宋金元时期，活血化瘀理论与实践得到了进一步的整理提高，采用活血化瘀治疗的方法得到广泛应用，以活血化瘀为主的方剂大量涌现。

宋代《太平惠民和剂局方》治妇人诸疾里记载了失笑散、蒲黄散、当归散、牡丹散、红花当归散等许多活血化瘀方。宋代名医陈言著《三因极一病证方论》，该书对癥瘕积聚进行了详尽的论述，并用三圣丸（赤芍、当归、三棱、莪术、红花）、小三棱煎（三棱、莪术、芫花）等理气活血治疗癥瘕积块。宋·许叔微著《本事方》用弹丸（乳香、没药、五灵脂、麝香）活血化瘀治疗瘫痪。

金·李东垣属补土派，但也重视调气血、通血脉，在《医学发明·中风同堕坠论》中创立了著名的活血化瘀方剂-复元活血汤（柴胡、瓜蒌根、当归、穿山甲、桃仁、红花、大黄、甘草），“治从高坠下，恶血留于胁下，及疼痛不可忍者”。在《脾胃论》中以当归活血散（川芎、青皮、槐花、荆芥穗、熟地、白术、当归、升麻）活血化瘀治疗肠癖下血，湿毒下血。张子和提出“气血以流通为贵”，下法有“陈去而肠胃洁，瘀证尽而营卫昌，不补之中有补存焉”。

元·朱丹溪对情志致病十分重视，认为情志失调可以导致气血失和而为病，指出“气血冲和，万病不生，一有怫郁，诸病生焉”，并提出“苍术、抚芎，总解诸郁，随证加入诸药”的理气活血治疗大法，创越鞠丸（川芎、醋香附、炒神曲、炒苍术、炒栀子）活血化瘀为主治疗诸郁。这说明情志疾病多存在血瘀的情况，应当合用活血化瘀的方法进行治疗，这是对活血化瘀疗法的又一发展，扩大了活血化瘀疗法的使用范围，对后世有很大影响。如《景岳全书》引《医学统旨》疏肝解郁活血的代表方剂柴胡疏肝散（陈皮、柴胡、川芎、枳壳、芍药、甘草、香附）就是丹溪思想的生动体现。