1954年父亲因病去世后龚丽娟开始独立应诊，此时江苏省中医进修学校招生，为了能系统地学习中医基础理论，提高医学水平，龚丽娟毫不犹豫，放弃门庭，报名应试，于1955年入学，1956年毕业，分配至江苏省中医院内科工作。从个体走向省级医院是龚丽娟人生中一个重大的转折点，故龚丽娟经常勉励自己，多学习，多看书，多临床实践，为人类多作贡献。在科主任安排下，龚丽娟先后跟随各老中医诊治抄方，如邹云翔、马泽人、曹鸣高、张泽生、江育仁、马云翔等，学习各家之长，摘录医案，辨证要点，药物配伍等内容，得益匪浅。1957年拜曹鸣高主任为师，上午侍诊左右，写病历、抄方，下午独立门诊，遇到疑难杂症，晚上到曹老家请示释疑。在这一阶段中龚丽娟开始自学西医内科学，以提高疾病的诊断率和治疗方法。