原有疾病的复发是肝移植术后常见的并发症，其组织形态改变与移植后其他并发症相似，因而引起移植后病理诊断困难。术前明确原有疾病的诊断，可以预期术后可能会发生的疾病，对术后诊断会有所帮助。抗-HCV阳性的受体在实施肝移植后复发几乎为100%，移植后几天内可出现病毒血症，其出现高峰为移植后1个月。多数患者在再移植后一年内进展为慢性肝炎，只有少数患者成为无症状的病毒携带者。CHC患者移植后的复发主要取决于移植前受体血中的病毒量和病毒的分型，其中基因型1b型复发率高，预后差。临床和组织学改变与急性排斥不容易区分，血和组织中HCV RNA的检测是诊断HCV感染可靠依据。

呈进行性改变，随着病程的进行可有以下改变：

血清HCV RNA阳性，组织学改变尚不足以诊断丙型肝炎，仅在小叶内可见少许炎细胞浸润。可伴有移植后初期缺血和（或）再灌注损伤或急性排斥的改变。

发生在移植后2～4个月，肝小叶内可见不同程度的肝细胞脂肪变性，肝细胞的嗜酸性变和嗜酸性小体及其不同程度的炎细胞浸润。

发生在移植后6个月以上，多在1年内出现。肝细胞脂肪变性，胆管损伤较轻，汇管区内淋巴细胞聚集。可出现界板性肝炎，同时伴有不同程度的肝纤维化，以后病变逐渐向肝硬化发展，进行再移植不可避免。

两者具有许多相似的组织学改变，甚至可以并存，其鉴别非常困难，以下几点可能对于两者的鉴别有帮助。

丙型肝炎多发生在移植后2～4个月，急性排斥反应多发生在移植后1个月内。因此，移植后早期出现汇管区内炎症反应，应更倾向移植排斥反应。

丙型肝炎汇管区主要以淋巴细胞浸润为主，常见嗜酸性小体和肝细胞脂肪变性，胆管损伤较轻，很少见到嗜酸性粒细胞和胆管损伤，一般没有血管炎，可出现界板性肝炎。急性排斥反应汇管区内混合性炎细胞浸润，其中包括嗜酸粒细胞、血管炎、明显的胆管损伤。肝细胞的嗜酸性小体及其脂肪变性少见。

血和组织中有关HCV的检测，有助于确定诊断。当两者鉴别诊断有困难时，最好判断为排斥反应（尤其是急性排斥反应），并立即给予相应的抗排斥反应治疗。

针对HCV感染后的病理学研究仍然是现在的研究热点之一，关于HCV感染后内质网的变化，是否为其光镜病理学观察到的脂肪病变的原因是非常值得进一步研究的。