古代医家对于肛瘘病因病机的认识是由浅入深，由偏及全的，在内治的方法上表现为以下三个发展过程：补法，攻补兼施，内外同治。

元·朱震亨《丹溪心法》云：“漏疮，先须服补药生气血，用参、术、芪、芍、归为主，大剂服之”。明·薛己提出肛门病的发生与局部气血运行不足有关，其《外科发挥》中多用“八珍汤”“四物汤”“四君子汤”之类的补益气血之方剂。《外科正宗》曰：“虚弱者兼服养血健脾之药，最为稳当。然而痔与漏治法不同，治痔必须治血为主……漏疮须服补药，以生气血……。”此类代表方有四君子、四物汤、八珍汤、芍归汤等。

明清以来，医家们认识到肛瘘是元气既虚，毒邪又去而未尽。治疗中，补益之中又辅以清热利湿、杀虫之法，攻补兼施。明朝李梴《医学入门》云：“漏流脓血，初是湿热，久是湿寒。初起宜凉血清热燥湿，病久则宜涩窍、杀虫温补。”宋·杨士嬴《仁斋直指方论》认为：“治法温散风冷为急”。故其方多以温肾散寒之药，温散漏疮风冷。此类代表方用猪肾丸、乳香丸、温肾丹等。

明清医家还特别注重外科疾病的全身辨证，整体与局部并重。如明代窦梦麟的《疮疡经验全书·痔漏症并图说》说：“单漏，治之须以温暖之剂补其内，生肌之药敷其外。”清代沈金鳌的《杂病源流犀烛》亦曰：“治漏之法，初宜凉血清热，久宜涩窍杀虫，兼于温散。若久而孔窍，必用毒药腐蚀，而后新肉可生，治其大略也。”