骨骼VS分子

哺乳动物的大目之间又有什么关系呢？相关研究从一开始就是以解剖结构作为主要证据，特别是骨骼和牙齿，不过每个生物系统中的所有解剖结构（肌肉、神经、脑部和其他软组织）都可以发挥作用。19世纪的博物学家们率先在科学界里详细研究解剖结构，他们发现的很多解剖学特征直到今天都是哺乳动物的分类依据。但当时的研究者也遭遇了很多问题，例如一些哺乳动物类群留下的证据不足以表明谁是它们关系最近的亲属。

但在20世纪80年代和90年代里，对共有演化新特征和自然单系群的重视大大加深了我们对哺乳动物关系的了解。科学界基本上认可了以解剖结构为基础的哺乳动物种系发生学。

但这时又出现了一批新的数据，林奈和达尔文以及20世纪60年代的生物学家都对它们一无所知。这就是分子生物学数据，特别是现生哺乳动物基因和蛋白质生化组分的详细序列（蛋白质中的氨基酸，DNA里的核苷酸）。不出所料，分子生物学研究得出的分支序列和通过外部解剖结构得出的演化规律高度吻合，这证明两种证据都具有原始信息。在大多数情况下，根据解剖结构得出的分支序列和分子学分支序列基本一致。我们会在后面的章节中讨论几个例外。