两者关系不明确，甚至有报道显示幽门螺杆菌感染与胃食管反流病的发病呈负相关，根除幽门螺杆菌可能会增加胃食管反流病的发病风险。一般认为，不推荐对胃食管反流病患者常规筛查幽门螺杆菌，抗幽门螺杆菌治疗也不需要作为常规胃食管反流病患者抗反流治疗的一部分。幽门螺杆菌感染的治疗应遵从相应的根除指征。