排除基质配方等原因外，主要是由于灭菌方式导致。比如，以棉籽壳基质为例，常压灭菌的料袋呈现暗棕红至棕褐色，高压灭菌的则为棕褐至暗褐色，通俗地说就是前者趋向红色，后者趋向黑色，而采用高压蒸汽常压灭菌的料袋，基质色泽则介于上述二者之间，并趋向于后者。基质的色泽，不影响菌种的质量，因此不必介意。
