更多谜题
清代以东为上，西路的建筑是恭王府中最僻静的地方，也隐藏着主人最隐秘的心思。王世仁对此有透彻分析：“值得注意的是，和珅居住的西路，表面上看是休闲居住的宅院，有抄手游廊、垂花门、什锦灯窗、竹木花卉等。但正厅为七间，台基高二尺八寸（约87.5厘米），与东路公主前厅（多福轩）相同；同时，明间的面阔与柱高和中路大殿一致。厅前设月台，用石雕须弥座，柱顶用石雕鼓座，厅内仿宁寿宫乐寿堂设‘周制’仙楼。而且西路房屋，包括厢房、围房，都用雕花屋脊，豪华程度远远超过东路。”他认为，由此可以看出，和珅建府时，在典章与富足之间选择的心态。
和绅的罪状中也写得清楚，第十三条称：“昨将和珅家产查抄，所盖楠木房屋，僭侈逾制，其多宝阁及隔段式样，皆仿照宁寿宫制度。其园寓点缀，竟与圆明园蓬岛、瑶台无异，不知是何肺肠！”
这座“楠木房屋”指的就是西路的锡晋斋。史载，锡晋斋内部构件均为金丝楠木，金砖墁地，外看为一层，但实为两层，精巧异常。陈彤认为，这是恭王府里最有价值的房子。2004年10月，陈彤第一次来到恭王府，就被这里吸引住了。当时，锡晋斋被改建成会客室，会议桌、沙发椅、吊灯，一派现代风格。但透过落满灰尘的窗户，嵌紫檀雕花隔扇虽有残损，仍不掩其精致。
“莲花瓣状的柱础，与故宫内乾隆晚年居住的‘倦勤斋’一模一样。地面的花斑石，只有宁寿宫才有。平面形制上，锡晋斋也很特别，五开间楠木殿，有歇山顶的抱厦，比颐和园七开间的乐寿堂还要复杂。而它二层仙楼的复廊也比乐寿堂的单廊精巧。这对于它的主人和珅而言，都是‘逾制’的。”陈彤说，说这座房子的蓝图是宁寿宫，并没有冤枉和珅。
根据仅有的历史照片与现状比对，锡晋斋恢复了原有的大致格局。“把后来建的两座楼梯拆掉，重新按原来的照片恢复了西边的单跑楼梯。但东部的“L”形楼梯没有恢复，因为它要跟整体装修结合，这个楼梯原是环绕宝床的，四周还有花罩，现在其他装饰没有了，一个楼梯很突兀。”
与锡晋斋相比，水法楼的谜题更多。水法楼位于160余米长的二层后罩楼西侧，《华裔学志》中，将其形容为“小迷宫”：“假山上有缸，缸内有水，水流下来，有池子盛之。”陈彤描述，水法楼两层之间抽去隔板，倚靠着一面墙的假山与墙上图画浑然一体，实景入画，画如实景。从假山的“山径”走上去，可以由一楼直到二楼。假山上水缸的水涓涓流淌，在“山下”汇成池，池中还有游鱼。陈彤说，这是国内唯一的室内水法园林实例，可惜毁于辅仁大学入驻后，一切只能依据零星文字去想象。
“如果要做，我认为要做成‘可识别可逆’的，将来有人发现水法楼的更多资料，还能将我们修的东西拆了重来。”郭黛姮认为，在目前水法楼室内依据不足时，宁可不做。
最让陈彤兴奋的是，重修恭王府让他有机会到古建筑顶子里去看，看到很多以前看不到的东西，那些还没被抹去的隐秘细节。“就像身处案发现场，给一个人做解剖，论证一个千古谜案”。
他觉得，古建筑有两种意义上的损毁，一是物理上的，梁架腐朽，房屋坍塌；二是文化意义上的，往往是更重要也是易被忽视的、大量细节的流失。古典建筑为何好看？正是因为充满了细节，是无数能工巧匠，点滴时间堆积而成的手工艺品。
“细节或许只是装饰性的东西，与古建筑安全无关，但包含信息量最大，也最容易流失。比如彩画，就是‘管窥全豹，可见一斑’，反映了王府规制。”陈彤说，这次大修在彩画泰斗王仲杰的主持下，对104个房间全部重绘，如此大规模的群体性彩绘，也是新中国成立以来第一次。吴杰也认为，复建的好坏，彩绘占60%，甚至比古建筑还重要。
恭王府里外檐彩画基本全部被苏式彩画所覆盖，看上去焕然一新，可是没有价值。“比如七八十年代绘制的《红楼梦》彩画，花花绿绿，但从文物保护角度，这是具有欺骗性的”。所幸有些内檐彩画还在，陈彤他们仿内檐彩画翻至外檐重绘。这是典型的手工艺，很多内檐彩画看不清楚，要根据造型、规制重新推敲，再根据外檐结构延伸而来，做成严格的1:1平面图再绘。
郭黛姮说，修复中尽量保留了各个时期的历史信息，最晚留至辅仁大学。但对于另外一些时期的信息也做了适量保留，比如“文化大革命”时期的大标语“大兴三八作风”等。“当时的人也很疯狂，红色墨迹很难弄下来，除非覆盖掉。”
宅院里原有很多王府忌讳的树种：柏树——阴宅的树，梨树——离别的树，桑树——与丧事相联，但为了保留部分历史，仍留存了一些辅仁大学时期的树木。吴杰说，恭王府里现存最老的树就在锡晋斋院内，是两棵看上去并不起眼的西府海棠，据说当日辅仁大学校长陈垣常在树下设宴，邀友人吟诗作画。
有历史的谜题待解，也有现实的困难。“本来申请了2.69亿资金，只给了1.6亿，恭王府又自筹4000万，这次大修一共花费了2亿。”吴杰的每一笔账目都算得清楚，恭王府大部分房间的室内装修没做，文物回收更少。
在郭黛姮主持的第一版规划中，在银安殿地下设计了一个考古博物馆：玻璃地面下，考古发掘的旧砖瓦清晰可见；也为文物保存和研究提供了必需的现代化空间。但因种种原因没有实现。原设计中的地下停车场也因资金问题而搁浅。陈彤说：“某种意义上说，恭王府目前只修了一个壳。”