龚丽娟在肾科病区工作了12年，基本上掌握了肾系疾病的辨证治疗和抢救尿毒症的中医治疗措施。1958年病区成立不久，收治了一例晚期尿毒症的青年患者，当时患者神昏不明、烦躁不安、高热、肢体抽搐、口有尿臭味，病情危重，经邹云翔、马泽人、曹鸣高等老中医会诊，认为是湿热毒邪入侵营血，内陷厥少，投以犀角地黄汤、羚角钩藤汤清营凉血解毒，镇肝息风止痉。所需羚羊角、犀角（现用水牛角代）皆临时水磨调服。服药2次后血少痉止，但神识不清，狂躁不宁，予牛黄清心丸化服，4小时后神志渐清，醒后又出现心慌、多汗、喘脱之危象，立即予人参蛤蚧散调服，约半小时后汗止喘平。如此历经50天左右危象得平，后从脾肾调理月余，病情稳定出院。此后陆续收治9例尿毒症患者，轻重不一，龚丽娟从中医辨证属溺毒壅结肠腑，方中加用大黄清热通腑，药后大便畅行，呕吐缓解，复查肌酐、尿素氮明显下降，由此发现大黄有降氮解毒作用，于1960年撰写《抢救10例尿毒症的临床总结》刊登于《南京中医学院学报》，引起中西医界的重视。当时病房还收治了多例乳糜血尿患者，在曹鸣高主任查房指导下，龚丽娟认为本病属中医“膏淋”、“尿浊”，初起以湿热为主，病久则出现脾肾气虚、阳虚或阴虚湿热等虚实夹杂症，用补中益气汤合萆薢分清饮加减，并选用飞廉、水蜈蚣、糯稻根等，一般在2～4周症状缓解或消失，服药期间应禁动植物蛋白及高脂饮食，并绝对卧床休息。尿检正常后尚需中药巩固治疗，以培补脾肾，辨别阴阳调理2～3个月，并撰写了《30例乳糜尿的治疗经验介绍》刊登于《南京中医学院学报》1959年1期。

1972年龚丽娟由肾科病区调入普内门诊，广泛接触病人，除肾病外还有心脑血管疾病、糖尿病、老年病、脾胃病、男性前列腺疾病、妇科月经病等，一开始对妇、儿疾病尚有生疏感，逐渐地也能适应，日积月累，不断丰富临床经验，深得病家信任。临诊时对病人态度和蔼，耐心询问病史，听取病人的倾诉，以利辨证施治。对重病患者以同情的态度劝慰，鼓励提高战胜疾病的信心。对一些焦虑症、忧郁症患者，注重了解患者的心理状态，予针对性的引导，消除其悲观、忧虑、恐惧、失望等不良情绪。开方用药掌握原则，不为利诱，不滥开处方，对经济困难患者免费诊治，尽量选择价廉效高的药品治疗，以减轻患者经济负担。

从医60年来，龚丽娟在肾脏病的诊治方面积累了丰富的临床经验，形成了“以中医辨证为纲，以西医辨病为目，参考实验室指标指导治疗”为特征的独特的肾脏病诊疗方法，临床上注重发挥中医药特色，不拘泥于单纯中药汤剂，往往汤、散、膏、丸剂配合，以及中药外敷、泡脚、灌肠等内服外治多种途径综合治疗。选方用药味数不多，剂量不大，药精力专，治疗方法灵活丰富，同时在治疗过程中注重心理疏导和摄生调护，疗效显著。如急性肾炎重在清热解毒，慢性肾炎应益气清利，20世纪80年代注意到民间草药黄蜀葵花对下焦湿热证慢性肾炎患者的蛋白尿、血尿有显著疗效，提出慢性肾炎从湿热论治的观点，参与研制开发甲花片治疗慢性肾小球肾炎。肾功能不全须根据病势缓急，急则治标，重在泄浊降逆，通腑排毒；缓则治本，宜培补脾肾，佐以败毒。使用大黄应掌握剂量，一般每天排便2～3次即可，不宜泄泻无度，更伤肾元。同时根据肾血流动态变化异常，多具有血瘀的微观改变而加用活血化瘀药。对于尿路结石以中药清热利水、化石散结、排石通淋为主，用金钱草、冬葵子、石韦、炮山甲、王不留行、皂角刺、黄柏、葎草等制成合剂，阴虚者加六味地黄丸，气虚者配服补中益气丸，阳虚者加用全鹿丸，同时配合溶石粉（琥珀、生鸡内金、鱼脑石、西月石粉），收到较好疗效。慢性肾盂肾炎长期菌尿，反复发作，重在整体调治，以增强自身抑菌能力，如对老年性尿道综合征，在病理上既有脾肾亏虚，又有心肝气郁，兼有下焦湿热、络脉失和的特点，在治疗上以补益脾肾之气，疏调厥少之郁，佐以清利湿热、活血和络之法综合调理。