循证医学源于传统医学，但又有别于传统医学，其中的主要区别在于：

传统医学强调动物实验、实验室研究、零散的临床研究和教科书记载；循证医学则强调人体试验结果。因为有些实验结果在实验室是一回事，而在人体则是另外一回事。比较突出的是，治疗骨转移的双磷酸盐，第三代的唑来磷酸在实验室内研究的结果显示是第二代的几十倍，但在临床运用上结果显示并无明显的优势。

传统医学由于时间和条件受限，证据往往不够系统全面；循证医学则强调系统全面。

传统医学不重视医学证据来源的可靠性评价；循证医学则强调不同来源途径的证据的可靠性有所不同。

传统医学强调以疾病和医师为中心；循证医学则强调以患者为中心。

传统医学只关注患者经过治疗后某些实验室指标的改变、仪器或影像学结果（中间指标）；循证医学则主要强调患者的最终结局（终点指标）和预后。

传统医学注重基础研究和动物实验的推论以及医师个人的临床经验，而循证医学则强调当前能够得到的最佳临床证据。

传统医学依据零散的研究报告，患者不参与选择；循证医学则强调考虑患者对医疗决策的选择有自主权。