脑干反射为有脑干结构参与所实现的神经反射，可分为深反射和浅反射。

深反射表现为刺激本体觉感受器使相应的骨骼肌收缩，主要有下颌反射和眉弓反射。

叩击微张的下颌中部，刺激颞下颌关节等处引起冲动，经三叉神经的下颌神经→脑干→三叉神经中脑核→三叉神经运动核→三叉神经的下颌神经→咀嚼肌，使咬肌、颞肌和翼内肌收缩，下颌迅速上提，即为下颌反射。正常时，下颌反射很弱或不出现；如果皮质核束纤维（上运动神经元性）受损，则反射亢进。

叩击鼻根部或眉弓内侧端时引起冲动，经三叉神经的上颌神经→脑干→三叉神经中脑核→面神经核→面神经→眼轮匝肌，眼轮匝肌收缩，闭眼，即为眉弓反射。其临床意义与下颌反射一样。

脑干浅反射属于黏膜反射，有临床意义的有角膜反射、鼻反射、软腭反射、咽反射和吞咽反射等。

受试者睁眼注视内上方，检查者用细棉絮轻触角膜外缘，冲动经三叉神经的眼神经→脑干→三叉神经脊束核→两侧面神经核→面神经→眼轮匝肌，眼轮匝肌收缩，闭眼，即为角膜反射。正常时，反射敏感。该反射弧直接在脑干内形成，当反射弧被破坏时，反射消失，如三叉神经及其核和面神经及其核的病变。但是，因为三叉神经感觉核投射，经丘脑至大脑皮质感觉区，由此再发纤维到皮质运动区，最后通过皮质核束到达面神经核，所以大脑皮质与脑桥间的传导路损伤时，角膜反射减弱，不完全消失。

刺激鼻腔下部黏膜，反射性地引起喷嚏，即为鼻反射（喷嚏反射）。冲动经三叉神经的上颌神经→脑干→三叉神经感觉核→三叉神经运动核、面神经、疑核和脊髓前角→三叉神经、面神经、舌咽神经、迷走神经、膈神经和肋间神经→相关的骨骼肌收缩，产生强烈的呼气动作。当与三叉神经核团相关的脑干平面受损时，鼻反射减弱或消失。

用压舌板轻触软腭或咽后壁，引起软腭、腭垂上提或呕吐动作，前者称为软腭反射，后者称为咽（呕吐）反射。两反射的反射弧基本相同，传入和传出神经均为舌咽神经和迷走神经，中枢在延髓的孤束核和疑核；呕吐反射的中枢还有迷走神经背核参加。有的人对两反射敏感，有的人可不存在。如果一侧反射弧损害，一侧反射减弱或消失；所以两反射应分别检查两侧，以便对比。