环球航行将不了了之？
为了暗中破坏摩鹿加舰队，曼努埃尔国王再次出招。他派自己的代理人塞巴斯蒂安·阿尔瓦雷斯（Sebastian Alvares）前往塞维利亚，后者的使命就是挫败麦哲伦的探险计划。1519年7月18日，阿尔瓦雷斯秘密向曼努埃尔国王汇报说，贸易局的官员“无法忍受”麦哲伦。这位狡猾的间谍称，贸易局与麦哲伦之间经常因船员薪资而争吵。虽然这份密报语焉不详，但阿尔瓦雷斯的话很有煽动性。他还说，他曾尝试过游说麦哲伦取消这次探险活动。“我去到麦哲伦的住所，发现他正在用篮子和盒子装腌菜和其他食物。”这些美食是为舰队领导层准备的，船员无权享用。一见面，阿尔瓦雷斯就游说麦哲伦取消这趟邪恶之旅，这番说辞他早已仔细排练过多次：
我想唤起他的回忆，作为一名善良的葡萄牙人和他的好友，我曾多次跟他谈过，并反对他正在犯下的巨大错误……我一直对他说……他应该明白，这条航线充满危险，它们比圣凯瑟琳之轮（St. Catherine’s wheel）还要恐怖。
民间流传着这样一个传说：公元305年，凶残的异教徒马克西米努斯皇帝（Emporor Maxentius）俘虏了一位改信基督教的年轻女子，她的名字叫凯瑟琳。据说，当时有50名哲学家想说服凯瑟琳，说她改信基督教是一种愚蠢的行为。凯瑟琳虽然年纪轻轻，却逐一反驳了他们的观点，让那50名哲学家也改信了基督教。马克西米努斯下令处死这些哲学家，并将凯瑟琳投入监狱。皇后去监狱探望凯瑟琳，结果也被凯瑟琳说服，改信基督教。因此，皇帝决定处死凯瑟琳。他命人打造了一个车轮，轮毂上布满尖刀。凯瑟琳被绑在轮毂上，但车轮并没有把凯瑟琳切成碎片，反而是轮子碎掉了，破碎的轮子和刀片还弄伤了不少旁观者。恼羞成怒的皇帝只能下令将凯瑟琳斩首。阿尔瓦雷斯劝麦哲伦说，如果他不想遭受凯瑟琳的命运，那就“回到祖国，重新博得国王陛下的欢心，这对他只有好处，没有坏处”。
麦哲伦答道，他已经承诺效忠西班牙，没有什么能让他改变心意。
阿尔瓦雷斯的回答很老练，却并没有使心理强大的麦哲伦感到恐惧。
我对他说，以不恰当的手段，而且还是以如此有损名声的手段获取荣誉，既不明智，也不光荣……因为他可能知道，这座城市的绝大多数卡斯提尔人在谈到他的时候都认为他是出身卑微的贱民。他接受了这项任务，却伤害了他真正应该效忠的国王和君主……他可能还知道，人们都认为他是一个卖国贼，背叛了国王陛下的国家。
阿尔瓦雷斯咒骂麦哲伦的一席话反而坚定了麦哲伦执行这项任务的决心，甚至连阿尔瓦雷斯也对麦哲伦的坚定信念留下了深刻印象：“在我看来，他一心要完成这件关乎荣誉和良心的大事。”
虽然已经下定决心，麦哲伦还是对自己背弃祖国的决定感到不安。“他显得十分悲伤，”阿尔瓦雷斯说，“他想不出什么借口可以为离开一位给予他如此多恩惠的国王的错误辩解。我对他说……他应该认真考虑返回葡萄牙这件事。”
阿尔瓦雷斯并没有理解麦哲伦所受的精神折磨，他只想说服自己和曼努埃尔国王相信这次探险肯定会不了了之。他还想利用曾经才华横溢、现在精神状态日益不稳定的法雷罗来实现葡萄牙的阴谋诡计。“我跟鲁伊·法雷罗谈过两次，”阿尔瓦雷斯向曼努埃尔国王汇报说，“在我看来，他好像有点精神失常……我认为，如果麦哲伦被解除职务，那无论他干什么，鲁伊·法雷罗都会追随他的。”
阿尔瓦雷斯还说，即使舰队成功出发，那五艘帆船也不太适宜航海：
它们很破旧，都是临时拼凑而成的，因为我看到过它们被拖上岸维修，足足修了11个月，现在终于下水了，但船员还得在海里继续填塞船上的裂缝。我上过（其中一艘）船几次，我敢向国王陛下保证，换做我的话，肯定不愿意开着这些船去加那利群岛（the Canaries）。
加那利群岛距离伊比利亚半岛海岸只有几天航程，假如这些船连这么短的距离都到达不了，又怎么可能前往东印度群岛呢？
阿尔瓦雷斯继续吹嘘说，他知道舰队打算走哪条路线。退一万步来说，即使舰队真能远航，在它穿越大西洋并朝教皇子午线航行的时候，巴西会一直位于“舰队的右边”，然后往西驶向开放海域，再朝西北方向航行，前往香料群岛。然而，他给国王提供的情报是错误的。“他们携带的地图上没有标明陆地方位，”阿尔瓦雷斯幸灾乐祸地说道，“上帝保佑，希望他们这次航行会落得跟雷亚尔·科尔特家族（Corte Reals）一样的下场。”雷亚尔·科尔特家族是葡萄牙的探险家族，他们的舰队在探险过程中沉没并失踪。
在阿尔瓦雷斯描述的所有问题当中，最严重的莫过于鲁伊·法雷罗脆弱的精神状态。自从离开葡萄牙之后，甚至有可能在离开之前，这位才华横溢的宇宙学家已经表现出精神紊乱的症状。法雷罗身边的一位熟人说，“法雷罗睡眠不足，还经常魂不守舍地四处晃荡。”其他人也提到他喜怒无常，或者干脆说他脑子有问题。尽管证据不充足，但还是有迹象表明，法雷罗当时意志极度消沉，或者患上了狂躁抑郁性精神病。麦哲伦对于同事的精神状况缄口不语，但他身边的所有西班牙的高级船员都说，此行路途遥远，而且会面临不少艰难险阻，假如带上精神状态不稳定的法雷罗，可能会存在风险。万一他突然发疯，滥用舰队联合指挥官的权力，危及整个探险活动，那该怎么办？
甚至连查理一世国王也注意到法雷罗的状况。1519年7月26日，查理一世国王颁布了一份诏书，宣布法雷罗将不与麦哲伦一同出海。法雷罗将留在塞维利亚，为麦哲伦之后的另一次航行做准备。该诏书违反了查理一世国王给予麦哲伦10年独家探险权的规定，这一举动更像是给本来就没有多少尊严的法雷罗保全些面子，因为他再也没有机会出海远航。
摆脱喜怒无常的法雷罗后，麦哲伦似乎松了一口气。他同意王室解除法雷罗的职务，条件是舰队要留下法雷罗珍贵且先进的航海仪器，王室批准了他的要求。这些航海仪器包括法雷罗收藏的35个罗盘和麦哲伦在塞维利亚另外购买的15个罗盘，法雷罗亲自制作的1个木制星盘，6个普通的金属星盘，21个木制象限仪，以及18只沙漏，有些沙漏是麦哲伦亲自购买的。除此之外，还有24张极其宝贵的航海图，而且绝大部分属于绝密文件。任何人在未经授权的情况下擅自拿走航海图，被抓住后将接受严惩，甚至被处以死刑。这些图被锁在安全的地方，而且由全副武装的警卫守护着。在这24张航海图中，有6张是法雷罗绘制的，另外18张则是出自宇宙学家努诺·加西亚（Nuno Garcia）之手（其中7张由法雷罗指导完成，11张由麦哲伦指导完成）。所有这些无价之宝都留在了摩鹿加舰队，归麦哲伦支配。舰队还有大量预先制作好的空白羊皮纸和必要时用来制作更多羊皮纸的干羊皮，以便于绘制更多地图。
从里斯本时期开始，麦哲伦和法雷罗就是此次探险活动的推动者，而现在，这对搭档要分道扬镳了。事实上，法雷罗撤职事件的策划者很有可能是丰塞卡，而不是查理一世国王。
作为贸易局掌门人，丰塞卡一直在想方设法改变两名葡萄牙人指挥这次探险活动的局面，而法雷罗的精神疾病正好给了他一个借口。有传言称，丰塞卡故意将国王旗帜交给法雷罗，表明法雷罗才是舰队指挥官，而不是麦哲伦，从而巧妙地引发两人争吵。据说麦哲伦被彻底激怒，他要求把法雷罗从舰队调走，丰塞卡当然乐于效劳。
丰塞卡安排安德烈斯·德·圣马丁接替法雷罗。圣马丁是一名西班牙宇宙学家和占星家。他人脉关系极广，一直想在贸易局里觅得一份要职。他在舰队身居高位，而且拥有一份丰厚的薪水。舰队给他预付了3万马勒威迪工资，另付7 500马勒威迪作为日常花销，但他没有获得法雷罗的头衔。法雷罗的才华、激情和神秘气质让西班牙人为之倾倒，相比之下，圣马丁只是一名合格的天文学家和占星家，虽然得到西班牙官方的尊重，但并无特别之处。
监察长卡尔塔海纳一直想取代法雷罗，后者的免职为他打开了机会之门。在丰塞卡看来，提拔卡尔塔海纳是合情合理的。这样一来，探险队就有了一名西班牙指挥官和一名葡萄牙指挥官，但麦哲伦不这样认为。他认为自己是舰队的唯一指挥官，卡尔塔海纳只是监察长，而不是联合指挥官。显然，丰塞卡主教另有打算，他任命卡尔塔海纳接替法雷罗的职位，并明确规定卡尔塔海纳为“联合长官”（persona conjunta）。该头衔有多种解读，往小里说，它意味着麦哲伦在所有事务上都要与卡尔塔海纳协商；往大里说，它表示麦哲伦和卡尔塔海纳是两个平起平坐的指挥官，而且身为监察长的卡尔塔海纳在地位上还比麦哲伦略高一筹，是麦哲伦的上司。
胡安·德·卡尔塔海纳完全没有航海经验，却要领导西班牙所筹划的规模最大的一次海上探险活动。之所以会出现这种离奇的局面，与任命卡尔塔海纳的那个人，也就是丰塞卡主教有着莫大的关系。卡尔塔海纳被认为是丰塞卡的侄子，但大家都知道，“侄子”是一种委婉的说法，卡尔塔海纳其实就是丰塞卡的私生子。这种裙带关系不仅体现在卡尔塔海纳身上，也表现在舰队的会计安东尼奥·德·柯卡身上，他是丰塞卡哥哥的“侄子”。不仅如此，丰塞卡还任命与自己关系紧密的两位“朋友”和“随从”担任船长，这两人分别是任“维多利亚号”船长的路易斯·德·缅多萨以及任“康塞普西翁号”船长的加斯帕尔·德·凯塞达。从上船那一刻起，卡尔塔海纳、缅多萨和凯塞达这三名由丰塞卡任命的船长就看不起麦哲伦。考虑到他们的背景，这也就不足为奇了。
丰塞卡终于报了一箭之仇。无论协议是怎么规定的，通过在舰队的重要岗位上安插私生子和亲密盟友，丰塞卡已经成功限制了麦哲伦的权力，而且还有望分掉麦哲伦在这趟探险活动中所得的收益。对于舰队事务、财政安排，以及人员和资源的调度与分配，拥有最终话语权的人不是麦哲伦，而是丰塞卡等人。没错，麦哲伦仍然拥有“总指挥”的头衔，但他手中的权力早已大打折扣。在丰塞卡看来，麦哲伦得看那几位卡斯提尔籍船长的脸色行事，而非船长们听从麦哲伦的命令。如此一来，即便麦哲伦和那几位船长彼此心怀善意，他们也不可能共同决策。假如他们相互缺乏信任感和尊重（这种情况可能更常见），麦哲伦的权威将遭到无休止的挑战。换句话说，船员们有可能发生哗变。
法雷罗被撤职后，丰塞卡主教还不满足，又把邪恶的目光投向把麦哲伦介绍给卡斯提尔王室的胡安·德·阿兰达。丰塞卡开始调查阿兰达与麦哲伦和法雷罗的生意往来，并对这三个人进行单独讯问。麦哲伦先是宣誓不作假证，然后描述了阿兰达向他们收取的服务费用，并谈及双方签署过协议，探险的一部分收益将归阿兰达所有。1519年6月15日，阿兰达本人接受东印度群岛最高委员会（Supreme Council of the Indies）质询，据说他表现得很好。阿兰达辩解称，他与麦哲伦和法雷罗的交易都是以西班牙王室利益为重，而他在这次探险中获取的个人收益也符合当时的习俗。
虽然所有证据都对阿兰达有利，但最高委员会还是谴责了他的行为，宣称他收取麦哲伦钱财是一种犯罪行为。判决书由委员会主席签字生效，而这位主席恰恰就是丰塞卡。两周后，西班牙王室批准了委员会针对阿兰达的指控，禁止他继续参与此次探险活动。简言之，阿兰达已经名誉扫地。丰塞卡本来可以用同样的罪名抹黑麦哲伦和法雷罗，但他们不是此次调查的目标，委员会最终宣布这两个人是清白的。喜怒无常的法雷罗和贪婪的阿兰达被清除后，麦哲伦既如释重负，又心生一丝恐惧，因为他不知道拥有无上权力的丰塞卡下一步会对摩鹿加舰队做些什么。
随着起航日期的临近，麦哲伦把精力放在最复杂、花销最大的舰队粮食供给问题上。在长达数月的准备过程中，麦哲伦的五艘帆船停泊在“石磨盘”码头（Puerto de las Muelas）上。该码头之所以得此名称，是因为它的地面是由石磨铺成的，麦哲伦的船队就在码头上装载旅途所需的航行用具、武器、粮食和供给，另外这也是唯一一个允许装载红酒的码头，而红酒是船员日常饮食中的基本组成部分。码头及其周边区域热闹非凡，小船来回穿梭，海面上不时激起浪花。街道上挤满了装载着补给品的手推车，海关稽查员要对这些手推车进行检查，确保商人们已经向相关部门交清关税并完成货物结算。
在准备给养的过程中，麦哲伦对于细节的关注程度不亚于舾装船只，这是事出有因的。食品的采购金额高达1 252 909马勒威迪，几乎是整支舰队的制造成本，而这笔钱购买的食物只够前一两段航程使用。驶过这一两段航程后，船员们需要在每个港口和海里寻找食物。
麦哲伦在塞维利亚购买的食物中，有将近五分之四由红酒和硬饼干这两种食物组成。红酒被认为是最重要的食物，它不用交税，只需一名官员上船确定红酒没有变酸或受污染。红酒储存在被严加看护的小木桶里和用软木塞及沥青封住的管子里。麦哲伦还制订了一份计划，将这些木桶和管子妥善放置在船上，以充分利用甲板下的有限空间。
硬饼干是船员食谱中一种难吃的主食，成分是带皮粗麦面粉，制作时必须加热水揉捏（不能用冷水），然后烘烤两遍。出炉后，这种饼干又硬又脆，在售卖之前还要储存一个月。海上环境潮湿，硬饼干难免会受潮，当它变软，腐烂，甚至无法食用的时候，船员们就把它称为“面糊”。他们把这东西煮成软糊状，称其为“小麦粥”。据说这种食物非常难以下咽，就算饥肠辘辘的船员也不想吃这玩意儿。
舰队还把面粉储存在木桶中，使用时用海水揉捏，然后烤成一种薄馅饼。一部分肉也是用海水腌制的，如猪肉、熏肉、火腿及腌牛肉，其他肉则是现宰的。舰队携带了七头牛和三只猪，这些牲口在出发前或刚出发不久就要屠宰掉，否则它们会一路上吃掉大量重要的食物。它们把舰队变成了流动的牲口棚，臭气熏天。船上还装有一桶桶奶酪、未去壳的杏仁、芥末、小桶装无花果。令人难以置信的是，麦哲伦的舰队还携带了各种鱼，包括沙丁鱼、鳕鱼、鳀鱼和金枪鱼，所有的鱼都是晒干后腌制的。考虑到沿途可以捕到新鲜的鱼，舰队的货舱中还存放了大量钓线和钓钩。船上储存的新鲜蔬菜数量极少，船员只能吃鹰嘴豆、蚕豆、大米、大蒜、杏仁和扁豆。所有水果都是经过腌制的，船员特别爱吃两种葡萄干，一种是露天暴晒而成的葡萄干，另一种是用温和的碱液煮过的“碱水葡萄”。麦哲伦还带上了果酱，包括一种特制的苹果酱。其他官员则随身携带了美味的榅桲果酱，这种果酱是由一种像苹果的硬肉类水果制成的。在航行途中，榅桲果酱将在船员和麦哲伦的日常生活中扮演重要角色。
船上还有装满食用醋的木桶，这些醋既可用来为船只消毒，还可用来净化受污染的饮用水。在极少数情况下，饥饿的船员会向腐坏的硬饼干里添加一些醋。糖和盐也在食物清单中占有一席之地，其中以食盐的数量最多，船员在航行途中用其腌制肉类和鱼类，但糖的储存量不足，只用于为生病的船员治病，而不会用来烹煮食物。蜂蜜的价格比食糖低得多，它被用来当作日常甜味剂。
这些食物含盐量过高，蛋白质含量不足，而且缺乏船员所需的维生素，导致他们膳食结构不均衡，难以经受海上航行的严酷考验。后来，每次在沿途港口停靠，麦哲伦想到的第一件事就是补充粮食储备。考虑到食物供应不足和不稳定，这种做法也就不足为奇了。因为在补充粮食的同时，船员的健康状况和士气也得到了提升。
舰队离开塞维利亚前，船员的组成和薪水问题一直困扰着麦哲伦。麦哲伦聘请了几名经验丰富的葡萄牙籍领航员，并给予他们较高的薪水。因此，三名西班牙籍领航员要求同等薪资水平，但查理一世国王拒绝了他们的要求，并提醒这三名领航员说，他们已经提前领取了一年薪水，而且在塞维利亚享受免费住宿，还有希望获得骑士称号，这些都是给予他们的丰厚回报。
船员的组成引发了更大争议。有人怀疑麦哲伦任人唯亲，大量启用自己的同乡。但实际情况是，有经验的西班牙籍船员都不想参与这次航行，所以麦哲伦不得不大量招募外国人。贸易局规定，麦哲伦必须把整支舰队的人数限定在235人，包括船上的侍应生。贸易局还严厉警告说，假如他不遵守这一约束条件，他将承担由此而造成的“流言蜚语或损失”，“因为不遵守王室命令的人都会有此下场”。当时舰队里充斥着有强硬后台的西班牙人，人数早就超额，贸易局因此差点叫停准备工作。麦哲伦马上警觉起来。他之前聘请了17名实习水手，后来不得不解雇了他们。有人提醒他，诸如记账员和会计这种关键岗位必须由西班牙人担任，麦哲伦则申辩说他聘请的会计中只有两名葡萄牙人。他还以书面形式请求贸易局允许他招聘的人员登船，无论他们是什么国籍。他坚称，如果他得不到自己想要的船员，他便放弃此次探险活动。
贸易局并没有让事情到此为止。1519年8月9日，也就是舰队从塞维利亚起航的前一天，正在做最后紧张准备的麦哲伦受到传唤，前往贸易局证实他已尽最大努力聘请西班牙籍高级船员和水手，而不是外国人。其实，麦哲伦已经竭尽所能去遵守贸易局的规定，所以他在提供宣誓证词时内心充满自豪感：
我（通过一名街头公告员）在本市（塞维利亚）的广场、集市、繁华地段和沿河两岸向市民宣布：无论是水手、船舱侍应生、填船缝工、木匠或是其他官员，凡愿意加入摩鹿加舰队者均可联系我本人或从各船船长那里了解情况。我还提到了由国王制订的薪资待遇，即水手月薪为1 200马勒威迪，船舱侍应生800马勒威迪，见习骑士500马勒威迪，木匠和填船缝工则每月可获得5枚达克特(1)金币。本地村民都不想加入舰队。
麦哲伦此言不假。在塞尔维亚，符合要求的水手本来就不多，而既符合要求又愿意冒生命危险前往香料群岛的水手更是凤毛麟角。
麦哲伦迫不及待地想招募符合要求的船员，于是开始遍地撒网。他派舰队纠察长带着一封贸易局的函件前往马拉加，函件上注明加入摩鹿加舰队将获得的薪资和收益。舰队其他高级船员也纷纷前往加的斯(2)（Cadiz）等各大港口城市寻找志愿者，事实证明，愿意冒险踏上未知旅途的人少之又少。“我找不到足够的人手，”麦哲伦解释说，“所以，无论是不是外国人，只要是我们需要的，我们都接受。他们当中既有希腊人，也有威尼斯人、热那亚人、西西里人和法国人。”但他并没有说很少有西班牙籍海员愿意在一名葡萄牙籍船长带领下出海远航。
出发前，官方只允许麦哲伦招募10来名葡萄牙人，实际上他招入了将近40名葡萄牙籍船员。在最后一刻，他解雇了私下招募的三位亲戚，其中一位是得到贸易局认可的领航员。不过，他至少为两位亲戚预留了岗位，一位是他母亲那边的亲戚阿尔瓦罗·德·梅斯基塔，另一位则是他的私生子克里斯托万·雷贝罗。
在船员组成这个问题上，麦哲伦最后时刻的妥协平息了贸易局的怒气，舰队总指挥麦哲伦终于获得许可，继续他的探险活动。为了确保这次航行能顺利进行，他舍弃了自己的祖国，牺牲了与鲁伊·法雷罗之间的友谊，还放弃了他作为总指挥的许多权力。经过12个月的艰苦准备后，摩鹿加舰队终于能够启程征服大海了。
出发前，舰队五艘船只的官员和船员一起前往海员聚居区特里亚那（Triana），在那里的维多利亚圣母大教堂（Santa Maria de la Victoria）参加弥撒仪式。
仪式举行过程中，麦哲伦在圣母像前下跪，查理一世国王的代表桑丘·马丁内斯·德·莱瓦（Sancho Martinez de Leiva）向他递上王室的旗帜。这意味着查理一世国王第一次将王室徽标授予一名非卡斯提尔人。直到此时，麦哲伦才真正感觉到自己完全获得了国王的信任。
麦哲伦仍然跪着，低着头，宣誓说自己是国王忠实的仆人，会履行一切义务以确保探险活动取得成功。宣誓结束后，其他几位船长重复了一遍誓言，并发誓服从麦哲伦的领导。无论他要把舰队带向何方，他们都将一路追随。
那天，在维多利亚圣母大教堂参加弥撒的人中，有一位名叫安东尼奥·皮加费塔的威尼斯学者，他常年为教皇利奥十世（Pope Leo X）特使安德里亚·基耶里卡蒂（Andrea Chiericati）服务。当教皇任命基耶里卡蒂担任教廷驻西班牙的使节时，约30岁的皮加费塔跟随基耶里卡蒂一起来到西班牙。皮加费塔将自己描述为一个博学之人，“看过很多书”，而且有着坚定的宗教信仰，也渴望冒险，或者用他的话说，“渴望丰富自身阅历和获得荣耀”。
得知麦哲伦要前往香料群岛探险后，皮加费塔感觉命运在召唤自己，然后找了个借口离开外交界，并于1519年5月抵达塞维利亚找到大名鼎鼎且正忙着为航行做准备的麦哲伦。在接下来几个月里，他协助麦哲伦收集航海仪器并极力讨好麦哲伦，最终获得麦哲伦的信任。尽管皮加费塔和麦哲伦国籍不同，但他很快就奉麦哲伦为偶像。此次任务目标远大，危险重重，皮加费塔难免心怀畏惧，可他还是决定追随麦哲伦。虽然皮加费塔缺乏航海经验，但他有资金，有教皇的推荐书。他接受了每月仅1 000马勒威迪的薪资并收取四个月预付工资，然后以临时雇员的身份加入舰队。
做事严谨的麦哲伦给皮加费塔安排了一项任务。他让这位年轻的意大利外交官记录航行途中发生的事情，不是写那种枯燥乏味的、流水账式的航海日志，而是行云流水般更个性化地记录逸闻趣事。这份文稿要符合当时流行的其他旅游著作风格，比如麦哲伦的小舅子杜阿尔特·巴尔波查，另一名造访过东印度群岛的意大利人卢多维科·迪·瓦尔泰玛（Ludovico di Varthema）以及最著名的意大利旅行家马可·波罗（Marco Polo）所写的游记。皮加费塔丝毫不掩饰自己想与这些人齐名的野心，欣然接受了这项任务。皮加费塔只效忠于麦哲伦，而不是卡尔塔海纳或船上的其他官员。对他而言，摩鹿加舰队完全是麦哲伦的努力成果，如果这次探险活动能够成功的话，那完全得益于麦哲伦的熟练技艺和天意。皮加费塔非常笃信这一点。
作为舰队的书记官，皮加费塔对待工作非常认真。从舰队离开塞维利亚那一刻起，皮加费塔每天都记录着舰队里发生的事情。他所叙述的内容逐渐从海上的日常生活演变为涉及大量的植物学、语言学和人类学，极其生动而真实的记录，最后成为关于此次航行的最佳记载，同时也是一份充满人道主义色彩和人文关怀的历史记录。
皮加费塔有着与众不同的立场，稚嫩中显出修养，正经却又夹杂着几分浮浅。在当时少数几部海外探险的编年史著作中，只有皮加费塔的作品保留了些许自嘲和幽默色彩，也只有他描述了船员们真实感受到的恐惧、欢乐和矛盾情绪。他的叙述既有自我怀疑，又有自我启发，因此带有一种超前的现代感。这次航行的主人公麦哲伦就像堂吉诃德，他环游世界的举动看似愚蠢和徒劳，却值得赞赏。而皮加费塔就像他的跟班桑丘·潘沙（Sancho Panza），坚定不移地忠实于主人，同时也带着将信将疑和尖酸刻薄的眼光看待这次航行。
皮加费塔渴望冒险，这让他能够像其他海员那样经历此次探险活动，并近距离观察麦哲伦这位杰出的航海家是如何在缺乏相关专业知识、船员忠诚度不足以及他本人倔强性格的影响下领导舰队探险的。
记录此次航行的不止皮加费塔一人：“特立尼达号”领航员弗朗西斯科·阿尔沃写下了一本航海日志，一些生还的海员回到西班牙后接受了深入面谈并提供了书面证词，还有些人则根据记忆写下了此次航行途中发生的故事。借助于大量关于航行的一手资料，加上皮加费塔极其详尽的记录，我们能够从不同角度重现和理解这次探险活动。这些记录带有非常个性化的色彩，偶尔夹杂一些逸闻趣事和墨守成规的官方叙述方式。在这次史诗般的探险活动中，上至王室成员，下至普通海员，都有机会讲述自己的故事。
尽管这些叙述各有不同，但它们都有一个非常明显的缺点。此次探险将对世界各国和文化产生深远影响，而这些资料只讲述了欧洲人眼里的麦哲伦探险之旅，却没有来自麦哲伦舰队所到之处土著居民的证言。至于这些土著居民会做出何种反应，以及他们是怎么看待这些驾驶着黑色帆船并带着礼物和枪炮闯入他们地盘的远方客人的，我们只能偶尔从这些文字当中找到一些令人不安的线索。