中等大的分子和水溶性药物以不同的速度通过屏障，但都比它们通过毛细血管壁慢；而脂溶性物质则较易通过毛细血管壁而进入房水。临床上使用的高渗剂，如甘露醇，不易通过血—房水屏障，故甘露醇不易进入眼内，但却广泛地分布在机体的细胞外间隙。当存在高浓度的甘露醇时，为了平衡细胞外间隙所产生的高渗透压，水分便从细胞内液和眼液中析出。由于水分丢失，眼内液体的实际容量减少，因而降低了眼压。血—房水屏障和机体应用抗菌药物有关，有研究者计算多种抗菌药物通过房水的速率表明，机体分别注入氯霉素、头孢菌素和氨苄青霉素后，能较好地通过房水。相反，青霉素、红霉素和庆大霉素通过房水的速率则相对较差。此外，如氮芥、胆碱能、胆碱酯酶抑制剂等药物，以及刺激黑色素细胞的内分泌素等，均能影响血—房水屏障。

在眼部损伤的情况下，诸如机械类眼外伤、物理性眼外伤以及化学性眼外伤都可影响血—房水屏障。因为这些损伤的许多过程均可导致血管扩张。例如，当角膜擦伤、内眼手术后、虹膜损伤，X 射线及核射线、碱性物质或化学刺激剂（如氮芥）等损伤，都可出现血管扩张，多是因为虹膜血管紧密联结受损而影响血—房水屏障。

血—房水屏障在眼球病理情况下容易受到破坏，如角膜感染、眼内炎症（葡萄膜炎）、球内感染时都可导致血管扩张。近年来研究证明前列腺素的释放对血—房水屏障的破坏具有重要影响。前列腺素的释放能引起血管扩张和伴发炎症等许多其他征象。若先用前列腺素合成抑制剂，如阿司匹林或吲哚美辛进行预处理，将抑制血—房水屏障的破坏。

血—房水屏障被破坏的明显标志是房水中蛋白质浓度显著增高，离子成分接近血浆透析液。正常时不能进入房水的物质，如荧光素和伊文思蓝（Evans blue）等染料在血—房水屏障破坏时，却能以很快的速率进入房水内。因而，可用这些物质作为诊断血—房水屏障的指示剂。