一、人体微生物组

人体微生物群的概念是从人体正常菌群（norma flora）的认知演变而来的。一方面，人体无论是处在健康或亚健康及疾病状态下，菌群都特定地存在于人体的一些部位，但多样性和丰度存在差异。因此，用中性词“微生物群或者微生物组”取代“正常菌群”更合理；另一方面，在过去的研究中，科研工作者们对人体微生物的研究仅停留在对细菌的作用研究，故而现阶段更多的研究结果都是细菌组与宿主之间相互作用的结果。自美国病毒防御基金会的Norman G.Anderson等人于2003年提出病毒组（human virome）以来，病毒组开始进入微生物组的研究范畴。由于病毒组的加入，人们对微生物组的定义范围已经不再局限于仅仅位于体表及一些腔道中，而是基于基因组序列的信息进行分析挖掘。但由于对病毒组的认识才刚刚开始，目前研究还不够全面及系统，接下来我们的叙述微生物组的研究仍以细菌组的结果为主。

人体微生物群在黏膜器官分布最多，如口腔和肠道。据美国佐治亚大学的Whitman WB等人估计，人结肠中所含的微生物约占人体全部微生物的70%。2016年初，以色列魏兹曼研究所的Ron Sender等人估算“标准体格”的成年男性结肠中微生物含量大约为3.9×10¹³（人体自身的细胞约为3×10¹³），而皮肤、口腔及女性阴道中仅有10¹²左右。从种属水平上分析，肠道微生物群个体差异显著，但在门的水平上一般保守。人肠道微生物群中丰度最高的是拟杆菌门和厚壁菌门，变形菌门和放线菌门其次。但其组成和丰度受宿主基因型、进化过程、饮食、地域及人为干预等因素的影响而会发生动态变化。