取材很重要，要刮到病灶处甲屑加10%～30%氢氧化钾，置镜下见菌丝、关节孢子或酵母样细胞为阳性。镜检一般只能确定真菌感染而不能辨别菌种。

可确定致病菌种。如怀疑糠秕马拉色菌需用含油脂培养基培养。

用于直接镜检和培养阴性，但临床高度怀疑的病甲。病理检查除协助诊断外，对真菌分类有一定帮助。如皮肤癣菌多侵犯甲板中下层，菌丝沿甲板平行生长，可见关节孢子。念珠菌多侵犯甲板全层，有成群孢子及假菌丝。霉菌多见于甲板浅层，菌丝粗大不规则，有隔，色泽不均匀，排列紊乱。糠秕马拉色菌见颈圈的孢子。浅表白色甲真菌病的病理可见短的节状真菌体，虫蚀样或腕骨状改变，有时可见孢子头。