治疗开始前，口腔手术显微镜的各个旋钮和综合治疗台所有易被污染或潜在污染的部位均应隔离和防护，并调整好操作者的椅位、患者的体位，同时调整物镜和口镜的位置以确定观察物在视野中央。

根据不同的使用者调整瞳距，使术者双眼能够同时观察到镜下视野区，形成单一、立体的术野。

口腔手术显微镜能放大30倍以上。受根管深度和照明的限制，放大倍数往往难以达到最大。根据显微镜的型号和光路主体中透镜的规格，在显微根管治疗中，推荐的放大范围是3～30倍，3～6级变焦。一般情况下，低倍数( 3～8倍)所见视野较广，光线亮度较高，易于观察整个患牙和窝洞，常用于定位视野;中倍数( 8～16倍)常用，一般临床治疗在中倍镜下进行;高倍数( 16～30倍)用于观察患牙及根管内细微的解剖结构。放大倍数越大，口腔手术显微镜的有效孔径越小，进入术者眼睛的光线也越少，对照明条件要求会越高。高配置显微镜具有自动变焦和自动变倍功能，以适应临床治疗的不同需要，有些显微镜还可根据需求装配助手镜、摄像机和照相机等辅助装置，以满足临床资料的储存等。

根据医生的体位及牙椅的高度，调整显微镜与术区的距离，固定显微镜脚轮，经微调节旋钮进行精确调节，最后固定所有旋钮。

显微镜有三种颜色的滤光片(无色、橙色和绿色)，可根据不同需求进行选择。一般选用无色滤光片，因其成像较清晰，图像颜色比较接近口腔及牙体组织，失真较少。随着放大倍数的增加，视野范围缩小，视野会变暗，这时可通过适当增加显微镜的光亮度以弥补。髓室底和根管位置一般较深，要求有充足的光线，除了调节显微镜的亮度外，还可选用光纤照明等辅助光源，直接将光线射入根管内。