正确的诊断是内分泌疾病进一步治疗的基础，腺体功能无论亢进还是减退，主要采取各种措施使其功能转为正常。

手术切除导致功能亢进的增生组织或肿瘤，可使某些内分泌腺功能亢进症得到治愈，但也可发生并发症，选择手术治疗应慎重。

治疗内分泌腺功能亢进的药物品种多，其作用机制各异。抑制激素的合成和释放，如奥曲肽抑制GH、PRL、胰岛素等多种激素的分泌；硫脲类和咪唑类药物抑制甲状腺碘的氧化和有机结合，减少甲状腺激素的合成，治疗Graves病。

如直线回旋加速器和γ刀等，主要用于内分泌腺恶性肿瘤且又不能耐受手术或有远处转移者；或在恶性肿瘤手术后作为辅助治疗。有些良性肿瘤如生长激素瘤，在手术切除后也可用放射治疗以根除可能残存的肿瘤组织。

甲状腺功能亢进可采用甲状腺动脉栓塞的介入治疗，能有效抑制甲状腺功能亢进，起到停用或少量使用药物而维持正常甲状腺功能的疗效。以无水乙醇为血管栓塞剂作局部动脉灌注可用于治疗醛固酮瘤患者。

核素常用以治疗内分泌恶性肿瘤、良性肿瘤和非肿瘤性内分泌腺功能亢进性疾病。 ¹³¹I核素是甲亢和甲状腺癌的主要治疗手段。

激素替代治疗（hormone replacement therapy，HRT）的目的是缓解或消除内分泌腺功能减低的临床综合征。如甲状腺功能减退者补充甲状腺激素；肾上腺皮质功能减退者补充氢化可的松（皮质醇）。HRT的使用剂量应做到个体化，HRT治疗中的补充激素撤药应逐渐减量，直到激素停用，不可突然停药。

利用药物促进某种激素分泌或增强其作用，以达到控制内分泌症状的目的。如氯磺丙脲、卡马西平、氢氯噻嗪、吲达帕胺用于治疗中枢性尿崩症；磺脲类、双胍类、α-糖苷酶抑制剂和胰岛素增敏剂用于糖尿病治疗；补充钙剂及维生素D用于甲状旁腺功能减退的治疗。

有的内分泌腺体功能减退症可通过移植同种器官、组织或细胞达到治疗目的。如用全胰腺或部分胰腺、胰岛或胰岛细胞移植治疗1型糖尿病；将甲状旁腺碎片移植到前臂肌肉组织中以治疗甲旁减和多发性内分泌肿瘤综合征，异体组织移植均会受到排异反应。

许多内分泌和代谢性疾病都与基因异常有关，人们致力于用基因治疗来根治一些与遗传有关的疾病。目前，许多基因治疗尚未进入临床，或许在不久的将来，基因治疗可能成为根治内分泌疾病的新技术。