原书序
2005年12月20日。与很多科学家一样，那天早晨我是在焦虑不安中醒来的。因为就在那一天，宾夕法尼亚州哈里斯堡市的联邦法官约翰·琼斯三世（John Jones Ⅲ）将对“基茨米勒等原告诉多佛地方学区等被告”一案做出裁决。这次审判是一道分水岭，因为琼斯的判决将决定美国的孩子们未来会以何种方式在学校中学习进化论。
彼时，教育与科学已然危机四伏。这个案件源于宾夕法尼亚州多佛地方学区校务管理委员会的一次会议。在会上，委员们对于该为地方中学订购哪一本生物学教材产生了分歧。一些信教的委员不喜欢原有教材所主张的达尔文进化论，因而建议改用包含《圣经》神创论的其他教材。在一番激烈的争论之后，委员会通过了一项决议，要求多佛的中学生物教师们在9年级(1)的课上宣读以下声明：
宾夕法尼亚州教学大纲要求学生学习达尔文的进化论，并最终参加包含进化论内容的标准试题考试。达尔文的进化论只是一种理论，仍不断面临着最新证据的挑战。该理论不是一个事实，其中存在一些得不到任何证据支持的缺陷。……智能设计论（intelligent design）同样解释了生命的起源，却与达尔文的观点相左。学生们可以参考《熊猫的与人类的》（Of Pandas and People）一书，以决定自己是否愿意通过努力了解智能设计论的真正内涵来探究这一理论。对于任何一种理论，我们都鼓励学生们保持一种开放的心态。
这可算是点着了火药桶。校务委员会的9名成员中有2名因此辞职。同时，所有生物教师都拒绝向学生宣读这样的声明，并抗议说“智能设计论”是宗教而非科学。由于在公立学校中提供宗教教育违反了美国宪法，于是11位义愤填膺的学生家长把多佛地方学区告上了法庭。
审判始于2005年9月26日，持续了6周。这个有趣的事件被无可争议地贴上了“本世纪斯科普斯案”的标签。“斯科普斯案”是发生在1925年的著名案件：田纳西州代顿市的中学教师约翰·斯科普斯（John Scopes）由于讲授“人类由进化而来”而获罪。如今，全国的媒体仿佛从天而降一般齐聚多佛这个安静的小镇，这与80年前在那个更加安静的小镇代顿所发生的一切极为相似。连查尔斯·达尔文（Charles Darwin）的曾曾孙马修·查普曼（Matthew Chapman）也出现在这里。他要收集第一手的资料，准备写一本关于此次审判的书。
事后，所有人都认为那是一场酣畅淋漓的大胜。控方谨慎小心，有备而来；辩方则乏善可陈。为辩方出庭作证的明星科学家承认，他对“科学”的定义太宽泛，甚至包括了占星术。最后，《熊猫的与人类的》被证明是一本凭空捏造的宣扬神创论的书，只不过“创造”这个词全被简单替换为“智能设计”而已。
但是此案的结果并未就此明了。琼斯是一位由乔治·W.布什(2)任命的法官，一位虔诚的教众，一位保守的共和党员——完全不是达尔文主义的信徒。所以每个人都屏住了呼吸，紧张地等待着结果。
距离圣诞节还有5天的时候，琼斯法官宣布了他的决定——一个有利于进化论的裁决。他的判决用词毫无顾忌，称校务委员会的决定是“令人震惊的愚昧”，认为被告宣称自己没有宗教动机时说了谎话；而最重要的在于，他指出智能设计论只不过是重新包装过的神创论而已：
我们认为，任何一位客观而理性的人在研究了本案庞杂的记录以及我们的陈述之后，必将得出以下结论：“智能设计论”是一种有趣的不同理论，但不是科学。……总而言之，（校务委员会的）声明单单挑选了进化论加以区别对待，错误地描绘了其在科学界的地位，致使学生们对其正确性产生不科学的怀疑；把一种宗教选择包装成为一种科学理论呈现在学生面前，指引他们去求教于神创论的教材《熊猫的与人类的》，仿佛它是科学资料一样；还教导学生们在公立学校的课堂上放弃对科学的探索，转而去别的地方寻求宗教指引。
对于辩方宣称进化论有致命缺陷，琼斯未予采信：
当然，达尔文的进化论不是完美的。然而，即便一个科学理论尚不足以解释一切事实，也不应以此为借口，把一种基于宗教的无法检验的理论强行带入科学教室，令其错误地代表业已建立的科学命题。
但是，科学的真理应该由科学家来决定，而非法官。琼斯所做的只是防止了已经存在的真理被带有偏见的宗教对手所混淆。不过，他的裁决对于美国的学生们而言，对于进化论而言，特别是对于科学本身而言，仍是一个辉煌的胜利！
纵然如此，还远没到欢庆胜利的时候。我们不得不通过斗争，才避免了进化论在学校中接受审查，而这肯定不会是最后一次。我教授进化生物学并为之与人争辩已经超过25年了。在这个过程中我认识到，神创论就像是我小时候玩的那种又矮又胖的充气不倒翁：你推它一下，它会暂时倒下，但之后还会弹回来。虽然多佛审判发生在美国，神创论却并不是仅仅存在于美国的问题。神创论者——并不一定是基督徒——正在世界的其他地方建立据点，特别是英国、澳大利亚和土耳其。关于进化论的斗争似乎永远不会结束，而且也只是一场更大规模战争的一部分，那就是理性与迷信之战。置于案俎之上的是科学本身，以及它所带给社会的一切裨益。
无论在美国还是在别的地方，进化论反对者所持的说辞总是一样的：“进化论这种理论处于危机之中。”言外之意是，有一些在大自然中的重要发现与达尔文学说不一致。但进化论不仅仅是“理论”，更别提什么危机之中的理论了。进化是一个事实。科学家们在过去一个半世纪内所搜集的证据没有催生任何质疑，而是完全支持进化论的。这些证据表明，进化的确发生过，并主要是按达尔文所提出的理论，通过自然选择的作用发生的。
本书展示了进化论证据的主线。对于那些纯粹基于信仰原因反对达尔文学说的人，没有什么证据能说服他们——信仰是没有任何理由的。但还有许多人尚存疑问，或是接受了进化论但不知道如何为之辩护。对于这些人而言，这本书简明扼要地回答了一个问题：为什么现代科学认定进化论是正确的。我写作这本书，是希望所有人都可以分享达尔文进化论强大的解释能力所给予我的震撼，并可以无所畏惧地面对其内涵。
任何有关于进化生物学的书籍都必然是协作的产物，涉及各个领域，例如古生物学、分子生物学、群体遗传学以及生物地理学。没有一个人可以掌握所有这些知识。我要感谢许多同行的帮助和建议，他们耐心地给予我指导，并纠正了我的错误。这些人包括Richard Abbott、Spencer Barrett、Andrew Berry、Deborah Charlesworth、Peter Crane、Mick Ellison、Rob Fleischer、Peter Grant、Matthew Harris、Jim Hopson、David Jablonski、Farish Jenkins、Emily Kay、Philip Kitcher、Rich Lenski、Mark Norell、Steve Pinker、Trevor Price、Donald Prothero、Steve Pruett-Jones、Bob Richards、Callum Ross、Doug Schemske、Paul Sereno、Neil Shubin、Janice Spofford、Douglas Theobald、Jason Weir、Steve Yanoviak和Anne Yoder。如果由于疏忽而遗漏掉谁的名字，我表示抱歉。如果书中还有任何错误，那也是我自己的责任，与他人无关。我要特别感谢Matthew Cobb、Naomi Fein、Hopi Hoekstra、Latha Menon和Brit Smith，他们阅读了本书的全部手稿并给出了意见。如果没有插图画家Kalliopi Monoyios的辛勤工作及其艺术家的敏锐，这本书必然会逊色不少。最后，我要感谢我的经纪人John Brockman，他同样认为人们需要了解进化论的证据；还要感谢维京企鹅出版社（Viking Penguin）的编辑Wendy Wolf的帮助和支持。
(1) 译注：美国高中最低的年级，相当于我国的初中三年级。
(2) 译注：小布什，时任美国总统，来自共和党，在宗教相关问题上的立场相当保守。