不含角蛋白丝及黑素小体，无桥粒结构，最重要的特点是胞质中具有特征性的伯贝克颗粒（birbeck granule）。朗格汉斯细胞是抗原提呈细胞。

梅克尔细胞位于基底层，呈扁平形，长轴与基底面平行，有短指状突起伸入角质形成细胞之间，在HE染色标本上不易辨别。电镜下，其基底部胞质内含许多致密核心的小泡，基底面可与感觉神经末梢形成类似突触的结构。该细胞可分泌多种肽类物质，感受触觉。