真菌形态学在真菌鉴定方面起着主要作用。真菌的孢子发生，菌丝顶端生长，产生孢子，有各种不同形态，产生的各种色素、大小、形态、分隔等，可作为真菌鉴定的参考依据。有的真菌不需减数分裂而产孢的是无性时代，即无性期；需要减数分裂而产孢的称有性时代，即有性期。

真菌属于真核细胞，有核膜包裹的核孔复合物，核中有核小体和线性染色体，胞浆中有细胞骨架微丝，大部是由肌动蛋白组成的，还有含微管蛋白的微管。胞浆中还含有各种细胞器，如线粒体、高尔基体、空泡、囊泡、核糖体等。

细胞膜初步组成是由碳水化合物和共价蛋白质联合而成的。真菌细胞壁的主要物质为碳水化合物，先在质膜结构上形成，包括一些晶状物质，如α-葡聚糖、几丁质、β（1，3）葡聚糖联合的N-乙酰糖胺聚合物。晶状物可使真菌细胞壁坚固、结实，其他多糖成分包括基质，如甘露糖蛋白，可使细胞壁有通透性。

真菌孢子和菌丝经大量生长繁殖后可形成真菌集团叫菌落（colony）。

酵母型菌落（yeast type colony）柔软，光滑，湿润，似奶酪样。在光镜下可见单细胞性的芽生孢子，无菌丝。

类酵母型菌落（yeast-like type colony）外观与酵母型菌落一样，但有假菌丝。

丝状型菌落（filmentons type colony）呈绒毛状、棉毛状、粉末状等，在光镜下有或无隔，分支或不分支，有色或无色的各种类型的菌丝。

在室温培养时呈丝状型菌落，而37℃培养时则呈现酵母型或类酵母型菌落。

菌丝体生长时，顶端有许多液泡积聚至菌丝顶端，使之肿胀，形成顶端体，或形成抹刀样菌丝。有酶学证实，当菌丝生长时，几丁质（甲壳质）、葡聚糖等聚集于距顶端1μm处。还有证据表明，在质膜之外，有几丁质微丝的聚合作用。在细胞膜控制之下，产生几丁质粒，很像小的泡囊。没有其他细胞器，如核、线粒体、胞浆内质网、核糖体等。小泡囊存在于大泡囊周围微丝网状通道内，据推测，肌动蛋白、肌球蛋白与蛋白质为主的物质可能参与其结构。几丁质粒是细胞壁的主要组成成分。但微丝的基质不是由几丁质微丝组成的。有人认为，几丁质粒起源于胞浆网状物质，或多泡囊体，几丁质体能独立形成，也可能与质膜融合，或通过膜达到特殊部位，如顶尖。

真菌细胞壁分化时，也会有溶解酶，改变细胞微丝的基质，维持其弹性。β-（1，3）葡聚糖合成干扰甘露聚糖的合成。β-（1，3）葡聚糖是细胞的支柱，有证据表明，菌丝细胞壁有溶解酶的存在，形成新的几丁质微丝和细胞壁的伸展，维持真菌的生长及部分溶解，以调整真菌生长的形态。

芽孢顶端没有尖端体，有许多线粒体、脂滴、网体（didyosome），伴有增生的小泡囊。孢子发生时，菌丝出现分隔，菌丝停止生长，分生孢子与产孢细胞之间，出现胞浆微管。出现一个或多个分生孢子，是由于支持菌丝出现有孔隔膜所限定的，这些细胞器自由移动，产孢细胞的菌丝，可能停止生长，或是连续产生芽生分生孢子。切片显示，线粒体、类脂体和网体与增生的小槽在一起，有大量的胞浆微管在分生孢子和产孢细胞之间的岬部，猜想这些胞浆是直接向顶端流动的，胞浆的改变，可能会有同样大小的细胞壁的改变和生长。

菌丝有无分隔，分隔有何不同，涉及真菌的分类标准，如接合菌无分隔或不规则分隔，有合胞体，胞浆和核可以自由流动。子囊菌和半知菌有中央孔，被沃鲁宁（Woronin）体阻塞。担子菌较为复杂，横隔的中央孔被桶状的中央小体阻塞，称桶孔隔膜。有桶孔隔膜的菌丝，有时生出钩状菌丝，联结菌丝细胞，称锁状联合。生长于基质中的菌丝，称为营养菌丝（浸没菌丝），空气中生长的称为气中菌丝。有的菌产生菌核，圆形或不规则形，是休眠体。抵抗不良环境，环境好转则可出芽，酵母菌发芽多从两极部位出芽，也有的可以在任何部位发芽。出芽一般比母细胞小，有的连续发芽，形成链状，发芽繁殖形成菌丝，称为假菌丝。

酵母繁殖主要包括出芽和裂殖两个类型。菌丝繁殖包括孢子囊孢子、发芽形成分生孢子、隔膜断离形成关节孢子三种类型。许多真菌繁殖，不止一种方式，如毛孢子菌有出芽和关节孢子两种繁殖方式。

繁殖方式包括芽生和裂殖，酵母的芽生是从细胞壁的某一点发芽，母细胞进行核分裂，一部分核进入子细胞，以后在母细胞和子细胞之间产生横隔，成熟后从母体分离，母体上遗留一个瘢痕。裂殖是指首先细胞加长，核一分为二，中央产生横隔，分成两个子细胞，如马内菲青霉在组织内是裂殖繁殖的，着色芽生菌病的致病菌在组织内也是裂殖繁殖的。

由接合菌产生，见于毛霉、根霉、犁头霉等，孢子囊、孢囊孢子和孢囊梗各有不同，可作为菌种鉴定依据。孢囊发生于菌丝分支或其顶端，菌丝的核及胞浆移至菌丝顶端，顶端肿胀产生孢囊，中央有囊轴产生，发育时胞浆中产生孢囊孢子，成熟时孢囊破裂，释放孢囊孢子。猜想是胞浆膜进入孢囊中间，形成多核的孢囊孢子，继发的分裂，形成单核的孢囊孢子。

见于半知菌、子囊菌和担子菌，多种多样。

有同宗配合和异宗配合之分，同宗配合是在同一纯菌落里，不需要交配，产生同宗真核有性期，如波氏假性阿利什霉（子囊菌）、蛙粪霉（接合菌），担子菌无同宗配合。异宗配合需要交配株，才能产生有性期孢子，如荚膜阿耶罗菌、新生线性黑粉菌（担子菌）等。有性繁殖有三个因素：①胞质融合（两个原生质体互相融合）；②核融合（两个核融合）；③减数分裂。

产生于接合孢子囊中，是由两个同等的或不同等的配子囊互相融合而成。配子囊可以从同一菌丝产生（同宗），也可由菌丝融合产生（异宗）。在两个配囊柄之间，当两个配子囊互相融合后，横隔消失，前接合孢子囊形成，以后囊增大、壁加厚，核融合，形成一接合孢子。

有产囊体和产精器，在节皮菌中，产囊体好像一个短的棒状菌丝分支，而产精器像一个盘绕的分支菌丝。荚膜阿耶罗菌的产囊体像一个菌丝分支肿胀的末端，而产精器像一个盘绕的菌丝。在互相接近融合产精器的核移向产囊体中，但两核并不立即融合，双核一般进行减数分裂，成为幼稚的子囊，四个单倍体的核，在互相结合之前，可以发生或不发生有丝分裂。大囊的囊壁向内形成皱折，在核与子囊孢子之间划定界限。大多数致病菌，四个单倍体的核，进行有丝分裂，产生8个子囊孢子，但一般子囊菌的子囊孢子，可以是16个，32个或更多。

子囊果或囊实体。子实体裸露的子囊称为子囊果。分五个型：

囊壁完全闭锁，只在完全成熟破裂后才释放孢子。

是一个子囊果，外面有一层疏松网状包被，还有多少不等的菌丝，当成熟时，包被崩解，子囊孢子被过滤出来。

是闭锁子囊果，顶端有孔，包被常由假性间质细胞层组成，成熟后由开口释放孢子。

是一个杯状开品的囊果。

由子座硬的真菌组织形成，从子囊腔释放出孢子。

发生在外面的称为担子（basidium），产生担孢子。担子产生于子实体者，称为担子果。但有些真菌没有担子果，担子直接生于体细胞菌丝上，如新生隐球菌有性期，是由厚壁的休眠孢子称冬孢子产生的。大多数孢子菌体细胞菌丝有两个核（双核）。同宗配合时两个菌丝的核，融合成为一个，异宗配合时两性菌丝融合，核也融合。有的双核不融合，但同时进行有丝分裂，在双核细胞准备分裂时，一个在两个核之间，有一钩状短枝伸出，称为锁状联合，两个核之一游走至此之内，两个核同时分裂，子核在锁状联合内形成，母核仍留在原菌丝内，沿纵轴分裂，当锁状联合与菌丝联结时，产生隔膜。末端成对的核甚至可以在核融合后，进行减数分裂，形成担子。

主要在半知菌中。半知菌分为丛梗孢科、暗色孢科、瘤座孢科和束梗孢科。分生孢子发生主要有叶状和芽生孢子发生两大类。

叶状孢子发生是由菌丝转变为分生孢子。

横隔断离或关节孢子断离，如白地霉，白地霉的孢子发生方式为全节孢子型（holoarthric），而球孢子菌的关节孢子发生方式则为内关节孢子发生（enteroarthric）。

如皮肤癣菌（毛癣菌、小孢子菌、表皮癣菌），菌丝顶端肿胀，壁加厚，产生横隔，称为粉孢子（aleuriospore），也称粉分生孢子（aleurioconidium），如皮肤癣菌的大小分生孢子。

属于叶状孢子发生，但产生厚壁。如白念珠菌在玉米吐温培养基上产生厚壁孢子，某些毛霉中的真菌也可产生厚壁孢子。

生育的菌丝，其顶端好像被吹起一个气泡，形成一个分生孢子，此一过程可以产生单一的分生孢子，称单一型（solitary）：分生孢子的形成是从产孢细胞的末端和（或）侧面产生。可以是向基性的连续产孢，如瓶梗产孢或环痕产孢。也可由退缩性产孢细胞产生。其次是总状型或葡萄串型，分生孢子簇生，常从产孢细胞肿胀的尖端产生，可以是同步的或是不同步的。再有就是串珠样型（catenulate）分生孢子形成一个向顶性的链，单个或分支，从产孢细胞顶端或侧面产生。再看产孢细胞的发生，有三种形态：①限定的：产生末端的芽生分生孢子后，产孢细胞不再生长，如黑孢子菌。②退缩型：连续产生分生孢子后，产孢细胞缩短，如粉红单端孢。③增长型：连续产生分生孢子，产孢细胞不断加长，如节菱孢。

在芽生分生孢子基部产生横隔，断离时全壁均切断。产孢方式多为合轴（假单轴）产孢（sympodium reproduction），即围绕一个菌丝（产孢细胞）为主轴，产生芽生孢子如申克孢子丝菌、裴氏着色霉等。

产孢细胞壁顶端外壁破裂，连续向基性产生孢子，是为瓶梗（phialide）产孢，如青霉、曲霉、瓶霉、镰刀菌、枝顶孢等，有各种分生孢子梗。环痕（annelide）产孢是指环痕梗外壁破裂，梗与孢子之间产生横隔，孢子脱落，梗向前生长，遗留一圈环痕，如外瓶霉、帚霉、赛多孢子菌等。孔出产孢（porospore）是由母细胞顶端孔中产生，子细胞的外壁是母细胞的内壁，可以成串产生。如链格孢、离蠕孢、凸脐孢等。