齿状线是肛门与直肠的交界处，齿状线上的凹陷部位叫做肛隐窝，它是由直肠柱的下端和肛门瓣围成的小口袋形的结构。这些隐窝通过肛门腺导管平均与6个（3～12个）腺体相连，肛门腺导管顺着向外和向下的路线进入黏膜下层，2/3进入肛门内括约肌，其中的一半终止于括约肌间平面，肛门腺就位于内外括约肌间。肛门腺导管的阻塞可能源于隐窝中外来物的聚集，括约肌间间隙由疏松的结缔组织构成，内外括约肌间的原发脓肿容易扩大，有可能导致肛周脓肿和肛瘘。

当肠道中的细菌由肛隐窝侵入后，引发肛门腺感染形成肛门腺脓肿，并在内外括约肌间形成脓肿，当括约肌间脓肿的脓液蓄积增多，脓腔压力增大，脓液就会向上下方薄弱处蔓延，当脓肿自行溃破或经过切开排脓后，脓腔内的压力降低，脓腔逐渐缩小，脓腔周围形成管壁，逐渐形成肛瘘。这就是“隐窝腺感染理论（cryptglandular infection theory）”。隐窝口是肛瘘的原发口，内外括约肌间的病灶称为原发病灶。

“隐窝腺感染理论”最早是在1880年由法国的解剖学家Hermann 和Desffosses所提出，其后相继被其他学者所证实和报告。但是根据Parks报告，在病理学上能清楚证实引起感染的肛门腺引起了囊状的扩张者，在30例中仅仅有8例，认为其余病例的肛门腺在形成脓肿时被破坏掉了。另外，Goligher对肛周脓肿和肛瘘所做的调查发现，并非所有患者都能发现括约肌间脓肿。但是从Parks采用切除内括约肌的方法治疗肛瘘能取得良好的成绩来看，可以肯定肛隐窝与括约肌间病变与肛瘘病变的继续发展有很大的关系。高野正博通过研究肛周脓肿和肛瘘的超声波检查发现，在肛周脓肿和肛瘘的形成过程中，肛门腺被感染后首先形成肌间脓肿，其后通过薄弱处向各个方向发展。