这场全球行动的一个问题是疟疾的故乡非洲并没有包括在这项全球计划内。其次没有考虑到监测的难度，撒药还好完成，但抽样就难了，很多国家的监测者干脆偷工减料，随便采点血去充数。另外各国广泛使用DDT作为农业杀虫剂，对于蚊子来说，也是一种低剂量的促进基因变异的行为。

耐药性蚊子的报道一直没有断过，到了WHO不得不承认的地步，1962年，WHO宣称耐药性蚊子的存在不足以影响消除疟疾计划，而英国皇家热带医学和卫生学会则得出相反的报告，认为耐药性蚊子的出现已经严重影响了灭疟行动的进展。

雷切尔·卡森于1962年出版了畅销书《寂静的春天》，讲述了生态破坏，其中包括DDT，引起了公众的注意。卡森在书中做出了准确的预言，即便继续灭蚊，也无法达到消灭疟疾和黄热病的目的，因为蚊子会产生抗药性。后来试验证明，花七年时间，就能产生出具有抗药性的蚊子，不仅对DDT，对于其他杀虫剂也一样。

《寂静的春天》如一石激起千层浪，彻底粉碎了因为DDT而出现的科学迷信，让人们重新意识到人与自然之间平衡的重要性，意识到环境保护的重要性。DDT这种东西的半衰期超过30年，在环境中长期存在，造成严重的污染，它不分青红皂白地把所有的昆虫都杀死，导致了一场生态灾难。蚊子对DDT很快产生了抗药性，使得DDT不再有那样大的效果。当然，全球灭疟疾行动还是很有成绩的，救活了无数人的生命。1970年，WHO终于承认了耐药性的问题，1973年建议各国换用其他药物。美国则于这一年禁用DDT。中国于2007年禁止生产DDT，使得印度成为迄今唯一一个仍然生产和使用DDT的国家。

美国本土已经有足够的DDT了，鸟吃了被DDT毒死的昆虫后死了，牲畜吃了带DDT的昆虫和草，就把DDT带进人的饮食中，早在1955年，美国人每天吃进去的DDT就达184毫克。

1963年后，美国国会不再为全球灭蚊行动拨款，WHO和其他国际组织马上成了穷光蛋，然后就是疟疾病例回升。斯里兰卡在1963年只有18例疟疾，6年后超过50万例，同一段期间印度的疟疾病例从5万例上升到100万例，中美洲从7万例变成12万例，阿富汗从2300例变成2万例。

1963年是全球年疟疾病例的历史最低点，从3亿5000万例下降到1亿例。就是在这个时候，人们观念上出现了一个巨大的转折。原先认为人类最大的危机是疾病，从这时起改为人口过多。灭蚊行动虽然延长了人的寿命，但并没有推动经济发展，反而导致严重的经济问题，疟疾少了并没有使得粮食产量增高到理想的程度，结果更多的人来抢夺本来就有限的资源，不死于疟疾的人们反而死于饥饿。当然并不是说还要继续让传染病成为控制人口的工具，而是因为控制疟疾骤然增加了很多人口，尤其在第三世界国家，同时经济发展没有跟上，产生了许多的社会问题。在控制传染病上，要防疫和经济发展齐头并进。

灭蚊这条消灭中间传播者的道路走不下去了，还有一条路，就是减少疟疾病人的数量，让蚊子吸不出疟原虫来。

奎宁问世后，价格一直很昂贵。只有意大利政府于1902年免费发放奎宁，但广大民众对此疑心重重，各种谣言四起，最后大部分奎宁发下去后没有被服用，很多农民干脆把奎宁喂猪吃了。

氯喹出现之后，终于有了便宜药，因为以灭蚊为主，氯喹并没有大规模应用，灭蚊失败后，一些国家在食盐和面包里加入氯喹，这个小剂量的应用不仅不能控制疟疾，反而帮助疟原虫产生耐药性。

氯喹之后的药物和氯喹在机制上比较一致，疟原虫很容易产生耐药性，使得耐药性疟原虫彻底成了气候。1982～1997年之间的疟疾病例是1962～1981年之间疟疾病例的4倍。耐药性疟疾杀死的人已经超过氯喹救活的人数了。

青蒿素如大旱甘霖，这种植物来源的新药走与奎宁、氯喹等现有药物不同的抗疟路线，疟原虫很难很快产生耐药性，如果能够突然间大规模使用的话，会对疟原虫以沉重打击，控制疟疾在全球的流行，趁着全球灭蚊的效果还没有完全消失，进一步打压疟疾，也许会为人类赢得50～100年的时间。

但是，由于中国当时社会形势，青蒿素一直没有被广泛应用。从越战后期开始，青蒿素在使用中一来范围不够，二来剂量不足，给了疟原虫以适应的机会。