葡萄科学与实践300问
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58.什么是转录组?研究转录组有何意义?如何对葡萄转录组进行测量?

转录组(Transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。

转录组学研究描述了发育过程中全基因组表达和共表达的动态变化(这些变化是对环境的反应),以及这些过程在样品之间的变化,这有助于确定这些反应中涉及的代谢和信号传导途径。研究转录组还可通过解析全长及单个转录用于改善参考基因组的注释,并有可能了解与转录相关的基因亚型。

在过去的几十年中,用于测量转录组的方法已经发生了变化和改进。早期的转录组研究是使用Sanger测序或基于凝胶的分析方法来表征基因表达差异,实验相对复杂且昂贵。而现如今常用的RNA测序(RNA-seq)和同种型测序(Iso-Seq)不需要预定义转录本特异性探针,能够以更高的灵敏度测量表达并注释新的转录本。