攻下瘟疫城：瓜亚基尔

接下来的那个月令人沮丧。在秘鲁海岸的烈阳下，私掠船徘徊了好几个星期，但一艘船都没看到。罗杰斯很担心，船员越来越阴郁；更糟糕的是，有些人又开始出现坏血病的症状。“公爵夫人”号上有一个男孩，从后桅摔下时弄断了腿，躺在吊床上呜咽，让气氛更是雪上加霜。罗杰斯手下负责瞭望的船员，一直到三月十六日下午才看到一艘船，而且还是个蹩脚的战利品：一艘载重五十磅的十六吨沿岸贸易三桅船（bark），船上有七名船员，以及八名黑奴与印加奴隶。罗杰斯的押解队拿下了那艘船，罗杰斯给了它一个充满希望的名字：“开始”号（Beginning）。

在那之后，战利品终于源源不断。罗杰斯带领的船队，以秘鲁海岸三十英里外覆盖着鸟粪的罗伯斯荒岛（Lobos Islands）为基地，虏获四艘西班牙船只，其中一艘重达五百吨，而且载着罗杰斯熟悉的货物：奴隶。奴隶共有七十三人，大多是妇孺，他们的名字后来写在这场远征的账目上。账目根据性别与类别仔细整理过：有两个“有用的男人”，就是水手雅各布（Jacob）与宽希（Quasshee）；还有两个女婴，特瑞莎（Teresia）与茉莉（Molly）。在罗伯斯岛的臭气之中，罗杰斯现在掌管着一支小有规模的船队和越来越多的囚犯与奴隶，而且他们未开一枪，就拿下这些东西了。

远征队现在要养两百名俘虏，储水迅速减少。罗杰斯知道，他们得去一趟大陆。私掠船召开指挥官会议，众人同意既然要暴露行踪，干脆就出其不意，顺便攻击那些富裕的城镇。他们选中了造船港瓜亚基尔（Guayaquil），位于今天的厄瓜多尔，丹皮尔曾在一六八四年时以加勒比海盗的身份劫掠过。

不过，他们在途中顺道追逐一艘大型的法国船只，在接下来的战斗中，罗杰斯的弟弟约翰头部中弹身亡，让罗杰斯感到“无法言喻的忧伤”,唯一的安慰是法国制造的战利船“恩典港”号（Havre de Grace）。这艘船载着“大量珍珠”、七十四名奴隶，以及几名富有的西班牙乘客。这让罗杰斯的船员士气大振。

瓜亚基尔的包围战，则是一场错误百出的喜剧。进攻者趁夜划着小船到瓜亚河（Guaya River），大船则留在河口外。罗杰斯、多佛、科特尼各自带着一个六十五人的小队，多佛既是水手长，也是所有人的指挥官。众人花了两个晚上靠近城市，中间的白天则躲在大批蚊子出没的红树林里。抵达城市时，他们将一阵节日庆祝声误认成守军的欢呼声。罗杰斯建议立刻攻击，但多佛认为应该在红树林里多躲一天。接下来的傍晚，多佛坚持应该与西班牙人交涉，造成这一行人完全失去了出其不意的优势。瓜亚基尔总督堂耶罗尼莫·波萨-索里斯-帕阙哥（Don Jeronimo Bosa y Solis y Pacheco）对要不要付赎金这件事，犹豫了好几天。在此期间，他的部属已经把价值十万英镑左右的贵重物品疏散到别处去了。最后，罗杰斯再也受不了医生和总督，他夺下了指挥权并对城内发动攻击，只损失两个人，就攻下了瓜亚基尔。

不过，瓜亚基尔大部分的贵重物品都已经被偷偷运走了，私掠者只找到笨重的货物与酒桶。大部分人都醉了，他们寻找可以劫掠的物品，挖出教堂墓地的尸体，浑然不知瓜亚基尔才刚遭逢黑死病（bubonic plague）。水手劫掠尸体时，让自己暴露在黑死病的威胁之中。与此同时，罗杰斯与指挥官们享受着总督耶罗尼莫的盛宴款待，最后总督以两万六千八百一十比索（六千七百零三英镑）赎回自己的城。如果当初罗杰斯一行人抓住了更恰当的进攻时机，他们可以得到的赎金会远远超过这个数。

这场袭击的所有庆功宴，一下子就结束了。一七〇九年五月十日，也就是抵达海上两天后，罗杰斯的人开始大量病倒。一个星期之内，一百四十个人染上疫病并有两人死亡。船队停留的岩石小岛难以寻获水源，其中一艘战利船的船员还差点没能遏制奴隶叛变。到了六月十四日，他们抵达哥伦比亚那已经现代化的高格纳（Gorgona）避风岛时，罗杰斯与科特尼也都染病了，船上有六个人死亡。

众人在高格纳岛上待了六个星期养病。在这段时间，船员清理与修复船只，帮“恩典港”号装上新帆、索具与武器，并取得赎金，将部分战利船交还给原来的船长。几名奴隶被卖给乘着独木舟而来的地方商人，两名黑人男孩交给库克及另一位指挥官，当成他们勇敢袭击“恩典港”号的奖赏。一名不幸的黑人女孩被交给了一名好色的西班牙神父，以感谢他帮助私掠船交易货物。罗杰斯写道，他确信这名神父“将因她而破戒，以教堂的放纵洗去原罪”。

大部分感染瘟疫的船员，都在岸上的帐篷里养病，但士气并没有改善。其实，船员认为罗杰斯与指挥官骗了他们；有六十名船员签署了一份文件，宣布除非战利品以更公平的方式分配，否则他们将不再工作。他们可能是受到埃弗里故事的感染，觉得船员只拿一份时，罗杰斯不该拿十四份。但罗杰斯与科特尼已经放弃部分权利了，要是按照一般做法，战利船船长舱房里搜到的全部战利品，原本都应该属于他们。罗杰斯认为放弃这个权利，已经砍掉了他们九成的个人获利，现在还被迫增加船员的分赃比例。雪上加霜的是，指挥官们还争论在瓜亚基尔时，谁原本应该做什么。情势显然十分紧张，罗杰斯因而不得不强迫众人以圣经起誓，要是发生战斗的话，每个人都会伸出援手。

这群私掠者在心神不宁的休战中，于一七〇九年八月初离开高格纳，十一月初抵达下加利福尼亚外海，等候马尼拉大帆船抵达。几个星期过去了，饮水和食物逐渐减少，指挥官们担心他们可能无法横越七千英里，进而抵达关岛。“公爵”号与“恩典港”号满是船蛆，正在漏水，每过一天，似乎就越不可能完成长途的横渡太平洋之旅。十二月二十日，指挥官们决定放弃，趁着还能回家前回家。罗杰斯在日记里写道：“我们看起来全都极度忧郁与心灰意冷。”

正当船队准备打道回府时，西方海平面上出现了一艘船：一艘大型、多桅、从遥远的马尼拉方向而来的船。