常见的并发症有血尿、肾周脓肿、腹痛或腰痛、动静脉瘘、感染、输尿管梗阻等，其中血尿和腰痛最多见。80%～90%的患者行肾活检后可见镜下血尿，多数情况下数小时内可消失，少数患者1～3天可消失。肉眼血尿发生率为3%～16%，1～3天转为镜下血尿，可持续2～3周。造成肉眼血尿的主要原因是肾穿刺针进入肾脏实质过深，肾下极位置过高所致。