参与代谢PPIs的酶主要包括CYP2C19和CYP3A4。CYP2C19是PPIs的主要代谢酶，但不同的PPIs经由CYP2C19代谢的比例存在差异。

CYP2C19是已知的CYP家族中基因多态性最多的酶，表现为酶活性的多样性。CYP2C19等位基因的突变和（或）缺失可使该酶活性降低，因而经由CYP2C19代谢的药物的血药浓度具有个体差异。携带不同CYP2C19基因型的人群可分为：强代谢者（extensive metabolizers，EMs）、弱代谢者（poor metabolizers，PMs）和中间代谢者（intermediate metabolizers，IMs）。携带PM基因的比例在亚洲人群中约为15%，在中国人群中高达30%，而在高加索人群（白人）中为3%。

PPIs的代谢不同程度地受到CYP2C19基因多态性的影响。早期上市的PPIs（奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑）均为R型及S型光学异构混旋体。两个异构体活性相近，R型异构体在体内约98%经CYP2C19代谢，故受基因多态性影响较为显著，对PPIs代谢影响依次为：奥美拉唑＞泮托拉唑＞兰索拉唑 ^[37]。

S型异构体对CYP2C19的依赖减小，药效的个体差异也相应减弱，埃索美拉唑是首个上市的奥美拉唑单S型异构体（左旋异构体），经CYP2C19代谢的比例仅为73%，另有27%经CYP3A4代谢，故具有更稳定的血药浓度和疗效。已有文献显示不同代谢型患者应用埃索美拉唑后24小时胃内pH值的中位变异度明显低于奥美拉唑 ^[38，39]。

雷贝拉唑在肝脏的代谢主要经非酶途径，仅少量经由CYP2C19和CYP3A4代谢。故基因多态性对该药疗效的影响最小。

CYP2C19基因多态性对PPIs药物代谢、药物效应的相关性研究表明，CYP2C19基因分型检测将会成为临床治疗酸相关性疾病中一个重要的工具。通过对CYP2C19基因表型的测定，可以预测PPIs的疗效，为临床合理用药、个体化用药和治疗提供科学依据。对于在常规标准剂量和疗程下未取得理想治疗效果的患者，临床医师可以据此合理选用PPIs药物及调整药物剂量。