肛瘘的患者常有脓肿引流病史，可以是手术引流或自发引流。患者常常主诉溢液、排便疼痛、内口处肉芽组织增生导致的出血、局部隆起或引流后疼痛减轻。

流脓：脓液的多少、性质与瘘管形成的时间、瘘管的长短、粗细、内口大小有关。若忽然脓液增多表示由新脓腔的生成。新生的肛瘘流脓较多，脓稠味臭，色黄，以后逐渐减少，时有时无，呈白色。

疼痛：如果瘘管引流通畅，一般不感到疼痛，若外口闭合或者引流不通畅，脓液积聚，可出现局部胀痛。若内口较大，粪便进入瘘管，会发生疼痛。

瘙痒：肛周皮肤因为分泌物的刺激，感觉潮湿瘙痒，继而容易引起肛周湿疹，出现皮肤丘疹或者表皮脱落，甚至长久失治形成皮肤苔藓样变。

肛瘘在不同阶段由不同的临床表现，肛瘘静止期时内口暂时闭合，管道引流通畅，局部炎症消散，可以无任何症状或只有轻微不适，但是原发病灶没有消除，在一定条件下会再次发作。肛瘘的慢性活动期，因由感染物不断从内口进入，或管道引流不畅，呈持续感染状态，有肛瘘的典型的流脓、肛门潮湿、瘙痒等症状。肛瘘的急性炎症期则是因外口闭合，或引流不畅，感染物不断由内口进入，脓液积聚而形成，症状体征与脓肿相似，有红肿热痛症状。