糖尿病性慢性腹泻的具体发病机制尚不明确。现代医学认为，本病可能与糖尿病患者不同程度的全身及与胃肠道自主神经病变，肠道激素分泌失调，肠系膜小动脉病变，高血糖及电解质紊乱，对继发感染抵抗力减低，胆汁酸吸收障碍等因素相关，尤其与自主神经病变关系密切。而临床常见的二甲双胍引起的药物性腹泻，主要与胃肠不耐受有关。