免疫组织化学染色对组织或细胞进行标记要依赖于组织或细胞的特异性标记物。过去标记淋巴管内皮细胞较为困难，主要原因是血管内皮细胞和淋巴管内皮细胞均表达相同的内皮细胞特异分子，如第Ⅷ因子相关抗原、血小板内皮细胞黏附分子-1（platelet endothelial cell adhesion molecule-1，PECAM-1）及CD31等。如果淋巴管内皮细胞存在特异性分子，采用免疫组织化学技术标记，则有可能区分淋巴管和血管。近10余年来，随着科研的发展，国外学者相继发现血管内皮生长因子受体3、podoplanin、prox-1、淋巴管内皮透明质酸受体1、D2-40等是淋巴管较特异、敏感的标记分子。

1996年，Joukov发现酪氨酸激酶受体（fms-like tyrosine kinase-4，Flt4），仅在成人组织的淋巴管内皮中表达，因其与血管内皮生长因子C（vascular endothelial growth factor C，VEGF-C）特异性结合，因而被重新命名为血管内皮生长因子受体3（vascular endothelial growth factor recepter 3，VEGFR-3），认为VEGFR-3仅在成人淋巴管内皮中表达，另外在某些情况下，VEGFR-3也可表达于血管内皮。VEGFR-3成为第一个淋巴管内皮细胞特异性标记物。

继VEGFR-3发现不久，Wetterwald（1996）发现了Podoplanin这一43kD的膜表面糖蛋白，主要表达在正常肾的足细胞，还表达在淋巴管的内皮细胞上。其依据是：①Podoplanin抗体特异地标记于与血管内皮特异性标记物PAL-E标记的不同的管道内皮上；②Podoplanin阳性细胞也选择性地表达VEGFR-3；③经超微结构确认的真皮内毛细淋巴管内皮特异地表达Podoplanin；④在已确认为淋巴内皮来源的良性肿瘤（如淋巴管瘤），Podoplanin表达于瘤内皮细胞。

Prox-1最初是由黑腹果蝇prospero基因克隆而来的同源性基因，Prox-1表达于以出芽方式形成的内皮细胞亚群，最后产生淋巴系统。Wilting（1997）应用免疫荧光法观察了同源异型核转录因子Prox-1在小鼠淋巴管内皮中的表达，Prox-1表达于淋巴管内皮细胞中，不表达于血管内皮细胞，并贯穿于整个淋巴管发育过程。该作者还通过对鸡胚淋巴系统的研究，观察到人胚（19w）Prox-1和VEGFR-3同时表达于淋巴管内皮细胞内，并认为Prox-1是健康人组织中淋巴管内皮细胞的特异性标记物。

Banerji（1999）报道了淋巴管内皮透明质酸受体1（lymphatic endothelial hyaluronan receptor 1，LYVE-1）是一种含有322个氨基酸的Ⅰ型膜蛋白，与黏附分子CD44同源。同CD44一样，LYVE-1既可结合溶解型的透明质酸，也可结合固定型的透明质酸。LYVE-1表达于淋巴管内皮，而CD44则不表达。LYVE-1是第一个在淋巴管内皮上发现的透明质酸受体。在活体内，LYVE-1只表达于淋巴管，均匀分布于淋巴管内皮细胞的基底面和胞腔面，在血管内皮细胞一般无表达。在胃、结肠、食管、心脏、肺、肾、前列腺、睾丸、卵巢、皮肤、舌和甲状腺等器官中，LYVE-1表达在小淋巴管的内皮细胞上，可见LYVE-1是鉴别正常组织淋巴管的可靠标记物。

单克隆抗体D2-40是被Kahn（2002）发现的淋巴管标记物，是分子量为40 000kD的氧连接型唾液酸糖蛋白，经过组织超微结构和其他淋巴管标记物证实，它只存在于淋巴管内皮细胞上。此抗体对淋巴内皮具有很强的特异性和敏感性。D2-40在淋巴管瘤中呈阳性表达，而在良性的血管肿瘤中为阴性。虽然D2-40着色于恶性血管肿瘤如Kaposi肉瘤和血管肉瘤中的血管内皮细胞，但由于非血管源性的肿瘤中的淋巴管及血管内皮是良性的，所以具有高度特异性、敏感性的淋巴管标记D2-40可以广泛用于肿瘤新生淋巴管的研究。已有学者用其分析乳腺癌及黑色素瘤中的微淋巴密度，认为D2-40的敏感性和特异性是现有淋巴管内皮标记物中最好的。