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59.什么是EST?葡萄EST有多少?
EST是Expressed Sequence Tag的缩写,意思是表达序列标签,指从一个随机选择的cDNA克隆,使用低通量Sanger测序进行5 ′端和3 ′端单一次测序获得的短cDNA部分序列(图1-15)。
图1-15 EST形成的示意图
EST作为表达基因所在区域的分子标签,因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质,与来自非表达序列的标记(如AFLP、RAPD、SSR等)相比不受家系与种的限制,因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息特别有用。同样地,由于不同物种间的EST序列具有一定的保守性,因此对于一个DNA序列缺乏的目标物种,来源于其他物种的EST也能用于该物种有益基因的遗传作图,加速物种间相关信息的迅速转化。
EST的用途主要有以下几方面:①用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱;②作为探针用于放射性杂交;③用于定位克隆;④借以寻找新的基因;⑤作为分子标记;⑥用于研究生物群体多态性;⑦用于研究基因的功能;⑧有助于品种的改良;⑨促进基因芯片的开发等。
Parkinson和Blaxter于2009年首次利用EST研究了葡萄中大量的基因表达。目前在Genebank中共贮存了葡萄446623条EST序列,可通过NCBI Blast功能进行比对及提交新的EST。