投射电镜是通过电子束穿透细胞和组织，从而观察细胞内部超微结构和某些特殊物质的精确定位。标本的制作与光镜标本类似，经过取材、固定、脱水、浸透、包埋、切片和染色等步骤。

免疫电镜是免疫组化和透射电镜相结合的产物。免疫组化法形成的抗原、抗体、补体和免疫复合物，可在透射电镜下观察其有无和分布。