一般来说，预后的好坏主要与肾脏病理类型关系密切，儿童肾病综合征大部分均为微小病变型（因此一般不必做肾穿），这种类型肾病预后相对较好，一般不会发展成尿毒症，但极少数可能会死于感染、电解质紊乱或免疫抑制剂严重副作用。某些病理类型（如局灶性肾小球硬化、系膜毛细血管性肾小球肾炎）预后较差，有可能会发展为肾衰竭和尿毒症。