菌种是微生物工业实现从原料到目的产物过程的关键，它直接决定着生产效率、产品成本和产品质量，可以认为菌种是微生物工业的生命。因此，对菌种的选育、改良、保藏和防止退化等是企业连续、稳定生产的前提，而对种子的方便、高效、无污染的扩大培养则是生产过程的必需环节，是规模化生产的基本保障。所以，微生物工程工艺首先强调在微生物学基础上掌握工业菌种的保藏、菌种退化的检测与防止以及菌种扩大培养等基本内容。
