胚胎的遗传性别虽由受精时与卵子结合的精子种类来决定，但在胚胎早期男性和女性的生殖系统是相似的，称为生殖器官未分化期。只有在人胚的7周时，才能在显微镜下从组织水平上区分出性别，而外生殖器的性别则要到胚胎的12周才能从器官水平上辨认清楚。我们把生殖器官早期不分性别的发育阶段叫“未分化期”，此后为“分化期”。

第5周初，尿生殖膜的头侧形成一隆起，称生殖结节。生殖结节的两侧各有两条隆起，内侧的较小，为尿生殖褶，外侧的较大，为阴唇阴囊隆起。尿生殖褶之间的凹陷为尿道沟，沟底覆有尿生殖膜，第7周时，该膜破裂。此时仍无性别区分，至第8周后才逐渐分化明显。

当胚胎向男性分化时，初阴体迅速延长，并在靠近末端处出现一环形沟，即冠状沟，这样就分化出了阴茎头。初阴体最后形成阴茎。

包皮是在第8周开始发育的。首先在阴茎的两侧出现包皮褶，它们在冠状沟近端背侧汇合形成一扁平嵴。在嵴形成的同时，上皮增生进入包皮褶的基底部，形成阴茎头板，它增生活跃，近端边缘因细胞增生而增厚。在1周内，阴茎头板增生将外皮褶往前卷起，盖过阴茎头基部而形成冠状沟和新生包皮之间的包皮沟。在沟的近端，包皮褶上皮与阴茎头板之间的间充质变得活跃而与阴茎头板上皮相连接。包皮褶间的间充质与阴茎头板的外胚层迅速增生，促使包皮褶往远处移动，一直持续到覆盖住除阴茎头腹侧外的所有阴茎头表面为止。阴茎头腹侧表面不能覆盖是因为有较迟闭合的尿道沟阻挡。第12周，远段尿道已形成，扁平的包皮褶不仅盖住整个阴茎头，并因间充质的持续增生也盖住了尿道口。位于包皮与阴茎头间的单层上皮分化为双层上皮，并从远端开始分层形成包皮阴茎头间隙。从第15周开始阴茎体皮肤覆盖在阴茎头上，则形成包皮，只有尖端留下一个开口。包皮皮肤内外层移行部的游离缘围成一口状，叫包皮口。由包皮口向内，包皮内层与阴茎头间的狭窄裂隙，叫包皮腔。包皮腹侧面中央与阴茎分离不完全，形成一个皱襞，叫包皮系带。

新生儿出生时绝大多数包皮与阴茎头是融合的，此时的包皮只有一个狭窄的开口，且包绕整个阴茎头，是不能伸缩的。随着年龄的增长，包皮与阴茎头之间区域的一些细胞变平，然后聚集成由多层细胞组成的球形，位于中央的细胞由于缺乏营养而死亡，形成一个充满死亡细胞的空间，若干个这样的空间最终融合形成了包皮与阴茎头之间的空间，从而包皮与阴茎头即分离开来。