胃食管反流病导致的不适症状会使部分患者的生活质量减低，严重者会影响日常饮食及工作。胃食管反流病可导致食管糜烂，严重者可出现上消化道出血、食管溃疡、食管狭窄等；Barrett食管则可能进展为食管腺癌。胃食管反流病可能会导致慢性咳嗽、哮喘以及慢性咽喉炎等呼吸道疾病。有报道认为，胃食管反流可能还与鼻窦炎、复发性中耳炎以及肺间质纤维化有一定关联。