成本核算数据在计算DRGs权重中起着重要的作用（Nathanson，1984）。如果成本核算系统提供的数据不准确，那么医院在某项DRGs上得到的支付可能过高或过低。在实践中，盈余较多的DRG组会弥补低利润的DRG组（交叉补贴）。但是，如果成本核算数据高估了某DRG组的支付额度，医院会不愿意改良诊疗流程并提升患者群体的治疗效率。另一方面，如果成本数据低估了某DRG组的支付额度，医院则将不愿意提供高质量的服务，因为这代价太高。这些医院可能会开始降低服务质量以降低成本。因此，适宜的医院支付水平在很大程度上决定了DRGs付费的有效性和公平性。医院管理者以及监管部门应该权衡获取更准确成本数据的额外费用及其复杂程度，从而决定是否对成本核算体系进行升级优化。在选择成本核算方法时，应考虑权衡精确成本估算的重要程度、方案可行性以及在引入体系时的成本（Clement Nee Shrive等，2009）。

既往研究已经证明，因为患者分类和成本核算系统的相对不准确，基于DRGs的医院支付并不能完全充分反映成本（Busse等，2008；Heerey等，2002 ；Skeie等，2002 ；Tan等，2009a）。

医疗服务提供者长期以来都主张每位患者的个体差异，但是DRGs对患者进行了分组归类，而且某些分组的患者存在更为复杂的诊断。一些能够详细记录医疗资源消耗的国家使用每例病患的成本消耗，进而可以用来评估DRG分组内资源消耗的均质性，同时也可以用来计算复杂病例（例如，存在并发症和合并症的病例）的费率，或是用来评估PCS的变动影响（如法国、德国、荷兰和瑞典）。例如法国内科组的DRGs的均质性要低于手术组，但是创建新的DRG分组却又受限于病例数太少。成本核算结果表明，DRGs分组间平均成本的离散程度很大，而高度离散的原因最有可能是因为诊断和操作的差异较大（Jackson，2000）。

成本核算系统能够支撑DRGs高效合理地发挥作用，其原因在于：

收集成本核算数据的医院数量和构成特征，以及这些医院提供的数据质量；

成本核算方法的准确性（见第5.4.2小节）；维护和更新成本核算数据的规范机制。

收集准确成本数据的方法决定了成本核算系统能否持续有效地支撑DRGs作为医院的支付工具。而成本性质的分析越精细，所需成本就越高。理论上讲，核算的目的在于将医院费用最准确地分摊至医疗部门。但是要知道，这会比欧洲使用的方法（阶梯分摊法和直接分摊法）要耗费更多的时间。早期的研究显示，成本核算方法与服务单元成本之间在统计上没有显著关联（St-Hilaire和 Crepeau，2000 ；Zuurbier和 Krabbe-Alkemade，2007）。相对价值单元法最能反映医院费用分摊到患者的实际资源消耗，但是在计算时会比加权统计法和边际成本加价率法需要更为详细的数据。加权统计法基本能够进行较为合理的成本估算，而边际成本加价率法与相对价值单元法的成本核算结果大不相同（Tan等，2009c）。

自下而上的微观成本法是计算DRGs权重的首选方法，有助于医院管理者区分DRGs组内和组间的成本差异是由资源使用强度的变化还是由医疗服务成本的变化所引起的；也有助于理解DRGs支付所依赖的成本核算数据的分布形式（Jackson，2000；Tan等，2009b）。而不同的是，自下而上的微观成本法可以深入了解患者直接发生的个体成本、成本均质性和成本异常值。然而，如果医院的成本核算系统未收集每个患者的分项资源数据（例如英国），那么就需要依靠自上而下的微观成本法计算（或粗略计算）。经过验证得出，自上而下的微观成本法在精度、数据有效性、成本和复杂性方面可以作为自下而上微观成本法强有力的替代方法（Tan等，2009b）。相反，理论和实证研究都认为，总成本法会导致一些不准确的成本估算。例如，患者的诊断对资源消耗有着重要的影响，但总成本法无法反映出这一点（Jackson，2000；Swindle等，1999）。