《本草纲目》诞生后，金陵出版书商胡承龙应允刻印，于1596年在南京全部出版，史称金陵版。目前该版本已成为世界珍宝，存世不多。根据现代学者的研究和考证，该书在世界各地的收藏情况如下：
除了上述著名的金陵版之外，《本草纲目》还有江西版、湖北版、杭州版等多种版本，先后在国内翻刻60余次。同时，该书出版后，先后被译成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鲜等10余种文字在国外出版，传遍五大洲。
