直接发包工程备案合法性
“建设工程直接发包”一词来源于我国现行《招标投标法》第六十六条规定，是指建设工程属于国家关于“可以不进行招标”的情形，由建设单位将建设工程直接发包给勘察、设计或者施工单位的行为。
一、企业研发楼直接发包合法性
1. 依法必须实行招标的建设工程
依据《招标投标法》第三条规定，在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标（具体范围和规模标准，由国务院发展计划部门会同国务院有关部门制订，报国务院批准）：（1）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；（2）全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；（3）使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目。
国家发展和改革委员会于2018年3月27日发布的《必须招标的工程项目规定》（第16号令）就必须招标的工程建设项目范围和标准进行了详细规定。
2. 可以直接发包的建设工程
可以直接发包的建设工程分为两类：第一类是属于《招标投标法》规定的必须进行招标范围但不适于招标发包的建设工程（以下简称“不适于招标发包的建设工程”），第二类是不属于我国现行《招标投标法》规定的必须招标范围，由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程（以下简称“由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程”）。
第一类，不适于招标发包的建设工程。
所谓不适于招标发包的建设工程，是指虽属于法律明确规定的应当公开招标发包的范围，但因法定的特殊情势存在而不适于招标发包的建设工程。
依据我国1998年3月1日施行的《建筑法》第十九条，建筑工程依法实行招标发包，对不适于招标发包的可以直接发包。
依据《招标投标法》第三条对必须招标的四类建设项目作了明确规定，其中不包括民营企业自筹资金的建设项目；依据该法第六十六条，即使属四类必须招标的建设项目，涉及国家安全、国家秘密、抢险救灾或者属于利用扶贫资金实行以工代赈、需要使用农民工等特殊情况，不适宜进行招标的项目，按照国家有关规定可以不进行招标。
国务院《招标投标法实施条例》第九条规定，除招标投标法第六十六条规定的可以不进行招标的特殊情况外，有下列情形之一的，可以不进行招标：（1）需要采用不可替代的专利或者专有技术；（2）采购人依法能够自行建设、生产或者提供；（3）已通过招标方式选定的特许经营项目投资人依法能够自行建设、生产或者提供；（4）需要向原中标人采购工程、货物或者服务，否则将影响施工或者功能配套要求；（5）国家规定的其他特殊情形。
《工程建设项目施工招标投标办法》第十二条进一步规定，依法必须进行施工招标的工程建设项目有下列情形之一的，可以不进行施工招标：（1）涉及国家安全、国家秘密、抢险救灾或者属于利用扶贫资金实行以工代赈需要使用农民工等特殊情况，不适宜进行招标；（2）施工主要技术采用不可替代的专利或者专有技术；（3）已通过招标方式选定的特许经营项目投资人依法能够自行建设；（4）采购人依法能够自行建设；（5）在建工程追加的附属小型工程或者主体加层工程，原中标人仍具备承包能力，并且其他人承担将影响施工或者功能配套要求；（6）国家规定的其他情形。
《工程建设项目勘察设计招标投标办法》第四条也进一步规定，按照国家规定需要履行项目审批、核准手续的依法必须进行招标的项目，有下列情形之一的，经项目审批、核准部门审批、核准，项目的勘察设计可以不进行招标：（1）涉及国家安全、国家秘密、抢险救灾或者属于利用扶贫资金实行以工代赈、需要使用农民工等特殊情况，不适宜进行招标；（2）主要工艺、技术采用不可替代的专利或者专有技术，或者其建筑艺术造型有特殊要求；（3）采购人依法能够自行勘察、设计；（4）已通过招标方式选定的特许经营项目投资人依法能够自行勘察、设计；（5）技术复杂或专业性强，能够满足条件的勘察设计单位少于三家，不能形成有效竞争；（6）已建成项目需要改、扩建或者技术改造，由其他单位进行设计影响项目功能配套性；（7）国家规定其他特殊情形。
除此之外，依据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第十条，工程有下列情形之一的，经县级以上地方人民政府建设行政主管部门批准，可以不进行施工招标：（1）停建或者缓建后恢复建设的单位工程，且承包人未发生变更的；（2）施工企业自建自用的工程，且该施工企业资质等级符合工程要求的；（3）在建工程追加的附属小型工程或者主体加层工程，且承包人未发生变更的；（4）法律、法规、规章规定的其他情形。
第二类，由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程。
所谓由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程，是指不属于法律明确规定的应当招标发包的范围，建设单位可以自主决定通过公开招标方式发包、也可以自主决定不通过公开招标方式而直接发包的建设工程。
研发楼报建纪实显示，该企业研发楼不属于关系社会公共利益、公众安全的项目，也不属于全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目，更不属于使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目，因而不属于法律明确规定必须通过招标程序确定施工单位的建设工程，可以由建设单位自主确定施工单位。
据此，该民营企业研发楼采用直接发包的方式确定符合资质条件的施工单位，符合法律、法规规定。
二、直接发包建设工程备案事项设置合法性
研发楼所在地的2004年修正的《建筑市场管理条例》第十条第一款规定，工程项目发包，应当按照工程项目管理权限在省、设区的市、县（市）建设工程交易中心进行。至于该款所说的工程项目发包是否包括第二类由建设单位依法直接发包建设工程，该条例未明确。笔者理解应当不包括。因为，属于第二类由建设单位依法直接发包建设工程，如果建设单位决定自己直接发包，通常不会去建设工程交易中心发包，建设主管部门也没有理由要求直接发包的建设单位去建设工程交易中心发包。但是，该条例并未设置直接发包建设工程备案事项。
2001年原建设部《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第十二条规定，招标人自行办理施工招标事宜的，应当在发布招标公告或者发出投标邀请书的5日前，向工程所在地县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。但是，依据该办法第二条，该办法只适用于“在中华人民共和国境内从事房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标活动”。因此，该办法第十二条所称的自行招标项目备案，应当是指第一类应当招标投标但“不适于招标发包的建设工程”，不包括第二类“由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程”。住房和城乡建设部2018年修正后的《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》也未见有第二类“由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程”备案的规定。
综上，直接发包建设工程备案事项设置未见有法律、法规规定的依据。
三、直接发包建设工程备案条件设置合法性与合理性
研发楼建设所在地的招标投标管理办公室要求建设单位直接发包建设工程报送备案提交的申报材料有十余件，均未见有法律、法规、规章依据。
现就要求提交的部分申报材料合法性和合理性分析如下：
1. 依据研发楼所在地建设厅文件规定，要求发包人向建设行政主管部门下设的招标监督管理机构提出直接发包申请，填写房屋建筑和市政基础设施工程施工直接发包申请及审批表，缺乏法律、法规依据。
招标投标管理办公室设置的直接发包备案登记表，除了要求建设单位填写直接发包项目信息外，必须填写拟定的承包人名称、资质及资质证书编号，并分别填写拟定的承包方项目负责人、技术负责人、质量管理员、项目施工员、安全管理员的姓名和资质证书编号，工期以招标投标管理办公室核发的中标通知书为准，存在3项“为难”建设单位的嫌疑：第一，既然是建设工程直接发包备案，就应当是建设单位已经选定了建设工程承包人，不存在拟定承包人一说；第二，承包方施工资质、相关人员姓名及资质等情况应当由建设工程承包方提供，不应当要求建设单位提供；第三，既然是建设工程直接发包备案，施工合同应当已经签订并已经明确了工期，规定自建设工程直接发包备案并由招标投标管理办公室发放的中标通知书之日起计算工期不合情理。
2. 要求建设单位提供法定代表人身份证明及授权委托书、投资项目备案文（原件及复印件）、建设工程规划许可证（原件及复印件）、抗震审查批准书及施工图纸审查合格证书（原件及复印件）、公司章程（原件及复印件）等资料，也未见有法律、法规依据，且要求提交的证明材料不应当属于招标投标管理机构审查的职责范围。
3. 设置直接发包建设工程备案网上申请必须用“密钥”方可进入网上申请程序，未见有法律、法规依据。
直接发包“密钥”网上申报制形成的实际效果是：为建设单位直接完成网上申报程序设置了障碍，导致建设单位必须委托招标代理机构代理申报，是一种变相要求建设单位必须委托招标代理机构进行有偿服务的一种行政强制性规定。
4. 要求向招标投标管理办公室提供：施工单位企业营业执照（原件及复印件）、资质等级证书（原件及复印件）、项目经理证书、B类证（原件及复印件）、施工安全生产许可证（原件及复印件）、工程预算报价（加盖本单位公章、本单位本专业全国造价员章）、企业信用管理手册、向建管处缴纳的农民工工资保证金收据等资料，也未见有法律、法规依据。况且，即使要求直接发包的施工单位将施工合同报招标投标办公室备案是有法律、法规依据的，也没有必要在直接发包备案时要求建设单位另行提供施工单位的相关资质证明材料。因为，《建筑法》已有明确规定，建设单位在申请建筑工程施工许可证时，应当依法提供施工单位的相关资质证明材料。
四、直接发包建设工程备案收费合法性
建设工程直接发包备案需分别由工程建设单位、施工单位向招标投标管理办公室交纳综合服务费的规定，未见有法律、法规依据。
五、直接发包建设工程备案行为合法性
1. 否定直接发包工程建设单位已经形成的中标通知书效力，改由招标办重新核发中标通知书的规定，未见有法律、法规依据。
2001年，研发楼所在地省级建设部门以文件形式制发了《房屋建筑和市政基础设施工程施工直接发包管理暂行办法》。依据该办法第四条的规定，直接发包活动应当在建设工程交易中心进行。依据该办法第五条的规定，直接发包的工程除属于抢险救灾的以外，应当按照下列程序进行：（1）发包人应当在工程项目立项文件被批准或者报送备案之日起30日内，按照工程建设项目报建管理的有关规定，办理报建手续。（2）发包人向建设行政主管部门下设的招标监督管理机构提出直接发包申请，填写房屋建筑和市政基础设施工程施工直接发包申请及审批表，同时提交有关的证明文件以证明其拟直接发包的工程符合本办法第二条规定的情形。（3）招标办应当自接到发包人申请及审批表之日起7日内，指定经办人对发包人及拟直接发包工程的实际情况、有关证明文件和材料、拟定承包人及拟选派项目经理等情况进行调查核实，提出意见后报招标办负责人复核。招标办负责人复核并签署初审意见后报同级建设行政主管部门负责人批准。（4）直接发包申请被批准后，由建设行政主管部门授权招标办向发包人发出直接发包中标通知书。发包人与拟定承包人应当自上述通知书发出之日起30日内签订书面合同，并自合同签订之日起7日内，将合同报招标办备案。
市政府招标投标管理办公室将第二类“由建设单位依法自主确定是否招标的建设工程”直接发包设定为备案事项，否定建设单位已经签发的中标通知书效力，规定必须由招标投标管理办公室核发中标通知书，未见有法律、法规依据。
2. 否定建设单位自己编制的标底，要求建设单位必须委托招标代理机构重新编制标底，未见有法律、法规依据。
所谓标底，是业主针对准备公开招标的特定工程或者计划采购的特定设备而组织专门人员编制、测算形成的一个合理的基本价格。在建设工程公开招投标活动中，编制的标底是评标、定标的重要依据，在定标前属招标单位的绝密资料。
《工程建设项目施工招标投标办法》第二十一条规定，招标人符合法律规定的自行招标条件的，可以自行办理招标事宜。任何单位和个人不得强制其委托招标代理机构办理招标事宜。该办法第三十四条规定：招标人可根据项目特点决定是否编制标底。编制标底的，标底编制过程和标底在开标前必须保密。招标项目编制标底的，应根据批准的初步设计、投资概算，依据有关计价办法，参照有关工程定额，结合市场供求状况，综合考虑投资、工期和质量等方面的因素合理确定。标底由招标人自行编制或委托中介机构编制。一个工程只能编制一个标底。任何单位和个人不得强制招标人编制或报审标底，或干预其确定标底。
研发楼所在地建设部门以文件形式制发的《房屋建筑和市政基础设施工程施工直接发包管理暂行办法》规定，发包人需要对拟直接发包工程编制预算的，应当委托具有相应资格的中介机构编制。实际操作过程中，招标投标管理办公室受理直接发包备案的条件之一是：必须由有资质的代理机构编制标底并由代理机构先在网上提交申请。建设单位不得不根据招标投标管理办公室的要求，委托招标代理机构重新编制标底。非但如此，招标投标管理办公室要求先申请网上备案再提交纸质申请材料。由于建设单位不持有密钥，无法进入招标投标网上申请程序，也不得不委托招标代理机构进行网上申请。
3. 建设单位委托招标代理机构重新编制的标底必须按照备案文件审核人员的要求修改，未见有法律、法规依据。
直接发包工程备案网上填报通过后，招标投标管理办公室对建设单位提交的纸质申报资料进行了审查，认为申报资料齐全的同时，又对申报材料提出三点缺陷：第一，工程直接发包登记表需一式两份，而且都需要原件，招标投标管理办公室要在两份登记表上盖章，其中一份原件由招标投标管理办公室存档，另一份原件由建设方向建设项目质量监督机构提交，你只提交了一份，需再填写一份加盖你公司印章后补交；第二，招标代理机构编制的标底中按0.35%提取住房公积金不符合我市实际情况，实际操作中该项不取费，应当剔除该项取费；第三，中标单位的标书中仍按3.51%的税率提取不符合现行规定，营业税改增值税后应当按11%计提。招标投标管理办公室据此要求申请人补正并退回纸质申报材料。
笔者认为，既然是直接发包备案，建筑工程施工合同已经商定并已经签订。如果申报的材料存在缺陷，提示建设单位即可，是否更改，由建设单位自己决定，与直接发包备案没有关联性，不应当成为退回纸质申报材料的理由，更不应当要求建设单位必须更改标底。因为，标底只是建设单位选择、确定施工单位的参考资料之一，对标底中存在的无实质性影响的瑕疵改与不改，应当由建设单位决定。况且，中标人已经确定，改与不改已无实质意义。
4. 否定建设工程实际开工日期，规定直接发包工期自招标投标管理办公室签发中标通知书之日起算，未见有法律、法规依据。
招标投标管理办公室否定了直接发包已经形成的发包协议，也否定了建设工程实际开工日期，规定开工日期必须自招标投标管理办公室签发中标通知书之日起算。
工期自招标投标管理办公室签发中标通知书之日起算，实际上为直接发包的建设方、施工方之间埋下了争议隐患。直接发包备案申请是在工程建设单位采取直接发包的形式确定施工单位并签订建筑工程施工合同的前提下提出的，招标投标管理办公室以直接发包备案为由重新签发中标通知书，既不合法又不合理。建设单位既然确定了施工单位，就一定与施工单位协商确定了开工日期和竣工日期，而且确定了施工单位就意味着施工单位已经中标，再由招标投标管理办公室以签发中标通知书形式确定施工单位和开工日期，必定与建设单位、施工单位之间的在先施工合同相冲突，很容易因此诱发施工合同争议。