一、方法、方法论的含义及性质
所谓方法就是主体在认识世界和改造世界中所采用的一定程序、一整套方式或手段，它表现为把某种理性的体系应用于主体认识世界和改造世界实践活动过程中的种种现象。正如黑格尔所说，方法“被列为工具，是站在主观方面的手段，主观方面通过它而与客体相关”
。列宁也指出，“在探索的认识中，方法也就是工具，是在主体方面的某个手段，主体方面通过这个手段和客体相联系”。我们所说的高校思想政治理论课教学跨学科研究方法，就是高校思想政治理论课教师在该领域内对教学的重大理论问题与实践问题进行研究时所采用的方式或手段。
所谓方法论则是关于方法的学说或理论。方法论以方法为研究对象，探讨方法的性质、特点、功能，方法运用的条件、过程、步骤和工具以及方法的形成、变化和发展的规律等问题。在这些问题中，首先要清楚方法的特点。
方法具有客观性、辩证性、层次性。
首先，方法具有客观性。这种客观性是由制定方法主体的需要和目的，其所处社会的经济、政治、文化、社会、科技等客观条件，一定历史时期的各方面特点所决定的。从表面上看，方法是主观的，它与主体的目的有着密切的联系，是主体为了实现自己的主观目的而制定的。例如，我们进行科学研究的目的是提供一种合理和强有力的对现实的解释，帮助我们更好地认识和了解有关事实和现象，并在需要的时候预测事物和过程的发展变化以提高我们的判断和决策的质量。为此，我们需要选用和制定有关的定量方法。而目的就其性质来说，无疑是主观形态的东西，因为它只表明主体的需要。但是主体的需要和目的都受到客观世界的制约。列宁指出，“事实上，人的目的是客观世界所产生的，是以它为前提的”。既然主体的目的是受客观因素制约的，那么为了实现主体的目的而制定的方法就不能不受这种客观因素的制约。本书以高校思想政治理论课教学跨学科研究方法论为主题，就是因为目前运用统计学、信息科学、脑科学研究高校思想政治理论课教学中各种重大问题的条件已经具备，并且实践中也有这种迫切要求。
其次，方法具有辩证性。这种辩证性是由客体的特性决定的。它表现为两种情况：其一，方法是不断发展变化的。随着社会的向前发展，人类社会主体认识和改造的对象必然会发生变化。随着对象的变化，认识这种对象的方法也发生变化。在这种变化中，有的方法淘汰了，而更多的方法则随着历史的发展而逐渐完善，同时还有新的方法相继产生。这样，在方法的变化中就呈现出由简单到复杂、由粗略到精确、由贫乏到丰富、由一种方法到多种方法的发展方向。就统计研究方法而言，在其形成以来的300多年中，形成了一系列的方法。威廉·配第（William Petty,1623—1687）写的《政治算术》，开拓了用定量方法来研究政治问题的新思路，提出了计量方法、图表方法、分组方法、推算方法、数字表示方法。阿道夫·凯特勒（Adolphe Quetelet,1796—1874）积极开展用概率统计方法研究政治、道德、法律等社会现象，将大量观察法用于观测社会现象，将大数法则、误差法则用于研究社会现象，提出“平均人”思想，总结出犯罪现象的统计规律。到了近现代，更多的数理统计方法被应用到了政治、道德以及思想政治教育领域中。然而，实证研究在其后来的发展中也暴露出种种不足，“实证研究很难做到像在自然科学领域那样，通过精确量化和严密控制，来达成对各构成要素之间因果关系的准确归因；教育中丰富的人文因素决定了教育研究难以做到实证研究方法论所强调的主客分离、价值排斥和重复验证”。这种状况，直接促使了体现社会科学方法特色的质性方法的复归与发展进步。其二，方法是相互联系的。这种联系也是由对象的性质所决定的。不同的对象因具有自己的个性而相互区别，同时又因它们具有共性而相互联系，因而在方法上就互相联结。就高校思想政治理论课教学来说，它固然有自己的、不同于其他学科方法的特点，比如，它强调定性研究，在定量研究中其量化的程度比较低。但不能因此而排斥其他跨学科研究方法。在当代，就研究方法而言，科学研究的重要动向是由定性转向定量、由单一学科转向跨学科、由人脑的黑箱转向白箱。这种方法的丰富能够在揭示事物质的规定性的基础上，进一步揭示事物量的规定性；能够在宏观上把握事物的全局时，进一步看到微观上的细节；能够在揭示人的外在行为表现的同时，揭示人脑的内在活动状况；能够把相同问题的大数据集中起来以反映问题的全貌。这就大大提高了对事物的把握程度。
最后，方法具有层次性。方法实际上是由不同层次的方法组成的一套方法体系。由于方法的普遍性程度、理论论证的性质和运用某些方法的领域不同，方法可分为低层次的具体方法、中间层次的通用方法和最高层次的哲学方法。这三个层次的方法既保存自己的特点和功能，又相互依存而结合为一个整体。
具体方法是各个专门学科中所特有的方法。某个专业领域所特有的、专门的、有时带有经验性质的各种技术手段、规定和操作步骤是具体方法所涵盖的内容。如高校思想政治理论课教学中所特有的案例教学法、实践教学法、“立人微教”的教学与研究平台等。通用方法是适应于某些学科领域并以各个对象领域共同的规律性存在为依据的方法。这些领域中某些规律的揭示，促进形成相应的理论，反过来，这些理论又成为更加普遍的、跨学科方法的理论基础。属于这一层次的方法有脑科学方法、信息化方法、数理统计方法等。虽然其应用领域超过了一门学科的范围，但整体上仍不带有哲学性质。不过这里已经发生了哲学问题，这些问题主要同某些基本概念的认识论分析相联系，同对相应方法的认识论意义和适用界限的评价相联系，同阐明学科之间的相互关系相联系。哲学方法是人们的思想方法和科学的一般方法在自然科学、社会科学和思维科学中普遍使用的方法。当然，这并不意味着只有哲学方法才研究和应当研究适用于三大领域的普遍方法。普遍的科学方法，在反映每一个具体历史阶段上的科学知识状况时变化着、发展着，在科学技术进步的过程中，同自然科学、社会科学、逻辑和数学的成就一起变得复杂化。例如，公理方法是演绎方法的现代形式，这种形式反映了形式化理论体系的特点；现代归纳方法不仅吸收了关于存在和认识规律性的概率性质的观念，而且吸收了被专门加工过的数学概率论的技术。这三个层次的方法是有机地联系在一起的，在我们的工作和研究中缺一不可。每一项工作和研究都是在一定的哲学方法指导下，采用一些通行的方法，并使用某些具体方法。没有哲学方法的指导，工作和研究只能停留在一般水平；不掌握一些通行的方法，工作和研究就无法系统地、有步骤地进行；不会使用具体的方法和技术，具体的工作和研究就难以展开。