新型冠状病毒、SARS-CoV的病毒类群都为蝙蝠中的冠状病毒HKU9-1，而许多与冠状病毒有联系的人类感染冠状病毒都和蝙蝠有关，许多冠状病毒的天然宿主都是蝙蝠。蝙蝠很有可能就是武汉新型冠状病毒的原生宿主，经过演化变异，完成了蝙蝠- 中间宿主- 人的传播。基因组序列同源性分析显示新冠状病毒与蝙蝠病毒的同源性为96%。不过，从蝙蝠到人可能还存在更多的中间宿主，目前还没有确认。
冠状病毒由动物到人、人与人的路径：接触传播和飞沫传播。
