1.4　蛋白质复合物

蛋白质并非独自发挥功能，它往往通过与其他蛋白质相互作用形成蛋白质复合物来参与细胞中的功能发挥。目前我们已经了解许多蛋白质复合物，比如后期启动复合物（anaphase-promoting complex）、RNA剪接和聚腺苷酸化复合物（RNA splicing and polyadenylation complexes）和蛋白质运输符合（protein export and transport complexes）等[69]。随着高通量实验技术的成熟，比如双杂交、质谱实验以及蛋白质芯片技术，蛋白质相互作用数据快速增长，这使得构建不同物种的大规模蛋白质网络成为可能。从蛋白质网络中识别蛋白质复合物，对理解和揭示细胞生命活动和蛋白质功能非常重要[70-72]。然而，目前蛋白质复合物的研究还不完善，研究人员依然要花费大量的精力来提高蛋白质复合物识别的准确率。

目前，已有许多计算方法相继提出，主要基于蛋白质网络来识别蛋白质复合物的方法。一类方法是基于蛋白质复合物对应蛋白质网络中稠密区域这一假设来识别蛋白质复合物。子图的密度[73]通常用来判断子图是否为稠密区域。有研究发现，在同一个蛋白质复合物内的绝大多数蛋白质具有相似或相同的功能，因此一些基于相似性或距离的层次聚类方法也被用来识别蛋白质复合物[2]。随着功能注释信息、进化信息、基因表达数据等各种各样生物信息的增多，融合这些生物信息来识别蛋白质复合物的计算方法也在不断地被提出。