中国最好学科排名的指标体系由人才培养、科研项目、成果获奖、学术论文、学术人才5个类别组成,下设17个指标,包括50余项测量变量。由于部分指标在不同学科门类的适用性和重要性存在差别,因此中国最好学科排名在不同学科采用差异化的指标体系。中国最好学科排名的指标体系如下图所示。
中国最好学科排名首先在各个指标的层面计算每所高校的得分,令该指标表现最好的高校为该指标的最高分(例如50、100、200),其它高校按其与最高值的比例得分,一所高校的总得分由各指标得分加和得出。