三、关于孟森先生的其他著述
孟森先生在近世史学家中，堪称为著述颇丰者。其中《明史讲义》和《清史讲义》是他在北京大学历史系轮年讲授的课程；《满洲开国史讲义》在北京大学开讲时，听课的学生只有家父和一位日本人。故家父所存的这部书稿成为绝版，他并且在读书中于书眉用毛笔写下了一段段的补充。这部讲义后由上海古籍出版社出版，出版时定名为《满洲开国史》。
在孟森先生的三部讲义中，《满洲开国史讲义》应该算是对于《清史讲义》的清开国前史事的深化。孟森先生生平研究的重点便是清开国的历史，因此他生平学术成就的代表不应是《明史讲义》，而是《满洲开国史讲义》与他的为数颇丰的论文，以及《清史讲义》等。注重清代史，是当时历史学家自我感觉到的历史使命，是中国历代史家均付之于努力的修前朝史的必然道路。当时虽然已有清史馆修成了《清史稿》，但那只是清朝遗老们对其本朝历史的追念。在孟森先生看来，《清史稿》自有其存在的价值，但是对于清史中诸多问题并不可能在清朝遗老们的手中作出真实的叙述，尤其是清朝廷讳莫如深的建州女真的历史。孟森先生因此而致力于清开国的研究，并且下大功力编撰了以《朝鲜李朝实录》所记为主要史料的《明元清系通纪》一书。
《明元清系通纪》是孟森先生在北京大学任教时开始编写的一部以明朝纪年记述清朝开国前史事的资料汇编。当初听家父讲过，孟森先生每天必到北平图书馆抄阅《朝鲜李朝实录》，当时北平图书馆拥有一批学者，如赵万里、向达和我的老师谢国桢先生等。而与孟森先生一同在北平图书馆抄阅《朝鲜李朝实录》的还有一位年轻学者，那就是吴晗先生。吴晗先生所抄录的史料后来出版为《朝鲜李朝实录中的中国史料》一书，而孟森先生的《明元清系通纪》当时也由北京大学出版部出版了15册，然仅撰至万历朝，全书尚未完成，孟森先生即病逝。《明元清系通纪》后经家父整理补撰，已由中华书局于十年动乱前拟予出版，但因种种原因而未果。此前台湾则出版了孟森先生已完成的部分。十年动乱后，家父曾计划再将《明元清系通纪》付刊，他在《述孟森先生》一文中写道：“通纪已由北京大学出版部印出十五册，未及完成全稿，忧愤国难辞世。余稿原存我手，十年浩劫有所散失，以其即具成例，补纂非难，当勉力为之。”
孟森先生的《明元清系通纪》虽然与吴晗先生《朝鲜李朝实录中的中国史料》一书相仿佛，但立意却并不相同。吴晗先生所作，乃是对于史料的编辑，用编年方法，将朝鲜李朝实录中相关中国元末及明清两朝的史料编辑成书，为史学工作者提供研究之便。而孟森先生的《明元清系通纪》则是通过李朝实录等找到清廷隐没的相关纪载，用编年方式撰成明朝纪元的清朝开国历史。这就不仅仅是史料的长编，而且是对于清开国史的研究。可惜的是，这部书稿始终未能在大陆出版，台湾所刊，只是孟森先生当年未完之作，未成足帙，不无微憾耳。
除上述专著外，孟森先生还有一些专著及论文曾结集出版，如《清朝前纪》和论文集《清初三大疑案考实》、《八旗制度考实》。孟森先生明清史研究的相关论文，后均经家父整理，合编成《明清史论著集刊》上下册和《明清史论著集刊续编》。
家父1959年在为孟森先生《明清史论著集刊》所写的《编辑说明》中写道：
本书系就孟心史先生关于明清史研究的单篇文章选编而成，全部共收四十四篇，其中大部分是曾经在报刊上发表过的和原来编在《心史丛刊》及《清初三大疑案考实》两书中的，只有一小部分是未曾发表过的。这些文章的内容，大致可以分作二类：一、历史事实的论述，二、文献资料的考订。著者治史特别致力于清入关前后事迹的研究，本书所收的文章，许多是属于这方面的。（《明清史论著集刊》，中华书局，1959年）
由于当时的历史政治形势，家父整理出版的孟森《明清史论著集刊》中所选收的文章，都是相对较为严肃的论文，或是史论或是考订。至于涉及清初三大疑案及香妃、海宁陈家的传说、丁香花的艳传等，则均不在选收之列。其实孟森先生对于这些传闻的考证，不仅用史家研究成果解开了世人的疑惑，而且通过这些传闻，解开了当时大背景下的历史。这应该算是最早从历史轶传中找寻历史真相的研究，较之陈寅恪先生的《柳如是别传》更是早了数十年之久。
先师谢国桢教授与孟森先生有半师半友之情，对于孟森先生的这些考订文字给予极高的赞赏，他在自己晚年选编的论文集《明末清初的学风》自序中写道：
虽然喜欢搜辑明清时代野史笔记的资料，但是囿于见闻，遗漏孔多。又赋性疏懒，纂辑不勤，愧不能绍述全祖望、杨凤苞治明清史学的遗风，也不过聆师友的教益，摭拾旧闻，追随于孟森先生所著《心史丛刊》之后，纂辑成篇。（《明末清初的学风》，人民出版社，1982年）
他还曾在《一士类稿序》中写道：
杨秋室的《南疆逸史跋》，虽然引证博辨，仍不免犯了琐碎的毛病，倒不如近人孟心史先生所撰《心史丛刊》，他所撰《顺治丁酉科场案》、《董小宛》、《丁香花》诸篇，这样的引人娓娓动听，但是到他老年所撰的《明元清系通纪》，反倒有江郎才尽之感。（《一士类稿》，书目文献出版社，1983年）
可见先师国桢先生对于孟森先生《心史丛刊》的推崇。
《明清史论著集刊》中虽然仍有不少重要的论文未能收入，但是家父在吴晗先生与金灿然先生的建议下，将其列入到集刊的附目中，并说明系“本书未收之著者有关历史的单篇文章”。这些单篇文章，后来大都选入到《明清史论著集刊续编》中。续刊于1982年底出版时，中国已处于改革开放的年代，家父因此在该书前言中欣慰地说到，本书的出版，不仅是对孟森先生的学术成果的推广，同时也是对吴晗和金灿然先生的纪念。然而令人遗憾的是，原附目中保存的几篇论文的稿本，却大多在十年动乱中散失了，其中包括了《后汉光武郭后阴后事覈》、《唐府兵与明卫所兵制关系考》、《正阳门洪督师祠》、《黄梨洲非遗民》几篇，只保存下一篇《清世祖董鄂妃生死特殊典礼》收入续编。在遗失的文稿中，尤其以《唐府兵与明卫所兵制关系考》与《黄梨洲非遗民》两篇，特别重要，都是孟森先生的独具见解之作。家父在续编前言中说：“值兹振兴中华文化的大好时刻，出版界对老一辈学者毕生研究成果，搜集整理出版，以助参考，诚属善举。因此，我将《明清史论著集刊》原附目中所列文章，再增一些，成此续编。”续编中还选收了几篇不属明清史的文章，家父解释说：“本书虽为《明清史论著集刊续编》，但也兼收有涉及明清以前各代的几篇文章，以反映心史师治史之另一侧面。”（《明清史论著集刊续编》，中华书局，1982年）至此，孟森先生的论著，除极少的篇章，如天津益世报上所刊《书虬髯客传后》未曾辑入，基本上已全部出版问世。
如今，孟森先生已经去世六十余年，但是他的这些研究成果，却始终是研治明清史必不可少的参考。